Công văn 1465/TCT-CS được Tổng cục Thuế ban hành năm 2015 nhằm hướng dẫn giải quyết các vướng mắc liên quan đến chính sách hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với dự án đầu tư. Đây là văn bản hướng dẫn quan trọng giúp các doanh nghiệp và cơ quan thuế địa phương thống nhất thực hiện các quy định về điều kiện hoàn thuế, đặc biệt là điều kiện về góp vốn điều lệ và thủ tục hoàn thuế đối với dự án đầu tư mới.

1. Điều kiện hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư mới

Theo hướng dẫn tại Công văn 1465/TCT-CS, cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, nếu có thời gian đầu tư từ 01 năm trở lên thì được xét hoàn thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho đầu tư theo từng năm. Các quy định cụ thể bao gồm:

• Số thuế GTGT lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào dùng cho đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên sẽ được xem xét hoàn thuế GTGT.
• Doanh nghiệp phải thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật và có tài khoản ngân hàng đăng ký với cơ quan thuế.

2. Quy định về việc góp đủ vốn điều lệ để được hoàn thuế

Một trong những nội dung cốt lõi được làm rõ trong Công văn 1465/TCT-CS là điều kiện về vốn điều lệ của doanh nghiệp khi đề nghị hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư:

• Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế GTGT mà chuyển kỳ sau khấu trừ nếu cơ sở kinh doanh không góp đủ số vốn điều lệ như đã đăng ký theo quy định của pháp luật.
• Trường hợp doanh nghiệp chưa góp đủ vốn điều lệ theo tiến độ hoặc theo cam kết đăng ký, cơ quan thuế sẽ không tiếp nhận hoặc từ chối giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư đó cho đến khi doanh nghiệp khắc phục và góp đủ vốn.
• Quy định này nhằm đảm bảo tính minh bạch tài chính, năng lực thực hiện dự án của chủ đầu tư và hạn chế các hành vi gian lận thuế thông qua việc thành lập dự án "ảo".

3. Hướng dẫn xử lý đối với các trường hợp cụ thể

Công văn cũng đưa ra các chỉ dẫn chi tiết cho cơ quan thuế địa phương khi thanh tra, kiểm tra hồ sơ hoàn thuế:

• Đối với dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh đang hoạt động: Trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới tại tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế thì cơ sở kinh doanh phải lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư và bù trừ với số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện.
• Đối với việc kiểm tra thực tế: Cơ quan thuế có trách nhiệm kiểm tra thực tế tiến độ góp vốn, chứng từ góp vốn của các thành viên sáng lập hoặc cổ đông để đối chiếu với giấy phép đăng ký kinh doanh trước khi ra quyết định hoàn thuế.

4. Ý nghĩa và lưu ý áp dụng thực tế

Công văn 1465/TCT-CS đóng vai trò là cơ sở pháp lý quan trọng giúp tháo gỡ các vướng mắc về hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư, đồng thời siết chặt quản lý nhà nước đối với nghĩa vụ góp vốn của doanh nghiệp. Doanh nghiệp cần lưu ý:

• Luôn theo dõi sát sao tiến độ góp vốn điều lệ để đảm bảo phù hợp với quy định của Luật Doanh nghiệp và các văn bản hướng dẫn về thuế.
• Chuẩn bị đầy đủ chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với các khoản góp vốn bằng tiền và chứng từ mua sắm tài sản, hàng hóa dịch vụ phục vụ dự án đầu tư để quá trình hoàn thuế diễn ra thuận lợi.