Công văn 1616/TCT-CS do Tổng cục Thuế ban hành là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng nhằm giải quyết các vướng mắc của các đơn vị đăng kiểm và cơ quan thuế địa phương liên quan đến việc lập hóa đơn, chứng từ đối với các khoản thu dịch vụ kiểm định và lệ phí cấp giấy chứng nhận kiểm định an toàn kỹ thuật, bảo vệ môi trường phương tiện giao thông cơ giới đường bộ.

• Quy định về lập hóa đơn đối với giá dịch vụ kiểm định xe cơ giới: Hoạt động kiểm định xe cơ giới là dịch vụ có thu tiền, thuộc đối tượng chịu thuế giá trị gia tăng (GTGT). Do đó, khi cung cấp dịch vụ này, các đơn vị đăng kiểm phải thực hiện lập hóa đơn GTGT và giao cho khách hàng theo đúng quy định tại Nghị định số 123/2020/NĐ-CP về hóa đơn, chứng từ. Doanh thu từ hoạt động này phải được kê khai và nộp thuế GTGT theo quy định hiện hành.
• Quy định về chứng từ đối với lệ phí cấp giấy chứng nhận kiểm định: Khoản thu lệ phí cấp giấy chứng nhận bảo đảm an toàn kỹ thuật và bảo vệ môi trường đối với xe cơ giới là khoản thu thuộc ngân sách nhà nước. Khi thu khoản lệ phí này, đơn vị đăng kiểm (với vai trò là tổ chức thu phí, lệ phí) phải lập biên lai thu phí, lệ phí theo quy định, không được gộp chung vào hóa đơn dịch vụ kiểm định.
• Nguyên tắc tách biệt hóa đơn dịch vụ và biên lai lệ phí: Công văn nhấn mạnh việc các đơn vị đăng kiểm phải thực hiện xuất hóa đơn GTGT cho phần dịch vụ kiểm định và xuất biên lai thu lệ phí cho phần lệ phí cấp giấy chứng nhận riêng biệt. Việc tách biệt này đảm bảo tính minh bạch trong hạch toán kế toán, giúp cơ quan quản lý dễ dàng giám sát và tránh việc áp dụng sai thuế suất hoặc gộp sai bản chất các khoản thu.
• Trách nhiệm hạch toán và kê khai của các trung tâm đăng kiểm: Các đơn vị đăng kiểm có trách nhiệm mở sổ sách kế toán, hạch toán riêng biệt doanh thu từ hoạt động cung cấp dịch vụ kiểm định và các khoản thu hộ, chi hộ hoặc thu lệ phí nộp ngân sách nhà nước. Đồng thời, thực hiện kê khai, nộp thuế và quyết toán các khoản phí, lệ phí kịp thời với cơ quan thuế trực tiếp quản lý.

Công văn 1616/TCT-CS mang lại sự thống nhất trong cách triển khai áp dụng hóa đơn điện tử và biên lai điện tử tại các trung tâm đăng kiểm trên toàn quốc. Hướng dẫn này không chỉ giúp các đơn vị đăng kiểm thực hiện đúng nghĩa vụ thuế, tránh các rủi ro pháp lý về hóa đơn chứng từ, mà còn tạo điều kiện thuận lợi cho các tổ chức, cá nhân đưa xe đi đăng kiểm có đầy đủ chứng từ hợp lệ để hạch toán chi phí doanh nghiệp một cách chính xác.