Tổng cục Thuế nhận được công văn số 01/2018/CV-HT ngày 15/8/2018 của Công ty TNHH SX-DV&TM Huỳnh Thành, MST 0303678683 (sau đây gọi tắt là Công ty) đề nghị hướng dẫn hoàn thuế giá trị gia tăng đầu vào của mặt hàng phân bón, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Điểm b Khoản 2 Điều 8 Luật Thuế GTGT số 13/2008/QH12 (có hiệu lực từ ngày 01/1/2009) quy định mặt hàng phân bón thuộc đối tượng áp dụng thuế suất thuế GTGT 5%;

Khoản 1 Điều 3 Luật số 71/2014/QH13 (có hiệu lực từ ngày 0/1/12015) sửa đổi bổ sung một số điều của các Luật về thuế quy định mặt hàng phân bón thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT;

Khoản 1 Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT đầu vào:

“1. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT được khấu trừ toàn bộ, kể cả thuế GTGT đầu vào không được bồi thường của hàng hóa chịu thuế GTGT bị tổn thất.”

Khoản 8 Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT đầu vào:

“8. Thuế GTGT đầu vào phát sinh trong kỳ nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của kỳ đó, không phân biệt đã xuất dùng hay còn để trong kho.”

Điêu 15 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào;

Điểm b Khoản 9 Điều 1 Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/2/2015 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn:

“b) Bổ sung khoản 14a vào Điều 14 như sau:

“14a. Số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ, tài sản cố định phục vụ cho sản xuất: phân bón, máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ cho sản xuất nông nghiệp, tàu đánh bắt xa bờ, thức ăn gia súc, gia cầm, thủy sản và thức ăn cho vật nuôi khác tiêu thụ trong nước không được kê khai, khấu trừ mà tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp, trừ số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ, tài sản cố định mua vào thể hiện trên hóa đơn giá trị gia tăng, chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu phát sinh trước ngày 01 tháng 01 tháng 2015 đáp ứng điều kiện khấu trừ, hoàn thuế và thuộc diện hoàn thuế theo quy định tại Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 và Thông tư này.””

Khoản 1 Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn đối tượng và trường hợp được hoàn thuế GTGT:

“1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc trong quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo; trường hợp lũy kế sau ít nhất mười hai tháng tính từ tháng đầu tiên hoặc sau ít nhất bốn quý tính từ quý đầu tiên phát sinh số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết mà vẫn còn số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế.”

Khoản 3 Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn:

“1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc trong quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo.

Trường hợp cơ sở kinh doanh có số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết phát sinh trước kỳ tính thuế tháng 7/2016 (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc trước kỳ tính thuế quý 3/2016 (đối với trường hợp kê khai theo quý) đủ điều kiện hoàn thuế GTGT theo hướng dẫn tại Khoản 1 Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC thì cơ quan thuế giải quyết hoàn thuế theo quy định của pháp luật.”

Khoản 3 Điều 13 Thông tư số 99/2016/TT-BTC ngày 29/6/2016 của Bộ Tài chính hướng dẫn về quản lý hoàn thuế GTGT:

“3. Trong quá trình giải quyết hoàn thuế mà cơ quan thuế qua công tác kiểm tra, thanh tra thuế phát hiện người nộp thuế có dấu hiệu vi phạm pháp luật và đã chuyển hồ sơ cho cơ quan công an Điều tra hoặc người nộp thuế bị cơ quan nhà nước có thẩm quyền thu giữ sổ sách kế toán, hóa đơn chứng từ liên quan đến số thuế đề nghị hoàn thì cơ quan thuế phải thông báo cho người nộp thuế về việc hồ sơ chưa đủ Điều kiện hoàn thuế. Cơ quan thuế thực hiện giải quyết hoàn thuế khi có kết quả hoặc ý kiến của cơ quan công an hoặc của cơ quan có thẩm quyền hoặc khi có đủ hồ sơ theo quy định.”

Điểm d Khoản 3 Điều 58 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn về trách nhiệm giải quyết hồ sơ hoàn thuế:

“Trong quá trình kiểm tra hồ sơ hoàn thuế, nếu cơ quan thuế xác định số thuế đủ điều kiện được hoàn thì giải quyết tạm hoàn số thuế đã đủ điều kiện hoàn, không chờ kiểm tra xác minh toàn bộ hồ sơ mới thực hiện hoàn thuế; đối với số thuế cần kiểm tra xác minh, yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung hồ sơ thì xử lý hoàn thuế khi có đủ điều kiện theo quy định.”

Theo các căn cứ, hướng dẫn nêu trên và hồ sơ Cục Thuế, Công ty cung cấp:

Trường hợp Công ty kinh doanh mặt hàng phân bón thuộc đối tượng chịu thuế GTGT trước ngày 01/1/2015 và thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT kể từ ngày 01/1/2015: Số thuế GTGT đầu vào phục vụ kinh doanh mặt hàng phân bón phát sinh trước ngày 01/1/2015 được khấu trừ nếu đáp ứng các quy định tại điều 14, 15 Thông tư số 219/2013/TT-BTC; số thuế GTGT đầu vào phục vụ kinh doanh mặt hàng phân bón phát sinh kể từ ngày 01/1/2015 Công ty không được khấu trừ mà tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp. Trường hợp Công ty có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết lũy kế sau ít nhất 12 tháng liên tục phát sinh trước ngày 01/7/2016 nếu đáp ứng điều kiện khấu trừ, hoàn thuế thì được xem xét giải quyết hoàn thuế theo quy định.

Trong quá trình giải quyết hồ sơ hoàn thuế của Công ty, nếu cơ quan thuế xác định số thuế đủ điều kiện được hoàn thì giải quyết hoàn số thuế đã đủ điều kiện hoàn, không chờ kiểm tra xác minh toàn bộ hồ sơ mới thực hiện hoàn thuế; đối với số thuế GTGT đầu vào liên quan đến số thuế đề nghị hoàn chuyển cơ quan nhà nước có thẩm quyền điều tra, hoặc cần kiểm tra xác minh, yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung hồ sơ thì xử lý hoàn thuế khi có đủ điều kiện theo quy định. Đề nghị Công ty liên hệ với cơ quan thuế quản lý trực tiếp để được hướng dẫn cụ thể.

Đề nghị Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh, Chi cục Thuế Quận 7 phối hợp chặt chẽ với cơ quan công an trong công tác đấu tranh phòng, chống các hành vi tội phạm trong lĩnh vực thuế nhằm xác định có hay không hành vi trốn thuế của Công ty để có căn cứ giải quyết hồ sơ hoàn thuế của Công ty theo đúng quy định.

Tổng cục Thuế thông báo để Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh và Công ty được biết và thực hiện./.