Kính gửi: Công ty TNHH lương thực Hiệp Tài
(Địa chỉ: Số 07, ấp Tân Thiện, xã Tân Thành Bình, huyện Mỏ Cày Bắc, tỉnh Bến Tre)

Trả lời công văn số 01/CV-HT ngày 26/12/2016 và công văn số 02/CV-HT ngày 15/5/2017 của Công ty TNHH lương thực Hiệp Tài (sau đây gọi là Công ty) về việc hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư; sau khi báo cáo Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Căn cứ hướng dẫn tại Điểm 3 Khoản 3 Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 hướng dẫn Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 01 tháng 7 năm 2016 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng, Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật Quản lý thuế và sửa đổi một số điều tại các Thông tư về thuế:

“Trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới (trừ trường hợp hướng dẫn tại điểm c Khoản 3 Điều này và trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán hoặc cho thuê mà không hình thành tài sản cố định) tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế thì cơ sở kinh doanh lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư đồng thời phải kết chuyển thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Số thuế GTGT được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của cơ sở kinh doanh.

Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.

Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết nhỏ hơn 300 triệu đồng thì kết chuyển vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tiếp theo.

Trường hợp cơ sở kinh doanh có quyết định thành lập các Ban Quản lý dự án hoặc chi nhánh đóng tại các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính để thay mặt người nộp thuế trực tiếp quản lý một hoặc nhiều dự án đầu tư tại nhiều địa phương; Ban Quản lý dự án, chi nhánh có con dấu theo quy định của pháp luật, lưu giữ sổ sách chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, có tài khoản gửi tại ngân hàng, đã đăng ký thuế và được cấp mã số thuế thì Ban Quản lý dự án, chi nhánh phải lập hồ sơ khai thuế, hoàn thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế. Khi dự án đầu tư để thành lập doanh nghiệp đã hoàn thành và hoàn tất các thủ tục về đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế, cơ sở kinh doanh là chủ dự án đầu tư phải tổng hợp số thuế giá trị gia tăng phát sinh, số thuế giá trị gia tăng đã hoàn, số thuế giá trị gia tăng chưa được hoàn của dự án để bàn giao cho doanh nghiệp mới thành lập để doanh nghiệp mới thực hiện kê khai, nộp thuế.

Dự án đầu tư được hoàn thuế GTGT theo quy định tại khoản 2, khoản 3 Điều này là dự án đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư”.

Căn cứ công văn số 1126/SKHĐT-TTXT ngày 28/6/2017 của Sở Kế hoạch và đầu tư tỉnh Trà Vinh về việc xác định dự án đầu tư của Công ty TNHH lương thực Hiệp Tài;

Căn cứ hướng dẫn nêu trên, trường hợp Công ty TNHH lương thực Hiệp Tài (có trụ sở tại tỉnh Bến Tre) có dự án đầu tư Nhà máy sấy và xây xát lương thực tại tỉnh Trà Vinh, dự án này là dự án giai đoạn sau của dự án đã thực hiện và là một phần cấu thành của hoạt động Chi nhánh Công ty đang quản lý và đã được Sở Kế hoạch và đầu tư tỉnh Trà Vinh xác định đây là dự án đầu tư mới của Công ty theo công văn số 1126/SKHĐT-TTXT ngày 28/6/2017 nêu trên; dự án đầu tư của Công ty nếu đáp ứng được các điều kiện của pháp luật về đầu tư và Công ty có văn bản ủy quyền cho Chi nhánh Công ty (có trụ sở tại tỉnh Trà Vinh) trực tiếp quản lý dự án đầu tư này và việc trực tiếp quản lý dự án của Chi nhánh tại tỉnh Trà Vinh phù hợp với quy định của pháp luật về doanh nghiệp; Chi nhánh Công ty có con dấu theo quy định của pháp luật, lưu giữ sổ sách chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, có tài khoản tiền gửi tại ngân hàng, đã đăng ký thuế và được cấp mã số thuế thì Chi nhánh Công ty lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư đồng thời phải kết chuyển thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện; sau khi bù trừ nếu đáp ứng được điều kiện về kê khai khấu trừ, hoàn thuế thì Chi nhánh Công ty liên hệ với Cục Thuế tỉnh Trà Vinh để được giải quyết theo quy định.

Tổng cục Thuế trả lời để Công ty TNHH lương thực Hiệp Tài được biết./.