Công văn 2999/TCHQ-TXNK được Tổng cục Hải quan ban hành năm 2022 nhằm hướng dẫn Cục Hải quan các tỉnh, thành phố thống nhất thực hiện việc xử lý tiền thuế giá trị gia tăng (GTGT) nộp thừa tại khâu nhập khẩu. Đây là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng, giải quyết các vướng mắc phát sinh trong quá trình hoàn thuế GTGT cho doanh nghiệp, đảm bảo sự phối hợp chặt chẽ giữa cơ quan Hải quan và cơ quan Thuế.

- Nguyên tắc xử lý tiền thuế GTGT nộp thừa tại khâu nhập khẩu

Tổng cục Hải quan hướng dẫn cụ thể về việc phân định thẩm quyền và trách nhiệm hoàn trả tiền thuế GTGT nộp thừa giữa cơ quan Hải quan và cơ quan Thuế như sau:

• Trường hợp người nộp thuế nộp thừa tiền thuế GTGT tại khâu nhập khẩu nhưng chưa kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào với cơ quan Thuế trực tiếp quản lý: Cơ quan Hải quan nơi người nộp thuế nộp thừa thực hiện hoàn trả cho người nộp thuế theo đúng quy định của pháp luật về quản lý thuế.
• Trường hợp người nộp thuế đã kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với số thuế GTGT nộp thừa tại khâu nhập khẩu với cơ quan Thuế: Cơ quan Hải quan không thực hiện hoàn trả số tiền thuế này. Việc xử lý bù trừ hoặc hoàn thuế sẽ do cơ quan Thuế trực tiếp quản lý thực hiện theo quy định của pháp luật về thuế GTGT và quản lý thuế.
• Mục đích của nguyên tắc này nhằm tránh việc hoàn thuế trùng lặp, đảm bảo người nộp thuế không vừa được cơ quan Hải quan hoàn trả, vừa được cơ quan Thuế cho khấu trừ hoặc hoàn thuế đầu vào.

- Quy trình kiểm tra, đối chiếu và phối hợp giữa hai cơ quan

Để đảm bảo tính chính xác và ngăn ngừa gian lận, Công văn 2999/TCHQ-TXNK quy định quy trình phối hợp chặt chẽ giữa cơ quan Hải quan và cơ quan Thuế:

• Khi tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn trả tiền thuế GTGT nộp thừa, cơ quan Hải quan có trách nhiệm kiểm tra, đối chiếu thông tin trên hệ thống dữ liệu và gửi văn bản trao đổi thông tin với cơ quan Thuế quản lý trực tiếp của doanh nghiệp.
• Cơ quan Thuế có trách nhiệm phản hồi bằng văn bản về tình trạng kê khai, khấu trừ hoặc hoàn thuế của doanh nghiệp đối với tờ khai hải quan có số thuế nộp thừa được đề nghị hoàn.
• Chỉ sau khi có xác nhận bằng văn bản của cơ quan Thuế về việc doanh nghiệp chưa kê khai, khấu trừ hoặc hoàn thuế đối với số thuế GTGT nộp thừa đó, cơ quan Hải quan mới ban hành quyết định hoàn thuế cho doanh nghiệp.

- Trách nhiệm và nghĩa vụ của người nộp thuế

Doanh nghiệp khi thực hiện thủ tục hoàn thuế GTGT nộp thừa tại khâu nhập khẩu cần lưu ý các nghĩa vụ sau:

• Người nộp thuế phải tự chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác, trung thực của hồ sơ, tài liệu và số liệu kê khai gửi cơ quan Hải quan và cơ quan Thuế.
• Cam kết rõ ràng về việc chưa thực hiện kê khai, khấu trừ hoặc hoàn thuế đối với số tiền thuế GTGT đề nghị hoàn tại cơ quan Hải quan.
• Trường hợp phát hiện có sự khai báo không trung thực nhằm trục lợi hoàn thuế kép, doanh nghiệp sẽ bị xử lý nghiêm theo quy định của pháp luật về quản lý thuế và các quy định pháp luật liên quan.

- Tổ chức thực hiện tại các Cục Hải quan địa phương

Tổng cục Hải quan yêu cầu các đơn vị trực thuộc triển khai nghiêm túc các nội dung sau:

• Cục Hải quan các tỉnh, thành phố chỉ đạo các Chi cục Hải quan trực thuộc nghiên cứu kỹ hướng dẫn tại Công văn này để áp dụng thống nhất, tránh gây phiền hà cho doanh nghiệp nhưng phải đảm bảo quản lý chặt chẽ nguồn thu ngân sách nhà nước.
• Tăng cường ứng dụng công nghệ thông tin trong việc tra cứu, trao đổi dữ liệu giữa hệ thống của ngành Hải quan và ngành Thuế để rút ngắn thời gian xử lý hồ sơ cho người nộp thuế.
• Kịp thời báo cáo những vướng mắc phát sinh vượt thẩm quyền về Tổng cục Hải quan để được hướng dẫn giải quyết kịp thời.