Kính gửi: Cục Thuế tỉnh Kon Tum.

Tổng cục Thuế nhận được công văn số 2146/CT-KTT ngày 23/4/2013 về việc thi hành Quyết định xử phạt vi phạm về thuế đối với BĐHDA thủy điện Pleikrông. Để có cơ sở xử lý vướng mắc về thuế tại BĐHDA thủy điện Pleikrông, ngày 18/6/2013 Lãnh đạo Tổng cục đã chỉ đạo Vụ Quản lý thuế DNL, Vụ Pháp chế, Vụ Chính sách thuế họp và có ý kiến như sau:

1. Về quá trình giải quyết:

- Ngày 30/12/2010, Tổng cục Thuế nhận được công văn số 1379/TĐSĐ/TCKT ngày 15/12/2010 của Tập đoàn Sông Đà nêu vấn đề vướng mắc về quyết toán thuế của Ban điều hành Dự án thủy điện Pleikrông. Sau khi nghiên cứu, Tổng cục Thuế đã có công văn số 983/TCT-DNL ngày 25/3/2011 trả lời Tập đoàn Sông Đà.

- Ngày 04/5/2011 Tổng cục Thuế nhận được công văn số 1543/CT-KTrT ngày 28/4/2011 của Cục Thuế tỉnh Kon Tum về việc thuế GTGT đầu ra đối với Ban điều hành Dự án thủy điện Pleikrông. Ngày 8/6/2011, Tổng cục Thuế giao Vụ Quản lý thuế DNL cử cán bộ làm việc với Cục thuế tỉnh Kon Tum và sau đó đã có công văn số 2098/TCT-DNL ngày 20/6/2011 yêu cầu Cục Thuế tỉnh Kon Tum căn cứ vào hồ sơ tài liệu kiểm tra để giải quyết cụ thể theo đúng quy định của pháp luật.

- Tuy nhiên, do chưa thống nhất hướng xử lý nên Tập đoàn Sông Đà tiếp tục có công văn số 2154/TĐSĐ-TCKT ngày 28/5/2012 gửi Vụ Chính sách (Bộ Tài chính) kiến nghị về nội dung trên. Vụ Chính sách thuế đã chuyển lại Tổng cục Thuế để xử lý. Vì vậy, ngày 27/7/2012, Tổng cục Thuế có công văn số 2688/TCT-DNL ngày 27/7/2012 gửi Cục Thuế tỉnh Kon Tum yêu cầu Cục Thuế rà soát, làm việc với doanh nghiệp để xử lý dứt điểm vướng mắc trên và báo cáo kết quả về Tổng cục.

- Ngày 2/10/2012, Tổng cục Thuế nhận được công văn số 4830/CT-KTrT ngày 24/9/2012 báo cáo về nội dung làm việc với Tập đoàn Sông Đà, theo đó đề nghị Tổng cục Thuế chỉ đạo cụ thể để có cơ sở xử lý nội dung vướng mắc (kèm theo công văn số 3039 TĐSĐ/TCKT ngày 12/9/2012 của Tập đoàn Sông Đà gửi Cục thuế tỉnh Kon Tum).

- Tổng cục Thuế có Giấy mời họp số 71/GM-TCT ngày 11/4/2013 gửi Cục Thuế tỉnh Kon Tum, Tập đoàn Sông Đà và các đơn vị liên quan tham dự họp ngày 17/4/2013 để thống nhất xử lý dứt điểm vướng mắc về thuế tại BĐHDA thủy điện Pleikrông. Tuy nhiên, Cục thuế tỉnh Kon Tum có điện thoại báo cáo không tham dự. Cục thuế tỉnh Kon Tum có công văn số 2146/CT-KTT ngày 23/4/2013 báo cáo về việc thi hành Quyết định xử phạt vi phạm về thuế đối với BĐHDA thủy điện Pleikrông, theo đó đề nghị Tổng cục Thuế có ý kiến chỉ đạo Cục thuế thực hiện.

2. Nội dung cụ thể:

2.1. Về tiền thuế GTGT đối với chi phí ăn ca

Khoản tiền ăn ca do chủ đầu tư thanh toán cho Ban Điều hành dự án thủy điện Pleikrông đac được các đơn vị thi công thuộc Tập đoàn Sông Đà đã kê khai thuế GTGT với thuế suất thuế GTGT hoạt động xây dựng, lắp đặt thì Ban Điều hành dự án thủy điện Pleikrông phải kê khai khấu trừ và tính thuế GTGT đầu ra theo quy định.

Tuy nhiên, đối với khoản chi phí ăn ca của các đơn vị thi công xuất hóa đơn GTGT cho Ban điều hành dự án thủy điện Pleikrông không có thuế GTGT, nên Ban điều hành cũng không thực hiện kê khai khấu trừ đầu vào và tính thuế GTGT đầu ra theo quy định. Theo kết quả Kiểm toán Nhà nước đối với Tập đoàn Sông Đà, các nhà thầu phụ thi công đã thực hiện kê khai và nộp vào Ngân sách Nhà nước theo Quyết định truy thu của Kiểm toán Nhà nước đối với khoản thuế GTGT của tiền ăn ca. Để tránh chồng chéo và giảm thủ tục hành chính thì Ban điều hành dự án thủy điện Pleikrông không phải kê khai để khấu trừ và nộp thuế GTGT của tiền ăn ca này.

Đối với chi phí ăn ca không có đủ hồ sơ tài liệu chứng minh các đơn vị thi công đã nộp thuế GTGT vào Ngân sách Nhà nước thì Ban điều hành Dự án thủy điện Pleikrông phải nộp bổ sung.

2.2. Về thuế suất thuế GTGT đối với doanh thu khối lượng thi công thực hiện trước ngày 01/01/2004.

Ban điều hành Dự án thủy điện Pleikrông thuộc Tập đoàn Sông Đà được thành lập để thay mặt Tổng thầu tổ chức, quản lý điều hành dự án, kinh phí hoạt động được đảm bảo bằng nguồn thu phí từ các đơn vị thi công, không thực hiện thi công trực tiếp dự án. Đến nay Ban điều hành dự án thủy điện đã giải thể.

Thực tế, Ban điều hành không phải là đơn vị thi công trực tiếp nên không có khối lượng thi công dở dang, do vậy không thực hiện khai báo với Cục Thuế tỉnh Kon Tum về khối lượng công trình dở dang đến 31/12/2003, nhưng các nhà thầu phụ (là các đơn vị thuộc Tập đoàn Sông Đà) đã thực hiện khai báo với cơ quan thuế trực tiếp quản lý về các công trình dở dang, chưa hoàn thành đến ngày 31/12/2003 theo đúng quy định thì tiếp tục được áp dụng thuế suất thuế GTGT 5% cho phần khối lượng hạng mục công trình còn lại đối với các hóa đơn xuất cho Ban điều hành.

Trường hợp Cục Thuế còn vướng mắc về hướng xử lý nêu trên, đề nghị Cục trưởng Cục Thuế bố trí thời gian làm việc trực tiếp với Tổng cục để giải quyết dứt điểm.

Tổng cục Thuế trả lời để Cục Thuế tỉnh Kon Tum biết và thực hiện.