Công văn 153/TCT-CS năm 2019 do Tổng cục Thuế ban hành là văn bản hướng dẫn quan trọng về chính sách thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với dự án đầu tư. Văn bản này giải đáp các vướng mắc của doanh nghiệp và cơ quan thuế địa phương trong việc xác định điều kiện hoàn thuế GTGT đối với các dự án đầu tư mới hoặc dự án đầu tư mở rộng, đảm bảo thực hiện thống nhất theo quy định của Luật Thuế GTGT và các văn bản hướng dẫn thi hành.

Theo hướng dẫn tại Công văn 153/TCT-CS và các quy định pháp luật liên quan, cơ sở kinh doanh đang hoạt động nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới tại cùng tỉnh, thành phố hoặc khác tỉnh, thành phố sẽ được xem xét hoàn thuế GTGT nếu đáp ứng các điều kiện sau:

• Dự án đầu tư phải đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động sản xuất kinh doanh và chưa đăng ký kinh doanh, đăng ký thuế.
• Số thuế GTGT đầu vào lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào phục vụ cho dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên.
• Cơ sở kinh doanh phải thực hiện kê khai thuế GTGT riêng đối với dự án đầu tư và thực hiện bù trừ với số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện trước khi xác định số thuế được hoàn.

Công văn 153/TCT-CS nhấn mạnh các trường hợp không được hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư nhằm đảm bảo tính tuân thủ pháp luật và hạn chế rủi ro thất thu ngân sách nhà nước:

• Chưa góp đủ vốn điều lệ: Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế GTGT nếu cơ sở kinh doanh chưa góp đủ số vốn điều lệ đã đăng ký theo quy định của pháp luật về doanh nghiệp và điều lệ của công ty.
• Dự án đầu tư ngành nghề kinh doanh có điều kiện chưa đáp ứng điều kiện: Đối với các dự án đầu tư thuộc ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng chưa được cấp giấy phép kinh doanh ngành, nghề có điều kiện, giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh, hoặc chưa có văn bản chấp thuận của cơ quan nhà nước có thẩm quyền khi dự án đã đi vào hoạt động.
• Dự án khai thác tài nguyên, khoáng sản: Dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 01/7/2016 hoặc dự án đầu tư sản xuất sản phẩm mà tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên.
• Dự án đầu tư xây dựng nhà để bán: Dự án đầu tư xây dựng nhà để bán hoặc cho thuê mà không hình thành tài sản cố định của cơ sở kinh doanh để phục vụ sản xuất kinh doanh.

Để thực hiện hoàn thuế GTGT đúng quy định, doanh nghiệp cần tuân thủ nghiêm ngặt nguyên tắc kê khai và bù trừ thuế như sau:

• Doanh nghiệp phải lập hồ sơ khai thuế GTGT riêng cho dự án đầu tư theo mẫu quy định (Mẫu số 02/GTGT).
• Số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư phải được bù trừ với số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện của trụ sở chính trong cùng kỳ tính thuế.
• Sau khi bù trừ, nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì doanh nghiệp mới được xem xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư đó.

Tổng cục Thuế yêu cầu các Cục Thuế địa phương tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra đối với hồ sơ hoàn thuế GTGT của dự án đầu tư nhằm đảm bảo tính minh bạch:

• Kiểm tra tính hợp pháp, hợp lệ của các hóa đơn, chứng từ mua vào phục vụ dự án đầu tư, đặc biệt là các hóa đơn mua sắm tài sản cố định có giá trị lớn.
• Xác minh tiến độ góp vốn điều lệ thực tế của các thành viên, cổ đông sáng lập theo đúng thời hạn quy định của Luật Doanh nghiệp.
• Rà soát kỹ lưỡng các điều kiện về giấy phép đối với các ngành nghề kinh doanh có điều kiện để tránh việc hoàn thuế sai đối tượng, sai mục đích.