Công văn 1606/TCT-CS do Tổng cục Thuế ban hành năm 2023 là văn bản hướng dẫn quan trọng về chính sách thuế giá trị gia tăng (GTGT), đặc biệt tập trung vào công tác hoàn thuế GTGT đối với các dự án đầu tư. Văn bản này đưa ra những chỉ dẫn cụ thể nhằm tháo gỡ vướng mắc cho doanh nghiệp và cơ quan thuế địa phương, đảm bảo việc thực thi pháp luật thuế được thống nhất và minh bạch.

- Đối tượng và phạm vi áp dụng hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư

Công văn làm rõ các trường hợp cơ sở kinh doanh được xét hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư theo quy định của Luật Thuế giá trị gia tăng và các văn bản hướng dẫn thi hành:

• Cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư đã đăng ký doanh nghiệp, đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, hoặc cơ sở kinh doanh đang hoạt động có dự án đầu tư mới tại tỉnh, thành phố khác nơi đóng trụ sở chính đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động.
• Số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ mua vào dùng cho dự án đầu tư lũy kế từ 300 triệu đồng trở lên sẽ được xem xét hoàn thuế GTGT theo quy định.
• Quy định về việc bù trừ số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (nếu có) trước khi xác định số thuế được hoàn.

- Điều kiện bắt buộc để được hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư

Để được giải quyết hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư, doanh nghiệp phải đáp ứng đầy đủ các điều kiện pháp lý nghiêm ngặt sau:

• Phải có Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc Quyết định chủ trương đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư đối với các trường hợp phải thực hiện thủ tục cấp giấy chứng nhận hoặc quyết định chủ trương.
• Doanh nghiệp phải góp đủ số vốn điều lệ đã đăng ký theo quy định của pháp luật doanh nghiệp tính đến thời điểm nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế.
• Dự án đầu tư không thuộc các trường hợp không được hoàn thuế GTGT, chẳng hạn như dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 01/7/2016 hoặc dự án đầu tư sản xuất sản phẩm hàng hóa mà tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên.
• Hóa đơn, chứng từ mua vào dùng cho dự án đầu tư phải đảm bảo tính hợp pháp, hợp lệ và phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với các hóa đơn có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên.

- Hướng dẫn xử lý hoàn thuế đối với ngành nghề kinh doanh có điều kiện

Một trong những nội dung cốt lõi của Công văn 1606/TCT-CS là việc làm rõ chính sách hoàn thuế đối với các dự án đầu tư thuộc ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện:

• Trong giai đoạn đầu tư, nếu doanh nghiệp chưa được cấp Giấy phép kinh doanh ngành, nghề có điều kiện hoặc Giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh (do dự án chưa đi vào hoạt động), doanh nghiệp vẫn được xem xét hoàn thuế GTGT nếu đáp ứng các điều kiện chung về đầu tư.
• Trường hợp dự án đầu tư đã đi vào hoạt động sản xuất kinh doanh nhưng doanh nghiệp chưa được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp Giấy phép kinh doanh ngành, nghề có điều kiện hoặc chưa đáp ứng đủ điều kiện kinh doanh theo quy định, số thuế GTGT đầu vào phát sinh trong giai đoạn đầu tư sẽ không được hoàn thuế.
• Tổng cục Thuế yêu cầu các Cục Thuế địa phương phải thực hiện thanh tra, kiểm tra kỹ lưỡng hồ sơ hoàn thuế, đối chiếu với các quy định chuyên ngành để xác định chính xác thời điểm dự án bắt đầu vận hành và tính pháp lý của các giấy phép liên quan.

- Trách nhiệm của cơ quan thuế và người nộp thuế trong công tác hoàn thuế

Công văn nhấn mạnh vai trò và trách nhiệm của các bên trong quy trình quản lý hoàn thuế GTGT nhằm đảm bảo tính nghiêm minh của pháp luật:

• Người nộp thuế phải tự chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác, trung thực của hồ sơ đề nghị hoàn thuế, bao gồm tính hợp pháp của hóa đơn, chứng từ và tiến độ thực hiện dự án đầu tư thực tế.
• Cơ quan thuế có trách nhiệm hướng dẫn, hỗ trợ người nộp thuế thực hiện đúng thủ tục; đồng thời tăng cường công tác hậu kiểm, đối chiếu thông tin hóa đơn điện tử để ngăn chặn hành vi gian lận, trục lợi tiền hoàn thuế từ ngân sách nhà nước.
• Đối với các trường hợp có dấu hiệu rủi ro cao về thuế, cơ quan thuế sẽ áp dụng nguyên tắc "kiểm tra trước, hoàn thuế sau" để đảm bảo an toàn cho nguồn thu ngân sách.