Công văn 2503/TCT-KK do Tổng cục Thuế ban hành năm 2017 là văn bản hướng dẫn quan trọng nhằm tháo gỡ các vướng mắc và thống nhất thực hiện chính sách hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với dự án đầu tư mở rộng của các doanh nghiệp trên phạm vi cả nước. Văn bản tập trung làm rõ nguyên tắc bù trừ thuế, điều kiện hoàn thuế trong giai đoạn chuyển tiếp và cách thức phân loại dự án đầu tư.

- Nguyên tắc bù trừ và hoàn thuế GTGT từ ngày 01/07/2016

Căn cứ theo quy định tại Luật số 106/2016/QH13 và các văn bản hướng dẫn thi hành, kể từ ngày 01/07/2016, chính sách hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư mở rộng được thực hiện theo nguyên tắc sau:

• Cơ sở kinh doanh đang hoạt động nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, khi có dự án đầu tư mở rộng đang trong giai đoạn đầu tư thì không được hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư mở rộng này.
• Số thuế GTGT đầu vào phát sinh trong giai đoạn đầu tư của dự án đầu tư mở rộng phải được bù trừ với số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện của doanh nghiệp.
• Trường hợp sau khi thực hiện bù trừ mà số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mở rộng vẫn chưa được khấu trừ hết, doanh nghiệp không được hoàn thuế mà phải kết chuyển số thuế chưa được khấu trừ này sang kỳ tiếp theo của hoạt động sản xuất kinh doanh hiện tại.

- Quy định chuyển tiếp đối với số thuế GTGT phát sinh trước ngày 01/07/2016

Để đảm bảo quyền lợi hợp pháp của người nộp thuế đã triển khai dự án trước khi Luật số 106/2016/QH13 có hiệu lực, Tổng cục Thuế hướng dẫn phương án xử lý chuyển tiếp cụ thể:

• Đối với số thuế GTGT đầu vào lũy kế của dự án đầu tư mở rộng phát sinh trước ngày 01/07/2016, nếu doanh nghiệp đáp ứng đầy đủ các điều kiện hoàn thuế theo quy định của pháp luật về thuế GTGT áp dụng trước ngày 01/07/2016 thì vẫn được cơ quan thuế xem xét, giải quyết hoàn thuế.
• Doanh nghiệp có trách nhiệm kê khai, hạch toán riêng và lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế đối với phần thuế GTGT đầu vào đủ điều kiện hoàn trước mốc thời gian nêu trên theo đúng trình tự, thủ tục quy định.

- Tiêu chí phân biệt dự án đầu tư mới và dự án đầu tư mở rộng

Công văn nhấn mạnh việc xác định chính xác tính chất của dự án đầu tư là cơ sở cốt lõi để áp dụng đúng chính sách hoàn thuế:

• Dự án đầu tư mới là dự án được thực hiện độc lập, có hồ sơ dự án, giấy chứng nhận đăng ký đầu tư riêng biệt và được doanh nghiệp hạch toán riêng biệt (hoặc thành lập chi nhánh, đơn vị trực thuộc để quản lý). Dự án đầu tư mới đáp ứng đủ điều kiện quy định vẫn thuộc diện được hoàn thuế GTGT.
• Dự án đầu tư mở rộng là dự án đầu tư nhằm tăng quy mô, nâng cao công suất, cải tiến công nghệ, thay đổi quy trình công nghệ của cơ sở kinh doanh đang hoạt động nhưng không thành lập pháp nhân mới hoặc không thuộc trường hợp dự án đầu tư mới độc lập. Dự án này bắt buộc phải áp dụng cơ chế bù trừ thuế và không được hoàn thuế trực tiếp từ ngày 01/07/2016.

- Trách nhiệm triển khai của cơ quan thuế các cấp

Để đảm bảo tính nghiêm minh và thống nhất của pháp luật thuế, Tổng cục Thuế yêu cầu Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương thực hiện nghiêm túc các nội dung sau:

• Tăng cường công tác tuyên truyền, phổ biến và hướng dẫn người nộp thuế trên địa bàn hiểu rõ về sự thay đổi chính sách hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư mở rộng từ ngày 01/07/2016.
• Thực hiện thanh tra, kiểm tra chặt chẽ hồ sơ khai thuế, hồ sơ đề nghị hoàn thuế của các doanh nghiệp có dự án đầu tư nhằm phân loại chính xác bản chất dự án, ngăn chặn các hành vi cố tình chuyển đổi hình thức đầu tư mở rộng thành đầu tư mới để trục lợi chính sách hoàn thuế.
• Giải quyết kịp thời, đúng quy định đối với các hồ sơ hoàn thuế thuộc giai đoạn chuyển tiếp trước ngày 01/07/2016, tránh gây phiền hà hoặc kéo dài thời gian giải quyết của doanh nghiệp.