Tổng cục Thuế nhận được công văn số 12386/CT-TTHT ngày 14/12/2017 của Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh về việc áp dụng chính sách thuế giá trị gia tăng tại Công ty Cổ phần Sữa Việt Nam. Về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Tại khoản 1, Điều 5 Luật thuế GTGT số 13/2008/QH12 ngày 03/6/2008 quy định về đối tượng không chịu thuế GTGT như sau:

“1. Sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường của tổ chức, cá nhân tự sản xuất, đánh bắt bán ra và ở khâu nhập khẩu.”

Tại khoản 6 Điều 1 Luật số 31/2013/QH13 sửa đổi, bổ sung Điều 12 Luật thuế GTGT số 13/2008/QH12 quy định về khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào như sau:

“6. Điều 12 được sửa đổi, bổ sung như sau:

“Điều 12. Khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào

1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào như sau:

a) Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng được khấu trừ toàn bộ, kể cả thuế giá trị gia tăng đầu vào không được bồi thường của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng bị tổn thất;

…"

Tại khoản 1 Điều 4 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính dã được sửa đổi, bổ sung tại khoản 1 Điều 1 Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/2/2015 của Bộ Tài chính hướng dẫn về đối tượng không chịu thuế GTGT như sau:

“1. Sản phẩm trồng trọt (bao gồm cả sản phẩm rừng trồng), chăn nuôi, thủy sản, hải sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường của tổ chức, cá nhân tự sản xuất, đánh bắt bán ra và ở khâu nhập khẩu.

Các sản phẩm mới qua sơ chế thông thường là sản phẩm mới được làm sạch, phơi, sấy khô, bóc vỏ, xay, xay bỏ vỏ, xát bỏ vỏ, tách hạt, tách cọng, cắt, ướp muối, bảo quản lạnh (ướp lạnh, đông lạnh), bảo quản bằng khí sunfuro, bảo quản theo phương thức cho hóa chất để tránh thối rữa, ngâm trong dung dịch lưu huỳnh hoặc ngâm trong dung dịch bảo quản khác và các hình thức bảo quản thông thường khác....”

Tại khoản 1, khoản 2, khoản 4 và khoản 7 Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính đã được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/2/2015 của Bộ Tài chính hướng dẫn về nguyên tắc khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào như sau:

“1. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT được khấu trừ toàn bộ, kể cả thuế GTGT đầu vào không được bồi thường của hàng hóa chịu thuế GTGT bị tổn thất.

…

2. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ (kể cả tài sản cố định) sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế GTGT thì chỉ được khấu trừ số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT.

…

4. Khấu trừ thuế GTGT trong một số trường hợp cụ thể như sau:

a) Đối với cơ sở sản xuất kinh doanh tổ chức sản xuất khép kín, hạch toán tập trung có sử dụng sản phẩm thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT qua các khâu để sản xuất ra mặt hàng chịu thuế GTGT thì số thuế GTGT đầu vào tại các khâu được khấu trừ toàn bộ.

…

7. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT hướng dẫn tại Điều 4 Thông tư này không được khấu trừ, trừ các trường hợp sau:

a) Thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mà cơ sở kinh doanh mua vào để sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ cung cấp cho tổ chức, cá nhân nước ngoài, tổ chức quốc tế để viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại hướng dẫn tại khoản 19 Điều 4 Thông tư này được khấu trừ toàn bộ;