Doanh nghiệp nộp hồ sơ đăng ký tham gia Chương trình ưu đãi thuế trực tiếp hoặc gửi qua hệ thống dữ liệu điện tử hoặc gửi qua đường bưu điện cho cơ quan hải quan nơi doanh nghiệp đóng trụ sở chính hoặc nơi có nhà máy sản xuất, lắp ráp để đăng ký tham gia Chương trình ưu đãi thuế ngay sau ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành hoặc thời điểm bất kỳ hàng năm trong thời gian của Chương trình ưu đãi thuế.