Công văn 1037/TCT-CS năm 2020 do Tổng cục Thuế ban hành nhằm hướng dẫn về chính sách thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN), tập trung vào việc xác định điều kiện ưu đãi thuế đối với dự án đầu tư mới và thủ tục đăng ký đầu tư theo quy định pháp luật tại thời điểm doanh nghiệp thành lập.

- Quy định về thủ tục đăng ký đầu tư đối với dự án đầu tư trong nước

Căn cứ theo quy định tại Điều 45 Luật Đầu tư năm 2005, thủ tục đăng ký đầu tư đối với các dự án đầu tư trong nước được phân loại cụ thể như sau:

• Đối với dự án đầu tư trong nước có quy mô vốn đầu tư dưới mười lăm (15) tỷ đồng Việt Nam và không thuộc Danh mục lĩnh vực đầu tư có điều kiện: Nhà đầu tư không phải thực hiện thủ tục đăng ký đầu tư.
• Đối với dự án đầu tư trong nước có quy mô vốn đầu tư từ mười lăm (15) tỷ đồng Việt Nam đến dưới ba trăm (300) tỷ đồng Việt Nam và không thuộc Danh mục lĩnh vực đầu tư có điều kiện: Nhà đầu tư phải thực hiện thủ tục đăng ký đầu tư theo mẫu quy định tại cơ quan nhà nước quản lý đầu tư cấp tỉnh.

- Quy định về dự án đầu tư mới được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp

Theo Khoản 5 Điều 18 Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/6/2014 của Bộ Tài chính, dự án đầu tư mới được hưởng ưu đãi thuế TNDN theo quy định tại Điều 15 và Điều 16 Nghị định số 218/2013/NĐ-CP bao gồm các trường hợp sau:

• Dự án được cấp Giấy chứng nhận đầu tư lần thứ nhất từ ngày 01/01/2014 và phát sinh doanh thu của chính dự án đó kể từ ngày được cấp Giấy chứng nhận đầu tư.
• Dự án đầu tư trong nước gắn liền với việc thành lập doanh nghiệp mới có quy mô vốn đầu tư dưới 15 tỷ đồng Việt Nam, không thuộc Danh mục lĩnh vực đầu tư có điều kiện và được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp từ ngày 01/01/2014.
• Dự án đầu tư đã được cấp Giấy phép đầu tư hoặc Giấy chứng nhận đầu tư trước ngày 01/01/2014 nhưng đang trong quá trình thực hiện đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa phát sinh doanh thu và được cấp Giấy chứng nhận điều chỉnh Giấy phép đầu tư hoặc Giấy chứng nhận đầu tư điều chỉnh từ ngày 01/01/2014 của dự án đó.
• Dự án đầu tư độc lập với dự án của doanh nghiệp đang hoạt động (bao gồm cả trường hợp dự án có vốn đầu tư dưới 15 tỷ đồng Việt Nam và không thuộc Danh mục lĩnh vực đầu tư có điều kiện) có Giấy chứng nhận đầu tư từ ngày 01/01/2014 để thực hiện dự án đầu tư độc lập này.

- Nguyên tắc tự xác định và kiểm tra ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp

Điều 22 Thông tư số 78/2014/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn rõ ràng về cơ chế thực hiện ưu đãi thuế TNDN dựa trên nguyên tắc tự khai, tự chịu trách nhiệm của doanh nghiệp và công tác hậu kiểm của cơ quan thuế:

• Doanh nghiệp tự xác định: Doanh nghiệp có trách nhiệm tự xác định các điều kiện ưu đãi thuế, mức thuế suất ưu đãi được hưởng, thời gian miễn thuế, giảm thuế, cũng như số lỗ được trừ vào thu nhập tính thuế để tự thực hiện kê khai và quyết toán thuế với cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
• Cơ quan thuế kiểm tra, thanh tra: Khi tiến hành kiểm tra, thanh tra tại doanh nghiệp, cơ quan thuế có trách nhiệm kiểm tra thực tế các điều kiện được hưởng ưu đãi thuế, số thuế TNDN được miễn, giảm và số lỗ được trừ vào thu nhập chịu thuế theo đúng điều kiện thực tế mà doanh nghiệp đáp ứng.
• Xử lý vi phạm: Trường hợp phát hiện doanh nghiệp không đảm bảo đầy đủ các điều kiện để áp dụng thuế suất ưu đãi và thời gian miễn, giảm thuế, cơ quan thuế sẽ thực hiện xử lý truy thu thuế và xử phạt vi phạm hành chính về thuế theo đúng quy định pháp luật hiện hành.

- Hướng dẫn cụ thể đối với trường hợp của Công ty TNHH MTV HD Việt Can

Trên cơ sở đối chiếu các quy định pháp luật, Tổng cục Thuế đưa ra ý kiến chỉ đạo cụ thể đối với trường hợp của Công ty TNHH MTV HD Việt Can như sau:

• Công ty được Sở Kế hoạch và Đầu tư tỉnh Kiên Giang cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu vào ngày 08/12/2014 với mức vốn điều lệ là 55 tỷ đồng.
• Tại thời điểm thành lập và cấp giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp (năm 2014), các văn bản quy phạm pháp luật áp dụng trực tiếp là Luật Đầu tư năm 2005 và Thông tư số 78/2014/TT-BTC của Bộ Tài chính. Do đó, việc xác định mức ưu đãi thuế TNDN đối với Công ty phải căn cứ trên cơ sở các quy định tại các văn bản này và thực tế đáp ứng các điều kiện ưu đãi đầu tư của Công ty tại thời điểm thành lập.
• Liên quan đến nội dung ưu đãi thuế của Công ty, Tổng cục Thuế đã có các văn bản hướng dẫn trước đó bao gồm Công văn số 3388/TCT-CS ngày 26/8/2019 và Công văn số 4440/TCT-CS ngày 31/10/2019 gửi cho Công ty và Cục Thuế tỉnh Kiên Giang.
• Tổng cục Thuế đề nghị Công ty căn cứ vào tình hình thực tế hoạt động của doanh nghiệp, chủ động liên hệ với cơ quan thuế địa phương (Cục Thuế tỉnh Kiên Giang) để được hướng dẫn chi tiết và thực hiện theo đúng quy định pháp luật.