Công văn 2046/TCT-CS do Tổng cục Thuế ban hành năm 2015 là văn bản hướng dẫn quan trọng về chính sách ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN). Văn bản tập trung làm rõ các điều kiện, nguyên tắc và phương thức áp dụng ưu đãi thuế đối với các doanh nghiệp có dự án đầu tư, đặc biệt là các dự án nằm trong khu công nghiệp hoặc các dự án đầu tư mở rộng.

Nguyên tắc chung về áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp

• Ưu đãi thuế TNDN chỉ được áp dụng đối với những doanh nghiệp thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ và thực hiện đăng ký nộp thuế theo phương pháp kê khai.
• Doanh nghiệp phải tự xác định các điều kiện ưu đãi, mức thuế suất ưu đãi, thời gian miễn thuế, giảm thuế để tự kê khai và quyết toán thuế với cơ quan thuế.
• Trong cùng một thời điểm, nếu doanh nghiệp có khoản thu nhập đáp ứng nhiều điều kiện hưởng các mức ưu đãi thuế khác nhau thì được quyền lựa chọn áp dụng mức ưu đãi thuế có lợi nhất.

Chính sách ưu đãi thuế TNDN đối với dự án đầu tư tại Khu công nghiệp

• Các dự án đầu tư mới thực hiện tại địa bàn khu công nghiệp (ngoại trừ các khu công nghiệp nằm trên địa bàn các quận nội thành của đô thị loại đặc biệt, đô thị loại I trực thuộc trung ương và các đô thị loại I trực thuộc tỉnh) được hưởng các chính sách ưu đãi về thuế suất và thời gian miễn, giảm thuế theo quy định của pháp luật thuế TNDN.
• Việc xác định ranh giới địa lý hành chính của khu công nghiệp để làm cơ sở áp dụng ưu đãi thuế phải căn cứ vào Quyết định thành lập của Thủ tướng Chính phủ hoặc cơ quan nhà nước có thẩm quyền.
• Ưu đãi thuế được áp dụng cụ thể dựa trên thời điểm doanh nghiệp được cấp Giấy chứng nhận đầu tư và thực tế triển khai dự án theo đúng tiến độ và điều kiện đăng ký.

Quy định về ưu đãi đối với đầu tư mở rộng và chuyển tiếp ưu đãi

• Đối với các doanh nghiệp có dự án đầu tư đang được hưởng ưu đãi thuế TNDN theo các văn bản quy phạm pháp luật trước đây, nếu vẫn còn thời hạn hưởng ưu đãi thì tiếp tục được hưởng cho thời gian còn lại theo quy định chuyển tiếp.
• Trường hợp doanh nghiệp thực hiện dự án đầu tư mở rộng, phần thu nhập tăng thêm từ hoạt động đầu tư mở rộng chỉ được hưởng ưu đãi thuế nếu đáp ứng một trong các tiêu chí về nguyên giá tài sản cố định tăng thêm, tỷ trọng giá trị tài sản cố định tăng thêm hoặc công suất thiết kế tăng thêm theo quy định của Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp sửa đổi.
• Doanh nghiệp có nghĩa vụ hạch toán riêng khoản thu nhập từ hoạt động đầu tư mở rộng để áp dụng chính sách ưu đãi thuế tương ứng. Trường hợp không hạch toán riêng được, thu nhập từ hoạt động đầu tư mở rộng được xác định theo tỷ lệ giữa nguyên giá tài sản cố định đầu tư mới trên tổng nguyên giá tài sản cố định của doanh nghiệp.

Trách nhiệm của doanh nghiệp và cơ quan quản lý thuế

• Doanh nghiệp chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác, trung thực của hồ sơ, tài liệu và số liệu kê khai ưu đãi thuế TNDN.
• Cơ quan thuế các cấp có trách nhiệm tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra việc chấp hành điều kiện hưởng ưu đãi thuế của doanh nghiệp, đảm bảo việc áp dụng chính sách đúng đối tượng, đúng quy định và ngăn ngừa các hành vi trục lợi chính sách thuế.