Kính gửi: Đồng chí Cục trưởng Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương.

Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng và hướng dẫn thi hành Nghị định số 123/2008/NĐ-CP ngày 08/12/2008 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng; Thông tư số 60/2007/TT-BTC ngày 14/6/2007 hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế và hướng dẫn thi hành Nghị định số 85/2007/NĐ-CP ngày 25/5/2007 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế; Thông tư số 28/2011/TT-BTC hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế, hướng dẫn thi hành Nghị định số 85/2007/NĐ-CP ngày 25/5/2007 và Nghị định số 106/2010/NĐ-CP ngày 28/10/2010 của Chính phủ; Thông tư số 153/2010/TT-BTC ngày 28/9/2010 hướng dẫn thi hành Nghị định số 51/2010/NĐ-CP ngày 14/5/2010 của Chính phủ quy định về hóa đơn bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ; Trong đó đã quy định về sử dụng hóa đơn chứng từ kê khai, nộp thuế GTGT đối với các đơn vị hạch toán phụ thuộc có trụ sở khác hoặc cùng địa phương (tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương) với trụ sở chính của doanh nghiệp. Sau một thời gian thực hiện, hướng dẫn trên đã giải quyết được nhiều vướng mắc, bất cập trong việc kê khai, nộp thuế GTGT của các đơn vị, tạo điều kiện cho cơ quan thuế tăng cường quản lý thuế GTGT có hiệu quả. Thực tế qua kiểm tra, báo cáo của Tổng cục Thuế, ở một số Cục Thuế trong quá trình áp dụng hóa đơn, chứng từ, kê khai nộp thuế GTGT đối với các đơn vị hạch toán phụ thuộc có trụ sở cùng địa phương với trụ sở chính của doanh nghiệp chưa đúng quy định tại điểm 1.2, Mục II, Phần B Thông tư số 60/2007/TT-BTC (đã được sửa đổi tại Thông tư số 28/2011/TT-BTC) dẫn đến tình trạng làm tăng số thuế GTGT được hoàn cho doanh nghiệp, đặc biệt là số thuế GTGT hoàn cho hàng hóa nông, lâm, thủy sản do các cơ sở hạch toán phụ thuộc mua của người bán không có hóa đơn GTGT điều chuyển về cho doanh nghiệp để xuất khẩu. Để khắc phục tình trạng trên, Bộ Tài chính yêu cầu đồng chí Cục trưởng Cục Thuế triển khai ngay các biện pháp sau:

1. Tổ chức hướng dẫn việc thực hiện hóa đơn, chứng từ, kê khai nộp thuế GTGT đối với các đối tượng là đơn vị hạch toán phụ thuộc có trụ sở cùng địa phương với trụ sở chính của doanh nghiệp muốn đăng ký kê khai nộp thuế GTGT riêng theo phương pháp khấu trừ với Văn phòng trụ sở chính của doanh nghiệp theo quy định tại điểm 1b, Điều 10 Thông tư số 28/2011/TT-BTC như sau:

Điểm 1b, Điều 10 Thông tư số 28/2011/TT-BTC hướng dẫn:

“Trách nhiệm nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng cho cơ quan thuế:

a) Người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

b) Trường hợp người nộp thuế có đơn vị trực thuộc kinh doanh ở địa phương cấp tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương cùng nơi người nộp thuế có trụ sở chính thì người nộp thuế thực hiện khai thuế giá trị gia tăng chung cho cả đơn vị trực thuộc.

Nếu đơn vị trực thuộc có con dấu, tài khoản tiền gửi ngân hàng, trực tiếp bán hàng hóa, dịch vụ, kê khai đầy đủ thuế giá trị gia tăng đầu vào, đầu ra có nhu cầu kê khai nộp thuế riêng phải đăng ký nộp thuế riêng và sử dụng hóa đơn riêng”.

Như vậy quy định này chỉ áp dụng cho các đơn vị hạch toán phụ thuộc kê khai nộp thuế GTGT đối với hàng hóa, dịch vụ do đơn vị trực tiếp bán cho người mua ngoài doanh nghiệp. Khi xuất bán hàng hóa, dịch vụ đơn vị sử dụng hóa đơn GTGT để tính thuế GTGT đầu ra, làm căn cứ kê khai thuế GTGT đầu ra. Đối với hàng hóa điều chuyển về doanh nghiệp, đơn vị sử dụng phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ, không tính và kê khai thuế GTGT đầu ra. Hàng hóa, dịch vụ do đơn vị mua vào nếu có hóa đơn GTGT theo đúng quy định, sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT của đơn vị thì được khấu trừ toàn bộ. Doanh nghiệp khi bán hàng hóa do đơn vị hạch toán phụ thuộc điều chuyển về phải sử dụng hóa đơn GTGT để tính thuế GTGT, kê khai nộp thuế GTGT cho hàng hóa bán ra.

Quy định này cần hướng dẫn để kê khai thuế GTGT tháng 01 năm 2012. Trường hợp các đơn vị đã sử dụng hóa đơn GTGT để tính và kê khai thuế GTGT cho hàng hóa điều chuyển về doanh nghiệp thì hướng dẫn doanh nghiệp điều chỉnh lại hóa đơn, chứng từ, kê khai thuế theo hướng dẫn tại điểm này.

2. Cục Thuế tổ chức kiểm tra năm 2011 trở về trước đối với các đơn vị hạch toán phụ thuộc có trụ sở cùng địa phương (tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương) với trụ sở chính của doanh nghiệp, đã đăng ký, thực hiện kê khai nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, có mua hàng hóa là nông, lâm, thủy sản của người bán không có hóa đơn GTGT điều chuyển về doanh nghiệp để bán trong nước hoặc xuất khẩu (kể cả trường hợp mua hàng hóa là nông, lâm, thủy sản về để làm nguyên liệu sản xuất, chế biến sau đó xuất điều chuyển về doanh nghiệp để bán hoặc để xuất khẩu), đã sử dụng hóa đơn GTGT khi xuất điều chuyển hàng hóa về doanh nghiệp và kê khai, nộp thuế GTGT đối với hàng hóa điều chuyển nội bộ tại đơn vị hạch toán phụ thuộc không đúng quy định để yêu cầu đơn vị thực hiện điều chỉnh lại cho đúng chế độ quy định về việc sử dụng hóa đơn, chứng từ, kê khai, nộp thuế và hoàn thuế GTGT tại các đơn vị này từ năm 2011 trở về trước theo hướng dẫn tại điểm 1 công văn này. Trường hợp sau khi điều chỉnh lại các đơn vị phát sinh số thuế GTGT phải nộp ít hơn số thuế đã kê khai, dẫn đến đơn vị nộp thừa ngân sách thì số thuế nộp thừa được kết chuyển bù trừ vào số thuế GTGT phát sinh phải nộp của các kỳ tiếp theo. Nếu đơn vị đề nghị hoàn trả trực tiếp từ ngân sách thì xử lý theo đúng quy định hiện hành.

Căn cứ kết quả điều chỉnh lại cho hàng hóa xuất điều chuyển nội bộ về doanh nghiệp thì yêu cầu các doanh nghiệp điều chỉnh kê khai lại thuế GTGT các tháng kê khai thuế GTGT có liên quan, để xác định lại số thuế GTGT phải nộp hoặc được hoàn. Trường hợp năm 2011 trở về trước các doanh nghiệp đã được hoàn thuế GTGT, nếu số thuế GTGT được hoàn xác định lại của các hồ sơ hoàn thuế nhỏ hơn số thuế đã hoàn cho doanh nghiệp, hoặc không phát sinh hoàn thì Cục Thuế thực hiện truy hoàn số thuế đã hoàn kịp thời vào quỹ hoàn thuế của Ngân sách trung ương. Số thuế GTGT phải truy hoàn là chênh lệch giữa số thuế GTGT đã hoàn trừ (-) số thuế GTGT được hoàn sau khi xác định lại. Trường hợp trong kỳ hoàn thuế, nếu xác định lại doanh nghiệp phát sinh số thuế GTGT phải nộp thì truy hoàn toàn bộ số thuế GTGT đã hoàn cho doanh nghiệp.

Cục Thuế cần kiểm tra, xử lý truy thu đối với số thuế GTGT đã kê khai, nộp và hoàn không đúng quy định này chậm nhất là ngày 30/3/2012.

3. Cục Thuế tổng hợp báo cáo kết quả xử lý các trường hợp nêu tại điểm 2 công văn này về Bộ Tài chính (Tổng cục Thuế) trước ngày 15/4/2012.

Báo cáo rõ số lượng các doanh nghiệp trên địa bàn, tổng số thuế GTGT phải truy hoàn, chi tiết đến từng doanh nghiệp, mặt hàng nông, lâm, thủy sản.

Bộ Tài chính yêu cầu các Cục Thuế thực hiện nghiêm túc, kịp thời theo hướng dẫn tại công văn này và chịu trách nhiệm trước Bộ Tài chính về kết quả xử lý các trường hợp theo hướng dẫn tại công văn này./.