Công văn 29/BTC-TCT năm 2017 do Bộ Tài chính ban hành là văn bản quan trọng hướng dẫn về chính sách thuế giá trị gia tăng (GTGT), đặc biệt tập trung vào vấn đề hoàn thuế GTGT đối với các dự án đầu tư. Đây là văn bản tháo gỡ nhiều vướng mắc cho doanh nghiệp trong quá trình thực hiện Luật số 106/2016/QH13 và Nghị định số 100/2016/NĐ-CP.

Dưới đây là tóm tắt chi tiết và phân tích chuyên sâu các nội dung cốt lõi của Công văn 29/BTC-TCT năm 2017:

- Đối tượng và điều kiện được hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư

• Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới (bao gồm cả dự án đầu tư được chia thành nhiều giai đoạn hoặc dự án phân kỳ) đang trong giai đoạn đầu tư phân bổ tại tỉnh, thành phố khác nơi đóng trụ sở chính, hoặc cùng tỉnh, thành phố nhưng khác quận, huyện thì được xét hoàn thuế GTGT.
• Điều kiện về số thuế lũy kế: Số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư phát sinh trong giai đoạn đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT.
• Doanh nghiệp phải thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật và có đăng ký thuế, nộp thuế theo phương pháp khấu trừ.

- Nguyên tắc kê khai và bù trừ thuế GTGT của dự án đầu tư

• Trường hợp dự án đầu tư tại cùng tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính: Doanh nghiệp phải kê khai riêng thuế GTGT của dự án đầu tư trên Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư (Mẫu số 02/GTGT). Số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư phải được bù trừ với số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (Mẫu số 01/GTGT). Sau khi bù trừ, nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế.
• Trường hợp dự án đầu tư tại tỉnh, thành phố khác nơi đóng trụ sở chính: Nếu dự án chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế thì chủ đầu tư thực hiện kê khai thuế GTGT của dự án đầu tư tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp trụ sở chính trên Mẫu số 02/GTGT. Việc bù trừ thuế và hoàn thuế được thực hiện tương tự như trường hợp cùng tỉnh.
• Trường hợp dự án đầu tư tại tỉnh khác nhưng thành lập Chi nhánh, Ban quản lý dự án trực tiếp quản lý: Chi nhánh hoặc Ban quản lý dự án phải thực hiện đăng ký thuế, kê khai, nộp thuế và hoàn thuế riêng biệt tại cơ quan thuế địa phương nơi có dự án đầu tư.

- Các trường hợp không được hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư

• Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không góp đủ số vốn điều lệ như đã đăng ký theo quy định của pháp luật. Các trường hợp chưa góp đủ vốn điều lệ tính đến thời điểm nộp hồ sơ hoàn thuế sẽ không được giải quyết hoàn thuế.
• Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng chưa đáp ứng được các điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật Đầu tư và các văn bản hướng dẫn liên quan.
• Dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 01/7/2016 hoặc dự án đầu tư sản xuất sản phẩm hàng hóa mà tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên.

- Hướng dẫn xử lý chuyển tiếp và hiệu lực thi hành

• Công văn 29/BTC-TCT làm rõ việc áp dụng các quy định hoàn thuế GTGT đối với các hồ sơ hoàn thuế phát sinh trước và sau thời điểm Luật số 106/2016/QH13 có hiệu lực thi hành (từ ngày 01/7/2016).
• Các cơ quan thuế địa phương có trách nhiệm rà soát, hướng dẫn người nộp thuế thực hiện phân loại, kê khai đúng mẫu biểu và thực hiện bù trừ nghĩa vụ thuế đúng quy định trước khi giải quyết hoàn thuế nhằm tránh thất thoát ngân sách nhà nước.