Công văn 3466/TCT-CS được ban hành bởi Tổng cục Thuế nhằm hướng dẫn giải quyết các vướng mắc liên quan đến điều kiện khấu trừ và hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với hàng hóa xuất khẩu, đặc biệt tập trung vào tính hợp lệ của chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt qua ngân hàng trong các giao dịch có sự tham gia của bên thứ ba.

- Điều kiện khấu trừ, hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa xuất khẩu

Để được áp dụng thuế suất thuế GTGT 0% và thực hiện khấu trừ, hoàn thuế GTGT đầu vào cho hàng hóa xuất khẩu, cơ sở kinh doanh phải đáp ứng đầy đủ các điều kiện cơ bản sau:

• Có hợp đồng bán hàng hóa, gia công hàng hóa xuất khẩu hoặc hợp đồng ủy thác xuất khẩu ký kết với thương nhân nước ngoài.
• Có tờ khai hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu đã hoàn thành thủ tục hải quan theo quy định của pháp luật hải quan.
• Có hóa đơn thương mại hợp lệ xuất cho khách hàng nước ngoài.
• Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt qua ngân hàng đối với hàng hóa xuất khẩu theo đúng quy định.

- Quy định về chứng từ thanh toán qua ngân hàng và thanh toán qua bên thứ ba

Công văn 3466/TCT-CS làm rõ các nguyên tắc xác định chứng từ thanh toán qua ngân hàng hợp lệ, cụ thể như sau:

• Chứng từ thanh toán qua ngân hàng phải thể hiện rõ dòng tiền được chuyển từ tài khoản của bên mua nước ngoài mở tại ngân hàng nước ngoài sang tài khoản của bên bán Việt Nam mở tại ngân hàng tại Việt Nam.
• Trường hợp phía nước ngoài ủy quyền cho bên thứ ba (là tổ chức hoặc cá nhân nước ngoài) thực hiện thanh toán: Việc ủy quyền thanh toán này phải được quy định cụ thể, rõ ràng trong hợp đồng xuất khẩu hoặc phụ lục hợp đồng xuất khẩu (nếu có).
• Trường hợp thanh toán bù trừ công nợ giữa hàng hóa xuất khẩu với hàng hóa, dịch vụ mua của phía nước ngoài: Doanh nghiệp phải có văn bản thỏa thuận bù trừ công nợ giữa các bên, đồng thời phải có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với phần chênh lệch thanh toán bằng tiền (nếu có).
• Các trường hợp dòng tiền thanh toán không khớp với thông tin trên hợp đồng, không có thỏa thuận thanh toán qua bên thứ ba bằng văn bản, hoặc chứng từ thanh toán không thể hiện rõ nguồn tiền từ phía nước ngoài sẽ không được coi là chứng từ thanh toán qua ngân hàng hợp lệ để hưởng thuế suất 0%.

- Nguyên tắc xử lý khi không đáp ứng điều kiện thanh toán qua ngân hàng

Tổng cục Thuế hướng dẫn phương án xử lý cụ thể đối với các trường hợp hồ sơ xuất khẩu không đáp ứng đủ điều kiện về chứng từ thanh toán:

• Đối với hàng hóa xuất khẩu có tờ khai hải quan hợp lệ, hợp đồng xuất khẩu hợp lệ nhưng không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng hợp lệ (hoặc thanh toán không đúng quy định): Doanh nghiệp không được áp dụng thuế suất thuế GTGT 0% và không được khấu trừ, hoàn thuế GTGT đầu vào đối với lượng hàng hóa này.
• Cơ quan thuế quản lý trực tiếp có trách nhiệm kiểm tra, đối chiếu kỹ lưỡng chứng từ thanh toán thực tế, kiểm tra tính xác thực của dòng tiền nhằm phát hiện và ngăn chặn kịp thời các hành vi gian lận, trục lợi tiền hoàn thuế GTGT thông qua việc tạo dựng hồ sơ xuất khẩu khống hoặc dòng tiền vòng vo qua bên thứ ba không đúng bản chất giao dịch.