Công văn 11094/TCHQ-GSQL do Tổng cục Hải quan ban hành năm 2016 là văn bản hướng dẫn quan trọng về thủ tục hải quan đối với hàng hóa thay đổi mục đích sử dụng hoặc chuyển tiêu thụ nội địa. Văn bản này giúp thống nhất quy trình thực hiện giữa các đơn vị hải quan địa phương và doanh nghiệp, đảm bảo quản lý thuế chặt chẽ và tuân thủ đúng quy định pháp luật.

Nguyên tắc thực hiện thủ tục hải quan khi thay đổi mục đích sử dụng

• Hàng hóa nhập khẩu đã được giải phóng hàng hoặc thông quan nhưng sau đó thay đổi mục đích sử dụng, chuyển tiêu thụ nội địa thì người khai hải quan phải khai tờ khai hải quan mới.
• Chính sách quản lý hàng hóa nhập khẩu và chính sách thuế áp dụng tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan mới, trừ trường hợp tại thời điểm làm thủ tục nhập khẩu ban đầu doanh nghiệp đã thực hiện đầy đủ chính sách quản lý nhập khẩu.
• Việc thay đổi mục đích sử dụng hoặc chuyển tiêu thụ nội địa chỉ được thực hiện sau khi người khai hải quan hoàn thành thủ tục hải quan và nộp đủ các loại thuế trên tờ khai hải quan mới.

Thủ tục khai báo và hồ sơ hải quan

• Người khai hải quan thực hiện khai báo trên hệ thống thông quan điện tử theo loại hình nhập khẩu mới tương ứng với mục đích sử dụng thay đổi (ví dụ: chuyển từ miễn thuế sang tiêu thụ nội địa, hoặc từ tạm nhập tái xuất sang tiêu thụ nội địa).
• Hồ sơ hải quan bao gồm: Tờ khai hải quan mới, văn bản cho phép thay đổi mục đích sử dụng của cơ quan có thẩm quyền (đối với hàng hóa thuộc diện phải xin phép), chứng từ chứng minh trị giá hải quan và các chứng từ liên quan khác theo quy định.
• Doanh nghiệp có nghĩa vụ ghi rõ số tờ khai hải quan ban đầu, ngày đăng ký tờ khai ban đầu và lý do thay đổi mục đích sử dụng tại phần ghi chú của tờ khai hải quan mới để cơ quan hải quan theo dõi, đối chiếu.

Chính sách thuế và xác định trị giá tính thuế

• Thời điểm tính thuế, tỷ giá tính thuế và thuế suất áp dụng đối với hàng hóa thay đổi mục đích sử dụng được xác định tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan mới.
• Trị giá tính thuế được xác định trên cơ sở trị giá hải quan tại thời điểm thay đổi mục đích sử dụng. Đối với hàng hóa đã qua sử dụng tại Việt Nam, trị giá tính thuế được xác định trên cơ sở giá trị sử dụng còn lại của hàng hóa (được tính khấu hao, phân bổ theo quy định của Bộ Tài chính).
• Đối với nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để gia công, sản xuất xuất khẩu nhưng chuyển tiêu thụ nội địa, doanh nghiệp phải kê khai và nộp đủ thuế nhập khẩu, thuế giá trị gia tăng cùng các loại thuế khác (nếu có) phát sinh từ việc thay đổi mục đích sử dụng này.

Trách nhiệm của doanh nghiệp và cơ quan hải quan

• Đối với doanh nghiệp: Chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác, trung thực của nội dung khai báo, thời điểm thay đổi mục đích sử dụng thực tế và thực hiện đầy đủ nghĩa vụ thuế theo quy định.
• Đối với cơ quan hải quan: Tiến hành kiểm tra hồ sơ, đối chiếu thông tin với tờ khai hải quan ban đầu để xác định tính hợp pháp của việc thay đổi mục đích sử dụng. Thực hiện kiểm tra thực tế hàng hóa trong trường hợp có dấu hiệu nghi ngờ vi phạm và tiến hành ấn định thuế hoặc xử lý vi phạm hành chính nếu phát hiện doanh nghiệp khai báo không đúng thực tế.