Chương 3 Thông tư 219/2013/TT-BTC hướng dẫn Luật thuế giá trị gia tăng và Nghị định 209/2013/NĐ-CP do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

a) Đối với cơ sở sản xuất kinh doanh tổ chức sản xuất khép kín, hạch toán tập trung có sử dụng sản phẩm thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT qua các khâu để sản xuất ra mặt hàng chịu thuế GTGT thì số thuế GTGT đầu vào tại các khâu được khấu trừ toàn bộ.

Ví dụ 58: Doanh nghiệp X đầu tư xây dựng vùng nguyên liệu và nhà máy để sản xuất, chế biến phi lê cá tra, cá ba sa, tôm đông lạnh xuất khẩu. Doanh nghiệp tổ chức sản xuất khép kín từ khâu nuôi trồng, kể cả trường hợp thuê gia công nuôi trồng mà doanh nghiệp đầu tư toàn bộ giống, ao, hồ, hàng rào, hệ thống tưới tiêu, tàu thuyền và nguyên, vật liệu đầu vào khác như thức ăn chăn nuôi, thuốc thú y, dịch vụ thú y, đến khâu chế biến tôm, cá để xuất khẩu. Doanh nghiệp X được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định và của hàng hóa, dịch vụ mua vào không hình thành tài sản cố định tại tất cả các khâu sản xuất, chế biến.

Ví dụ 59: Doanh nghiệp Y đầu tư xây dựng vùng nguyên liệu và nhà máy để sản xuất, chế biến các sản phẩm từ sữa tươi sống (sữa tươi tiệt trùng, sữa chua, pho mát,...). Doanh nghiệp tổ chức sản xuất khép kín từ khâu chăn nuôi, kể cả trường hợp thuê gia công chăn nuôi mà doanh nghiệp đầu tư toàn bộ con giống (bò, dê), chuồng, trại, hàng rào, trang thiết bị vắt sữa, hệ thống vệ sinh chuồng, trại và nguyên, vật liệu đầu vào khác như thức ăn chăn nuôi, thuốc thú y, dịch vụ thú y, đến khâu chế biến thành các sản phẩm từ sữa. Doanh nghiệp Y được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định và của hàng hóa, dịch vụ mua vào không hình thành tài sản cố định tại tất cả các khâu sản xuất, chế biến.

b) Đối với cơ sở sản xuất kinh doanh có dự án đầu tư thực hiện đầu tư theo nhiều giai đoạn, bao gồm cả cơ sở sản xuất, kinh doanh mới thành lập, có phương án sản xuất, kinh doanh tổ chức sản xuất khép kín, hạch toán tập trung và sử dụng sản phẩm thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT để sản xuất ra mặt hàng chịu thuế GTGT nhưng trong giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản có cung cấp hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT thì số thuế GTGT đầu vào trong giai đoạn đầu tư để hình thành tài sản cố định được khấu trừ toàn bộ. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng số thuế GTGT đầu vào không sử dụng cho đầu tư tài sản cố định phục vụ cho hoạt động sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT để kê khai khấu trừ theo tỷ lệ (%) giữa doanh số chịu thuế GTGT so với tổng doanh số hàng hóa, dịch vụ bán ra.

Đối với cơ sở kinh doanh có dự án đầu tư để tiếp tục sản xuất, chế biến và có văn bản cam kết tiếp tục sản xuất sản phẩm chịu thuế GTGT thì được kê khai, khấu trừ thuế GTGT ngay từ giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản. Đối với thuế GTGT đầu vào phát sinh trong giai đoạn đầu tư XDCB, doanh nghiệp đã kê khai, khấu trừ, hoàn thuế nhưng sau đó xác định không đủ điều kiện, khấu trừ, hoàn thuế thì doanh nghiệp phải kê khai, điều chỉnh nộp lại tiền thuế GTGT đã khấu trừ, hoàn thuế. Trường hợp doanh nghiệp không thực hiện điều chỉnh, qua thanh tra, kiểm tra cơ quan thuế phát hiện ra thì cơ quan thuế sẽ thực hiện truy thu, truy hoàn và xử phạt theo quy định. Doanh nghiệp phải hoàn toàn chịu trách nhiệm trước pháp luật về các nội dung đã báo cáo, cam kết giải trình với cơ quan thuế liên quan đến việc khấu trừ, hoàn thuế.

Trường hợp cơ sở có bán hàng hóa là sản phẩm nông, lâm, thủy hải sản chưa qua chế biến hoặc mới qua sơ chế thông thường thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT thì số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào được tính khấu trừ theo tỷ lệ (%) doanh số hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh số của hàng hóa, dịch vụ bán ra.

Ví dụ 60: Doanh nghiệp A có dự án đầu tư vườn cây cao su, có phát sinh số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ ở khâu đầu tư XDCB, doanh nghiệp chưa có sản phẩm làm nguyên liệu để tiếp tục sản xuất chế biến ra sản phẩm chịu thuế GTGT (bao gồm cả sản phẩm chưa qua chế biến xuất khẩu hoặc sản phẩm đã qua chế biến thuộc đối tượng chịu thuế GTGT) nhưng có dự án xây dựng nhà máy chế biến mủ cao su (thuộc đối tượng chịu thuế GTGT) và cam kết sản phẩm trồng trọt tiếp tục chế biến ra sản phẩm chịu thuế GTGT thì Công ty được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào.

Trường hợp doanh nghiệp bán mủ cao su của toàn bộ dự án thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT thì doanh nghiệp không được khấu trừ thuế.

Trường hợp doanh nghiệp sử dụng một phần mủ cao su khai thác của dự án vào sản xuất sản phẩm chịu thuế GTGT, một phần bán ra thì thực hiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào như sau:

- Thuế GTGT đầu vào của TSCĐ (vườn cây cao su, nhà máy chế biến…): doanh nghiệp được khấu trừ toàn bộ (bao gồm cả thuế GTGT phát sinh trong giai đoạn đầu tư XDCB).

- Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ: thực hiện khấu trừ theo tỷ lệ (%) doanh số hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh số của hàng hóa, dịch vụ bán ra.

c) Đối với cơ sở sản xuất kinh doanh có dự án đầu tư, bao gồm cả cơ sở sản xuất, kinh doanh mới thành lập, vừa đầu tư vào sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT, vừa đầu tư vào sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT thì số thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định trong giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản được tạm khấu trừ theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra theo phương án sản xuất, kinh doanh của cơ sở kinh doanh. Số thuế tạm khấu trừ được điều chỉnh theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra trong ba năm kể từ năm đầu tiên có doanh thu.

Ví dụ 61: Doanh nghiệp Z thành lập mới từ dự án đầu tư vào lĩnh vực vận tải. Phương án sản xuất kinh doanh theo dự án đầu tư của doanh nghiệp có doanh thu từ vận chuyển hành khách công cộng bằng xe buýt và không bằng xe buýt, từ bán quảng cáo và dịch vụ sửa chữa, bảo dưỡng phương tiện vận tải; trong đó doanh thu từ vận tải hành khách công cộng bằng xe buýt chiếm tỷ trọng 30% tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra. Giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản mua sắm phương tiện, xây dựng trạm chờ, nhà xưởng kéo dài trong 02 năm từ tháng 6/2014 đến tháng 5/2016. Trong thời gian 02 năm này, số thuế giá trị gia tăng đầu vào của tài sản cố định trong giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản và của hàng hóa, dịch vụ mua vào phục vụ cho việc thành lập doanh nghiệp (chi phí thành lập doanh nghiệp) được tạm khấu trừ theo tỷ lệ 70% và được hoàn thuế theo quy định (Riêng thuế GTGT của tài sản cố định là xe ô tô đăng ký sử dụng làm xe buýt công cộng không khấu trừ). Doanh nghiệp đi vào hoạt động có doanh thu từ tháng 6/2016. Đến hết tháng 5/2019, tỷ trọng doanh thu từ vận tải hành khách công cộng bằng xe buýt trong thời gian 03 năm từ tháng 6 năm 2016 chiếm 35% tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra thì doanh nghiệp kê khai, điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng của tài sản cố định đã được khấu trừ, hoàn thuế tương ứng với tỷ lệ 5% (= 70% - 65%) và tính nộp số điều chỉnh giảm khấu trừ, hoàn thuế này vào số thuế GTGT của kỳ khai thuế tháng 5/2019. Doanh nghiệp không bị xử phạt chậm nộp và không bị tính lãi chậm nộp đối với số thuế giá trị gia tăng của tài sản cố định được khấu trừ phải điều chỉnh giảm.

a) Thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mà cơ sở kinh doanh mua vào để sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ cung cấp cho tổ chức, cá nhân nước ngoài, tổ chức quốc tế để viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại hướng dẫn tại khoản 19 Điều 4 Thông tư này được khấu trừ toàn bộ;

b) Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho hoạt động tìm kiếm, thăm dò, phát triển mỏ dầu khí đến ngày khai thác đầu tiên hoặc ngày sản xuất đầu tiên được khấu trừ toàn bộ.

a) Doanh nghiệp bảo hiểm ủy quyền cho người tham gia bảo hiểm sửa chữa tài sản; chi phí sửa chữa tài sản cùng các vật tư, phụ tùng thay thế có hóa đơn GTGT ghi tên người tham gia bảo hiểm, doanh nghiệp bảo hiểm thực hiện thanh toán cho người tham gia bảo hiểm phí bảo hiểm tương ứng theo hợp đồng bảo hiểm thì doanh nghiệp bảo hiểm được kê khai khấu trừ thuế GTGT tương ứng với phần bồi thường bảo hiểm thanh toán theo hóa đơn GTGT đứng tên người tham gia bảo hiểm; trường hợp phần bồi thường bảo hiểm do doanh nghiệp bảo hiểm thanh toán cho người tham gia bảo hiểm có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên thì phải thực hiện thanh toán qua ngân hàng.

b) Trước khi thành lập doanh nghiệp, các sáng lập viên có văn bản ủy quyền cho tổ chức, cá nhân thực hiện chi hộ một số khoản chi phí liên quan đến việc thành lập doanh nghiệp, mua sắm hàng hóa, vật tư thì doanh nghiệp được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo hóa đơn GTGT đứng tên tổ chức, cá nhân được ủy quyền và phải thực hiện thanh toán cho tổ chức, cá nhân được ủy quyền qua ngân hàng đối với những hóa đơn có giá trị từ hai mươi triệu đồng trở lên.

a) Các chứng từ bên mua nộp tiền mặt vào tài khoản của bên bán hoặc chứng từ thanh toán theo các hình thức không phù hợp với quy định của pháp luật hiện hành không đủ điều kiện để được khấu trừ, hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào từ hai mươi triệu đồng trở lên.

b) Hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn từ hai mươi triệu đồng trở lên theo giá đã có thuế GTGT nếu không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì không được khấu trừ. Đối với những hóa đơn này, cơ sở kinh doanh kê khai vào mục hàng hóa, dịch vụ không đủ điều kiện khấu trừ trong bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa, dịch vụ mua vào.

c) Đối với hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm, trả góp có giá trị hàng hóa, dịch vụ mua từ hai mươi triệu đồng trở lên, cơ sở kinh doanh căn cứ vào hợp đồng mua hàng hóa, dịch vụ bằng văn bản, hóa đơn giá trị gia tăng và chứng từ thanh toán qua ngân hàng của hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm, trả góp để kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào, đồng thời ghi rõ thời hạn thanh toán vào phần ghi chú trên bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa, dịch vụ mua vào. Trường hợp chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng do chưa đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng hoặc trước ngày 31 tháng 12 hàng năm đối với trường hợp thời điểm thanh toán theo hợp đồng sớm hơn ngày 31 tháng 12, cơ sở kinh doanh vẫn được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

Đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng hoặc đến ngày 31 tháng 12 hàng năm đối với trường hợp thời điểm thanh toán theo hợp đồng sớm hơn ngày 31 tháng 12, nếu không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào, cơ sở kinh doanh phải kê khai, điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ của giá trị hàng hóa không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Sau khi cơ sở kinh doanh đã điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ tương ứng với giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng, cơ sở kinh doanh mới có được chứng từ chứng minh việc thanh toán qua ngân hàng thì cơ sở kinh doanh được khai bổ sung.

Trường hợp đã quá hạn thanh toán chậm trả theo quy định trong hợp đồng hoặc đến ngày 31 tháng 12 hàng năm, cơ sở kinh doanh không thực hiện điều chỉnh giảm theo quy định nhưng trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra tại trụ sở, cơ sở kinh doanh có đầy đủ chứng từ chứng minh đã thanh toán qua ngân hàng thì nếu việc không điều chỉnh giảm không dẫn đến thiếu số thuế phải nộp hoặc tăng số thuế được hoàn thì cơ sở kinh doanh bị xử phạt vi phạm về thủ tục thuế, nếu việc không điều chỉnh giảm dẫn đến thiếu số thuế phải nộp hoặc tăng số thuế được hoàn thì cơ sở kinh doanh bị truy thu, truy hoàn và xử phạt theo quy định của Luật Quản lý thuế.

Trường hợp cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, thanh tra tại trụ sở và có quyết định xử lý không chấp nhận cho khấu trừ thuế đối với các hóa đơn GTGT không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng, sau khi có quyết định xử lý của cơ quan thuế cơ sở kinh doanh mới có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì:

- Đối với các hóa đơn GTGT cơ sở kinh doanh đã điều chỉnh giảm trước khi cơ quan thuế đến thanh tra, kiểm tra thì cơ sở kinh doanh được khai bổ sung thuế GTGT.

- Đối với các hóa đơn GTGT cơ sở kinh doanh đã không điều chỉnh giảm trước khi cơ quan thuế đến thanh tra, kiểm tra thì cơ sở kinh doanh được khai bổ sung nếu có chứng từ thanh toán qua ngân hàng trong thời hạn 6 tháng kể từ tháng có Quyết định xử lý của cơ quan thuế.

Ví dụ 64:

Trong năm 2014, Công ty TNHH ANB có phát sinh các hóa đơn GTGT mua hàng theo hợp đồng trả chậm như sau:

- Hóa đơn GTGT mua hàng tháng 3/2014, thời hạn thanh toán là ngày 20/9/2014.

- Hóa đơn GTGT mua hàng tháng 4/2014, thời hạn thanh toán là ngày 20/10/2014.

- Hóa đơn GTGT mua hàng tháng 5/2014, thời hạn thanh toán là ngày 20/11/2014.

- Hóa đơn GTGT mua hàng tháng 6/2014, thời hạn thanh toán là ngày 20/12/2014.

Công ty TNHH ANB đã kê khai khấu trừ thuế GTGT khi nhận được hóa đơn GTGT mua hàng. Đến thời điểm thanh toán theo các hợp đồng, Công ty TNHH ANB chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng, Công ty TNHH ANB được lựa chọn kê khai điều chỉnh giảm theo từng hóa đơn hoặc đến ngày 31/12/2014, Công ty TNHH ANB vẫn chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì trong kỳ kê khai thuế tháng 12/2014, Công ty TNHH ANB thực hiện tổng hợp kê khai điều chỉnh giảm cho tất cả 4 hóa đơn GTGT mua hàng nói trên theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.

Ví dụ 65:

Tại Công ty TNHH Super có tình hình như sau:

Tháng 2, 3 năm 2014 Công ty TNHH Super có hóa đơn GTGT mua hàng hóa theo hợp đồng thanh toán trả chậm, thời hạn trả là ngày 31/10/2014. Căn cứ hóa đơn GTGT do người bán cung cấp, Công ty TNHH Super đã kê khai khấu trừ thuế GTGT trên Tờ khai thuế GTGT tháng 2, tháng 3 năm 2014. Đến thời hạn trả (ngày 31/10/2014) do có khó khăn về tài chính nên Công ty TNHH Super chưa thanh toán theo đúng thời hạn trong hợp đồng. Trong kỳ kê khai tháng 10/2014, Công ty TNHH Super đã tự kê khai điều chỉnh giảm theo quy định đối với số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ, đồng thời đã khai tăng chi phí tính thuế TNDN khoản chi phí tương ứng số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ điều chỉnh giảm.

Tháng 4 năm 2015, cơ quan thuế ban hành Quyết định kiểm tra về thuế GTGT tại Công ty TNHH Super. Đối với hóa đơn GTGT mua hàng trong tháng 2, tháng 3 năm 2014 theo hợp đồng trả chậm với thời hạn thanh toán là ngày 31/10/2014, do Công ty đã tự điều chỉnh giảm số thuế đã kê khai khấu trừ theo quy định nên Đoàn kiểm tra ghi nhận số liệu đã điều chỉnh giảm.

Tháng 5 năm 2015 cơ quan thuế ban hành Quyết định xử lý về thuế GTGT đối với Công ty TNHH Super (trong Quyết định không có nội dung xử lý về thuế GTGT của các hóa đơn GTGT mua hàng trong tháng 2, tháng 3 năm 2014 theo hợp đồng trả chậm với thời hạn thanh toán là ngày 31/10/2014 do Đoàn kiểm tra đã ghi nhận số liệu kế toán đã điều chỉnh giảm).

Tháng 12 năm 2015 Công ty TNHH Super có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hợp đồng thanh toán trả chậm của hóa đơn GTGT mua hàng của tháng 2, 3 năm 2014 (thời hạn thanh toán là ngày 31/10/2014) thì Công ty TNHH Super được khai điều chỉnh bổ sung thuế GTGT. Đồng thời Công ty TNHH Super thực hiện điều chỉnh giảm chi phí tính thuế TNDN tương ứng.

Ví dụ 66:

Tại Công ty TNHH YKK có tình hình như sau:

Tháng 3, 4 năm 2014 Công ty TNHH YKK có hóa đơn GTGT mua hàng hóa theo hợp đồng thanh toán trả chậm, thời hạn trả là ngày 30/9/2014. Căn cứ hóa đơn GTGT do người bán cung cấp, Công ty TNHH YKK đã kê khai khấu trừ thuế GTGT trên Tờ khai thuế tháng 3, tháng 4 năm 2014. Đến thời hạn trả (ngày 30/9/2014), Công ty TNHH YKK không có khả năng thanh toán, tuy nhiên, Công ty đã không kê khai điều chỉnh giảm. Đến thời điểm ngày 31/12/2014, Công ty TNHH YKK cũng không kê khai điều chỉnh giảm số thuế GTGT đã khấu trừ chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng.

Tháng 4 năm 2015, cơ quan thuế ban hành Quyết định kiểm tra về thuế GTGT tại Công ty TNHH YKK, thời kỳ kiểm tra là năm 2014. Tại thời điểm kiểm tra, Công ty TNHH YKK không xuất trình được chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hóa đơn GTGT mua hàng hóa theo hợp đồng thanh toán trả chậm, thời hạn trả là ngày 30/9/2014. Đoàn kiểm tra xử lý không chấp thuận cho Công ty TNHH YKK được kê khai khấu trừ thuế GTGT đối với các hóa đơn không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng.

Tháng 5 năm 2015 cơ quan thuế đã ban hành Quyết định xử lý truy thu thuế GTGT tại Công ty TNHH YKK.

Trường hợp trong tháng 10 năm 2015 Công ty TNHH YKK có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hợp đồng thanh toán trả chậm của hóa đơn GTGT mua hàng của tháng 3 năm 2014 (thời hạn trả là trong tháng 9 năm 2014) thì Công ty TNHH YKK được khai điều chỉnh bổ sung thuế GTGT do thời điểm có chứng từ thanh toán qua ngân hàng trong thời hạn 6 tháng kể từ khi cơ quan thuế ban hành Quyết định xử lý truy thu thuế.

Trường hợp trong tháng 12 năm 2015, Công ty TNHH YKK có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hợp đồng thanh toán trả chậm của hóa đơn GTGT mua hàng của tháng 4 năm 2014 (thời hạn thanh toán là ngày 30/9/2014) thì Công ty TNHH YKK không được khai điều chỉnh bổ sung thuế GTGT do thời điểm có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đã quá thời hạn 6 tháng kể từ khi cơ quan thuế ban hành Quyết định xử lý truy thu thuế.

Ví dụ 67:

Tháng 9/2014, Cục thuế tỉnh B qua kiểm tra việc chấp hành pháp luật thuế đã ban hành Quyết định xử lý về thuế, xử phạt vi phạm hành chính đối với Công ty cổ phần PNG. Tại Quyết định xử lý có nội dung thu hồi tiền hoàn thuế GTGT 460 triệu đồng là khoản tiền thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào từ 20 triệu đồng trở lên Công ty đã thực hiện kê khai, khấu trừ nhưng đến thời điểm kiểm tra đã quá thời hạn thanh toán theo hợp đồng mà chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng của bộ hồ sơ đã được hoàn thuế của kỳ hoàn từ tháng 8/2013 đến tháng 8/2014. Công ty cổ phần PNG đã chấp hành nộp đầy đủ vào NSNN số tiền thuế truy thu.

Trong tháng 10/2014, Công ty cổ phần PNG có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hóa đơn mua hàng hóa theo hợp đồng đã quá hạn thanh toán tương ứng với số thuế GTGT 460 triệu đồng đã bị cơ quan thuế thu hồi thì trong tháng 10/2014, Công ty cổ phần PNG được kê khai bổ sung điều chỉnh theo quy định.

a) Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào theo phương thức thanh toán bù trừ giữa giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào với giá trị hàng hóa, dịch vụ bán ra, vay mượn hàng mà phương thức thanh toán này được quy định cụ thể trong hợp đồng thì phải có biên bản đối chiếu số liệu và xác nhận giữa hai bên về việc thanh toán bù trừ giữa hàng hóa, dịch vụ mua vào với hàng hóa, dịch vụ bán ra, vay mượn hàng. Trường hợp bù trừ công nợ qua bên thứ ba phải có biên bản bù trừ công nợ của ba (3) bên làm căn cứ khấu trừ thuế.

b) Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào theo phương thức bù trừ công nợ như vay, mượn tiền; cấn trừ công nợ qua người thứ ba mà phương thức thanh toán này được quy định cụ thể trong hợp đồng thì phải có hợp đồng vay, mượn tiền dưới hình thức văn bản được lập trước đó và có chứng từ chuyển tiền từ tài khoản của bên cho vay sang tài khoản của bên đi vay đối với khoản vay bằng tiền bao gồm cả trường hợp bù trừ giữa giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào với khoản tiền mà người bán hỗ trợ cho người mua, hoặc nhờ người mua chi hộ.

c) Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào được thanh toán ủy quyền qua bên thứ ba thanh toán qua ngân hàng (bao gồm cả trường hợp bên bán yêu cầu bên mua thanh toán tiền qua ngân hàng cho bên thứ ba do bên bán chỉ định) thì việc thanh toán theo ủy quyền hoặc thanh toán cho bên thứ ba theo chỉ định của bên bán phải được quy định cụ thể trong hợp đồng dưới hình thức văn bản và bên thứ ba là một pháp nhân hoặc thể nhân đang hoạt động theo quy định của pháp luật.

Trường hợp sau khi thực hiện các hình thức thanh toán nêu trên mà phần giá trị còn lại được thanh toán bằng tiền có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên thì chỉ được khấu trừ thuế đối với trường hợp có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Khi kê khai hóa đơn thuế GTGT đầu vào, cơ sở kinh doanh ghi rõ phương thức thanh toán được quy định cụ thể trong hợp đồng vào phần ghi chú trên bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa, dịch vụ mua vào.

d) Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào được thanh toán qua ngân hàng vào tài khoản của bên thứ ba mở tại Kho bạc Nhà nước để thực hiện cưỡng chế bằng biện pháp thu tiền, tài sản do tổ chức, cá nhân khác đang nắm giữ (theo Quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền) thì cũng được khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

Ví dụ 68:

Công ty A mua hàng của Công ty B và Công ty A đang còn nợ tiền hàng của Công ty B. Tuy nhiên Công ty B đang còn nợ tiền thuế vào ngân sách nhà nước. Căn cứ Luật Quản lý thuế, cơ quan thuế thực hiện thu tiền, tài sản của Công ty B do Công ty A đang nắm giữ để thi hành quyết định hành chính thuế thì khi Công ty A chuyển tiền vào tài khoản thu ngân sách cũng được coi là thanh toán qua ngân hàng, số thuế GTGT đầu vào tương ứng với doanh số của hàng hóa mua vào được kê khai, khấu trừ.

Ví dụ 69:

Công ty C thực hiện ký hợp đồng kinh tế với Công ty D về việc cung cấp hàng hóa và Công ty D đang còn nợ tiền hàng của Công ty C.

Thực hiện Quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền về việc yêu cầu thu toàn bộ số tiền mà Công ty D đang còn nợ Công ty C để chuyển vào tài khoản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền mở tại Kho bạc Nhà nước để giải quyết “Tranh chấp hợp đồng mua bán hàng hóa” giữa Công ty C và đối tác.

Khi Công ty D chuyển trả số tiền vào tài khoản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền (việc chuyển tiền này không được quy định cụ thể trong hợp đồng mua bán giữa Công ty C và Công ty D) thì trường hợp này cũng được coi là thanh toán qua ngân hàng, số thuế GTGT đầu vào tương ứng với doanh số của hàng hóa mua vào được kê khai, khấu trừ.

a) Thanh toán qua ngân hàng là việc chuyển tiền từ tài khoản của bên nhập khẩu sang tài khoản mang tên bên xuất khẩu mở tại ngân hàng theo các hình thức thanh toán phù hợp với thỏa thuận trong hợp đồng và quy định của ngân hàng. Chứng từ thanh toán tiền là giấy báo Có của ngân hàng bên xuất khẩu về số tiền đã nhận được từ tài khoản của ngân hàng bên nhập khẩu. Trường hợp thanh toán chậm trả, phải có thỏa thuận ghi trong hợp đồng xuất khẩu, đến thời hạn thanh toán cơ sở kinh doanh phải có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Trường hợp ủy thác xuất khẩu thì phải có chứng từ thanh toán qua ngân hàng của phía nước ngoài cho bên nhận ủy thác và bên nhận ủy thác phải thanh toán tiền hàng xuất khẩu qua ngân hàng cho bên ủy thác. Trường hợp bên nước ngoài thanh toán trực tiếp cho bên ủy thác xuất khẩu thì bên ủy thác phải có chứng từ thanh toán qua ngân hàng và việc thanh toán như trên phải được quy định trong hợp đồng.

b) Các trường hợp thanh toán dưới đây cũng được coi là thanh toán qua ngân hàng:

b.1) Trường hợp hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu được thanh toán cấn trừ vào khoản tiền vay nợ nước ngoài cơ sở kinh doanh phải có đủ điều kiện, thủ tục, hồ sơ như sau:

- Hợp đồng vay nợ (đối với những khoản vay tài chính có thời hạn dưới 01 năm); hoặc giấy xác nhận đăng ký khoản vay của Ngân hàng Nhà nước Việt Nam (đối với những khoản vay trên 01 năm).

- Chứng từ chuyển tiền của phía nước ngoài vào Việt Nam qua ngân hàng.

Phương thức thanh toán hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu cấn trừ vào khoản nợ vay nước ngoài phải được quy định trong hợp đồng xuất khẩu.

- Bản xác nhận của phía nước ngoài về cấn trừ khoản nợ vay.

- Trường hợp sau khi cấn trừ giá trị hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu vào khoản nợ vay của nước ngoài có chênh lệch, thì số tiền chênh lệch phải thực hiện thanh toán qua ngân hàng. Chứng từ thanh toán qua ngân hàng theo hướng dẫn tại điểm này.

b.2) Trường hợp cơ sở kinh doanh xuất khẩu sử dụng tiền thanh toán hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu để góp vốn với cơ sở nhập khẩu ở nước ngoài, cơ sở kinh doanh phải có đủ điều kiện thủ tục, hồ sơ như sau:

- Hợp đồng góp vốn.

- Việc sử dụng tiền thanh toán hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu để góp vốn vào cơ sở nhập khẩu ở nước ngoài phải được quy định trong hợp đồng xuất khẩu.

- Trường hợp số tiền góp vốn nhỏ hơn doanh thu hàng hóa xuất khẩu thì số tiền chênh lệch phải thực hiện thanh toán qua ngân hàng theo hướng dẫn tại điểm này.

b.3) Trường hợp phía nước ngoài ủy quyền cho bên thứ ba là tổ chức, cá nhân ở nước ngoài thực hiện thanh toán thì việc thanh toán theo ủy quyền phải được quy định trong hợp đồng xuất khẩu (phụ lục hợp đồng hoặc văn bản điều chỉnh hợp đồng - nếu có).

b.4) Trường hợp phía nước ngoài yêu cầu bên thứ 3 là tổ chức ở Việt Nam thanh toán bù trừ công nợ với phía nước ngoài bằng thực hiện thanh toán qua ngân hàng số tiền phía nước ngoài phải thanh toán cho cơ sở kinh doanh xuất khẩu và việc yêu cầu thanh toán bù trừ công nợ nêu trên có quy định trong hợp đồng xuất khẩu (phụ lục hợp đồng hoặc văn bản điều chỉnh hợp đồng- nếu có) và có chứng từ thanh toán là giấy báo có của ngân hàng bên xuất khẩu về số tiền đã nhận được từ tài khoản của bên thứ 3, đồng thời bên xuất khẩu phải xuất trình bản đối chiếu công nợ có xác nhận của bên nước ngoài và bên thứ 3.

b.5) Trường hợp phía nước ngoài (bên nhập khẩu) ủy quyền cho bên thứ ba là tổ chức, cá nhân ở nước ngoài thực hiện thanh toán; bên thứ ba yêu cầu tổ chức ở Việt Nam (bên thứ tư) thanh toán bù trừ công nợ với bên thứ ba bằng việc thực hiện thanh toán qua ngân hàng số tiền bên nhập khẩu phải thanh toán cho cơ sở kinh doanh Việt Nam xuất khẩu thì cơ sở kinh doanh xuất khẩu phải có đủ các điều kiện, hồ sơ như sau:

- Hợp đồng xuất khẩu (phụ lục hợp đồng hoặc văn bản điều chỉnh hợp đồng - nếu có) quy định việc ủy quyền thanh toán, bù trừ công nợ giữa các bên.

- Chứng từ thanh toán là giấy báo có của ngân hàng về số tiền cơ sở kinh doanh Việt Nam xuất khẩu nhận được từ tài khoản của bên thứ tư.

- Bản đối chiếu công nợ có xác nhận của các bên liên quan (giữa cơ sở kinh doanh xuất khẩu với bên nhập khẩu, giữa bên thứ ba ở nước ngoài với bên thứ tư là tổ chức ở Việt Nam).

b.6) Trường hợp phía nước ngoài ủy quyền cho Văn phòng đại diện tại Việt Nam thực hiện thanh toán vào tài khoản của bên xuất khẩu và việc ủy quyền thanh toán nêu trên có quy định trong hợp đồng xuất khẩu (phụ lục hợp đồng hoặc văn bản điều chỉnh hợp đồng - nếu có).

b.7) Trường hợp phía nước ngoài (trừ trường hợp phía nước ngoài là cá nhân) thanh toán từ tài khoản tiền gửi vãng lai của phía nước ngoài mở tại các tổ chức tín dụng tại Việt Nam thì việc thanh toán này phải được quy định trong hợp đồng xuất khẩu (phụ lục hợp đồng hoặc văn bản điều chỉnh hợp đồng- nếu có). Chứng từ thanh toán là giấy báo Có của ngân hàng bên xuất khẩu về số tiền đã nhận được từ tài khoản vãng lai của người mua phía nước ngoài đã ký hợp đồng.

Trường hợp xuất khẩu cho người mua phía nước ngoài là doanh nghiệp tư nhân và việc thanh toán thông qua tài khoản vãng lai của chủ doanh nghiệp tư nhân mở tại tổ chức tín dụng ở Việt Nam và được quy định trong hợp đồng xuất khẩu (phụ lục hợp đồng hoặc văn bản điều chỉnh hợp đồng-nếu có) thì được xác định là thanh toán qua ngân hàng.

Cơ quan thuế khi kiểm tra việc khấu trừ, hoàn thuế đối với hàng hóa xuất khẩu thanh toán qua tài khoản vãng lai, cần phối hợp với tổ chức tín dụng nơi người mua phía nước ngoài mở tài khoản để đảm bảo việc thanh toán, chuyển tiền thực hiện đúng mục đích và phù hợp với quy định của pháp luật.

b.8) Trường hợp phía nước ngoài thanh toán qua ngân hàng nhưng số tiền thanh toán trên chứng từ không phù hợp với số tiền phải thanh toán như đã thỏa thuận trong hợp đồng hoặc phụ lục hợp đồng thì:

- Nếu số tiền thanh toán trên chứng từ thanh toán qua ngân hàng có trị giá nhỏ hơn số tiền phải thanh toán như đã thỏa thuận trong hợp đồng hoặc phụ lục hợp đồng thì cơ sở kinh doanh phải giải trình rõ lý do như: phí chuyển tiền của ngân hàng, điều chỉnh giảm giá do hàng kém chất lượng hoặc thiếu hụt (đối với trường hợp này phải có văn bản thỏa thuận giảm giá giữa bên mua và bán)…;

- Nếu số tiền thanh toán trên chứng từ thanh toán qua ngân hàng có trị giá lớn hơn số tiền phải thanh toán như đã thỏa thuận trong hợp đồng hoặc phụ lục hợp đồng thì cơ sở kinh doanh phải giải trình rõ lý do như: thanh toán một lần cho nhiều hợp đồng, ứng trước tiền hàng…

Cơ sở kinh doanh phải cam kết chịu trách nhiệm trước pháp luật về các lý do giải trình với cơ quan thuế và các văn bản điều chỉnh (nếu có).

b.9) Trường hợp phía nước ngoài thanh toán qua ngân hàng nhưng chứng từ thanh toán qua ngân hàng không đúng tên ngân hàng phải thanh toán đã thỏa thuận trong hợp đồng, nếu nội dung chứng từ thể hiện rõ tên người thanh toán, tên người thụ hưởng, số hợp đồng xuất khẩu, giá trị thanh toán phù hợp với hợp đồng xuất khẩu đã được ký kết thì được chấp nhận là chứng từ thanh toán hợp lệ.

b.10) Trường hợp cơ sở kinh doanh xuất khẩu hàng hóa, dịch vụ cho bên nước ngoài (bên thứ hai), đồng thời nhập khẩu hàng hóa, dịch vụ với bên nước ngoài khác hoặc mua hàng với tổ chức, cá nhân ở Việt Nam (bên thứ ba); nếu cơ sở kinh doanh có thỏa thuận với bên thứ hai và bên thứ ba về việc bên thứ hai thực hiện thanh toán qua ngân hàng cho bên thứ ba số tiền mà cơ sở kinh doanh còn phải thanh toán cho bên thứ ba thì việc bù trừ thanh toán giữa các bên phải được quy định trong hợp đồng xuất khẩu, hợp đồng nhập khẩu hoặc hợp đồng mua hàng (phụ lục hợp đồng hoặc văn bản điều chỉnh hợp đồng - nếu có) và cơ sở kinh doanh phải xuất trình bản đối chiếu công nợ có xác nhận của các bên liên quan (giữa cơ sở kinh doanh với bên thứ hai, giữa cơ sở kinh doanh với bên thứ ba).

b.11) Trường hợp hàng hóa xuất khẩu ra nước ngoài nhưng vì lý do khách quan phía nước ngoài từ chối không nhận hàng và cơ sở kinh doanh tìm được khách hàng mới cùng quốc gia với khách hàng ký kết hợp đồng mua bán ban đầu để bán lô hàng trên thì hồ sơ hoàn thuế gồm toàn bộ hồ sơ xuất khẩu liên quan đến hợp đồng xuất khẩu ký kết với khách hàng ban đầu (hợp đồng, tờ khai hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, hóa đơn), công văn giải trình của cơ sở kinh doanh lý do có sự sai khác tên khách hàng mua (trong đó cơ sở kinh doanh cam kết tự chịu trách nhiệm về tính chính xác của thông tin, đảm bảo không có gian lận), toàn bộ hồ sơ xuất khẩu liên quan đến hợp đồng xuất khẩu ký kết với khách hàng mới (hợp đồng, hóa đơn bán hàng, chứng từ thanh toán qua ngân hàng theo quy định và các chứng từ khác - nếu có).

c) Các trường hợp thanh toán khác đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu theo quy định của Chính phủ:

c.1) Trường hợp xuất khẩu lao động mà cơ sở kinh doanh xuất khẩu lao động thu tiền trực tiếp của người lao động thì phải có chứng từ thu tiền của người lao động.

c.2) Trường hợp cơ sở kinh doanh xuất khẩu hàng hóa để bán tại hội chợ, triển lãm ở nước ngoài, nếu thu và chuyển về nước bằng tiền mặt ngoại tệ tại nước tổ chức hội chợ, triển lãm thương mại cơ sở kinh doanh phải có chứng từ kê khai với cơ quan Hải quan về tiền ngoại tệ thu được do bán hàng hóa chuyển về nước và chứng từ nộp tiền vào ngân hàng tại Việt Nam.

c.3) Trường hợp xuất khẩu hàng hóa, dịch vụ để trả nợ nước ngoài cho Chính phủ thì phải có xác nhận của ngân hàng ngoại thương về lô hàng xuất khẩu đã được phía nước ngoài chấp nhận trừ nợ hoặc xác nhận bộ chứng từ đã được gửi cho phía nước ngoài để trừ nợ; chứng từ thanh toán thực hiện theo hướng dẫn của Bộ Tài chính.

c.4) Trường hợp hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu thanh toán bằng hàng là trường hợp xuất khẩu hàng hóa (kể cả gia công hàng hóa xuất khẩu), dịch vụ cho tổ chức, cá nhân nước ngoài (gọi tắt là phía nước ngoài) nhưng việc thanh toán giữa doanh nghiệp Việt Nam và phía nước ngoài bằng hình thức bù trừ giữa giá trị hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, tiền công gia công hàng hóa xuất khẩu với giá trị hàng hóa, dịch vụ mua của phía nước ngoài.

Hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu thanh toán bằng hàng phải có thêm thủ tục hồ sơ như sau:

- Phương thức thanh toán đối với hàng xuất khẩu bằng hàng phải được quy định trong hợp đồng xuất khẩu.

- Hợp đồng mua hàng hóa, dịch vụ của phía nước ngoài.

- Tờ khai hải quan về hàng hóa nhập khẩu thanh toán bù trừ với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu.

- Văn bản xác nhận với phía nước ngoài về việc số tiền thanh toán bù trừ giữa hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu với hàng hóa nhập khẩu, dịch vụ mua của phía nước ngoài.

- Trường hợp sau khi thanh toán bù trừ giữa giá trị hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu và giá trị hàng hóa, dịch vụ nhập khẩu có chênh lệch, số tiền chênh lệch phải thực hiện thanh toán qua Ngân hàng. Chứng từ thanh toán qua Ngân hàng theo hướng dẫn tại khoản này.

c.5) Trường hợp xuất khẩu hàng hóa sang các nước có chung biên giới theo quy định của Thủ tướng Chính phủ về việc quản lý hoạt động thương mại biên giới với các nước có chung biên giới thực hiện theo hướng dẫn của Bộ Tài chính và Ngân hàng Nhà nước.

c.6) Một số trường hợp hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu có hình thức thanh toán khác theo quy định của pháp luật có liên quan.

d) Các trường hợp xuất khẩu không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng được khấu trừ, hoàn thuế:

d.1) Đối với trường hợp bên nước ngoài mất khả năng thanh toán, cơ sở xuất khẩu hàng hóa phải có văn bản giải trình rõ lý do và được sử dụng một trong số các giấy tờ sau để thay thế cho chứng từ thanh toán qua ngân hàng:

- Tờ khai hải quan hàng hóa nhập khẩu từ Việt Nam đã đăng ký với cơ quan hải quan tại nước nhập khẩu hàng hóa (01 bản sao); hoặc

- Đơn khởi kiện đến tòa án hoặc cơ quan có thẩm quyền tại nước nơi người mua cư trú kèm giấy thông báo hoặc kèm giấy tờ có tính chất xác nhận của cơ quan này về việc thụ lý đơn khởi kiện (01 bản sao); hoặc

- Phán quyết thắng kiện của tòa án nước ngoài cho cơ sở kinh doanh (01 bản sao); hoặc

- Giấy tờ của tổ chức có thẩm quyền nước ngoài xác nhận (hoặc thông báo) bên mua nước ngoài phá sản hoặc mất khả năng thanh toán (01 bản sao).

d.2) Đối với trường hợp hàng hóa xuất khẩu không đảm bảo chất lượng phải tiêu hủy, cơ sở xuất khẩu hàng hóa phải có văn bản giải trình rõ lý do và được sử dụng biên bản tiêu hủy (hoặc giấy tờ xác nhận việc tiêu hủy) hàng hóa ở nước ngoài của cơ quan thực hiện tiêu hủy (01 bản sao), kèm chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với chi phí tiêu hủy thuộc trách nhiệm chi trả của cơ sở xuất khẩu hàng hóa hoặc kèm giấy tờ chứng minh chi phí tiêu hủy thuộc trách nhiệm của người mua hoặc bên thứ ba (01 bản sao).

Trường hợp người nhập khẩu hàng hóa phải đứng ra làm thủ tục tiêu hủy tại nước ngoài thì biên bản tiêu hủy (hoặc giấy tờ xác nhận việc tiêu hủy) ghi tên người nhập khẩu hàng hóa.

d.3) Đối với trường hợp hàng hóa xuất khẩu bị tổn thất, cơ sở xuất khẩu hàng hóa phải có văn bản giải trình rõ lý do và được sử dụng một trong số các giấy tờ sau để thay thế cho chứng từ thanh toán qua ngân hàng:

- Giấy xác nhận việc tổn thất ngoài biên giới Việt Nam của cơ quan có thẩm quyền liên quan (01 bản sao); hoặc

- Biên bản xác định tổn thất hàng hóa trong quá trình vận chuyển ngoài biên giới Việt Nam nêu rõ nguyên nhân tổn thất (01 bản sao).

Nếu cơ sở xuất khẩu hàng hóa đã nhận được tiền bồi thường hàng hóa xuất khẩu bị tổn thất ngoài biên giới Việt Nam thì phải gửi kèm chứng từ thanh toán qua ngân hàng về số tiền nhận được (01 bản sao).

Bản sao các loại giấy tờ hướng dẫn tại các điểm d.1, d.2 và d.3 khoản này bản sao có xác nhận sao y bản chính của cơ sở xuất khẩu hàng hóa. Trường hợp ngôn ngữ sử dụng trong các chứng từ, giấy tờ xác nhận của bên thứ ba thay thế cho chứng từ thanh toán qua ngân hàng không phải là tiếng Anh hoặc không có tiếng Anh thì phải có 01 bản dịch công chứng gửi kèm. Trường hợp các bên liên quan phát hành, sử dụng và lưu trữ chứng từ dưới dạng điện tử thì phải có bản in bằng giấy.

Cơ sở xuất khẩu hàng hóa tự chịu hoàn toàn trách nhiệm về tính chính xác của các loại giấy tờ thay thế cho chứng từ thanh toán qua ngân hàng cho các trường hợp nêu trên.

a) Hợp đồng gia công xuất khẩu và các phụ kiện hợp đồng (nếu có) ký với nước ngoài, trong đó ghi rõ cơ sở nhận hàng tại Việt Nam.

b) Hóa đơn GTGT ghi rõ giá gia công và số lượng hàng gia công trả nước ngoài (theo giá quy định trong hợp đồng ký với nước ngoài) và tên cơ sở nhận hàng theo chỉ định của phía nước ngoài.

c) Phiếu chuyển giao sản phẩm gia công chuyển tiếp (gọi tắt là Phiếu chuyển tiếp) có đủ xác nhận của bên giao, bên nhận sản phẩm gia công chuyển tiếp và xác nhận của Hải quan quản lý hợp đồng gia công của bên giao, bên nhận.

d) Hàng hóa gia công cho nước ngoài phải thanh toán qua Ngân hàng theo hướng dẫn tại Điều 16 Thông tư này.

Về thủ tục giao nhận sản phẩm gia công chuyển tiếp và Phiếu chuyển tiếp thực hiện theo hướng dẫn của Tổng cục Hải quan.

Ví dụ 70: Công ty A ký hợp đồng gia công với nước ngoài 200.000 đôi đế giầy xuất khẩu. Giá gia công là 800 triệu đồng. Hợp đồng ghi rõ giao đế giầy cho Công ty B tại Việt Nam để sản xuất ra giầy hoàn chỉnh.

Trường hợp này Công ty A thuộc đối tượng gia công hàng xuất khẩu chuyển tiếp. Khi lập chứng từ chuyển giao sản phẩm đế giầy cho Công ty B, Công ty A ghi rõ số lượng, chủng loại, quy cách sản phẩm đã giao, toàn bộ doanh thu gia công đế giầy 800 triệu đồng nhận được tính thuế GTGT là 0%.

a) Hợp đồng mua bán hàng hóa hoặc hợp đồng gia công có chỉ định giao hàng tại Việt Nam;

b) Tờ khai hải quan hàng hóa xuất khẩu - nhập khẩu tại chỗ đã làm xong thủ tục hải quan;

c) Hóa đơn giá trị gia tăng hoặc hóa đơn xuất khẩu ghi rõ tên người mua phía nước ngoài, tên doanh nghiệp nhận hàng và địa điểm giao hàng tại Việt Nam;

d) Hàng hóa bán cho thương nhân nước ngoài nhưng giao hàng tại Việt Nam phải thanh toán qua ngân hàng bằng ngoại tệ tự do chuyển đổi. Chứng từ thanh toán qua ngân hàng theo hướng dẫn tại khoản 3 Điều 16 Thông tư này. Trường hợp người nhập khẩu tại chỗ được phía nước ngoài ủy quyền thanh toán cho người xuất khẩu tại chỗ thì đồng tiền thanh toán thực hiện theo quy định của pháp luật về ngoại hối.

đ) Hàng hóa xuất khẩu tại chỗ của doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài phải phù hợp với quy định tại giấy phép đầu tư.

a) Tờ khai hải quan theo quy định tại khoản 2 Điều 16 Thông tư này.

b) Hàng hóa, vật tư xuất khẩu phải phù hợp với Danh mục hàng hóa xuất khẩu để thực hiện công trình xây dựng ở nước ngoài do Giám đốc doanh nghiệp Việt Nam thực hiện công trình xây dựng ở nước ngoài phê duyệt.

c) Hợp đồng ủy thác xuất khẩu (trường hợp ủy thác xuất khẩu).

a) Tờ khai hải quan theo quy định tại khoản 2 Điều 16 Thông tư này.

b) Hàng hóa, vật tư xuất khẩu phải phù hợp với Danh mục hàng hóa xuất khẩu để công trình xây dựng ở nước ngoài do Giám đốc doanh nghiệp Việt Nam thực hiện công trình xây dựng ở nước ngoài phê duyệt.

c) Hợp đồng mua bán ký giữa cơ sở kinh doanh trong nước và doanh nghiệp Việt Nam thực hiện công trình xây dựng ở nước ngoài, trong đó có ghi rõ về điều kiện giao hàng, số lượng, chủng loại và trị giá hàng hóa.

d) Hợp đồng ủy thác (trường hợp ủy thác xuất khẩu).

đ) Chứng từ thanh toán qua ngân hàng.

e) Hóa đơn GTGT bán hàng hóa.

Các trường hợp cơ sở kinh doanh có hàng hóa xuất khẩu hoặc hàng hóa được coi như xuất khẩu hướng dẫn tại Điều 16, Điều 17 Thông tư này nếu đã có xác nhận của cơ quan Hải quan (đối với hàng hóa xuất khẩu) nhưng không có đủ các thủ tục, hồ sơ khác đối với từng trường hợp cụ thể thì không phải tính thuế GTGT đầu ra nhưng không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào. Riêng đối với trường hợp hàng hóa gia công chuyển tiếp và hàng hóa xuất khẩu tại chỗ, nếu không có đủ một trong các thủ tục, hồ sơ theo quy định thì phải tính và nộp thuế GTGT như hàng hóa tiêu thụ nội địa. Đối với cơ sở kinh doanh có dịch vụ xuất khẩu nếu không đáp ứng điều kiện về thanh toán qua ngân hàng hoặc được coi như thanh toán qua ngân hàng thì không được áp dụng thuế suất thuế GTGT 0%, không phải tính thuế GTGT đầu ra nhưng không được khấu trừ thuế đầu vào.

a) Cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới (trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán) cùng tỉnh, thành phố, đang trong giai đoạn đầu tư thì cơ sở kinh doanh thực hiện kê khai riêng đối với dự án đầu tư và phải kết chuyển thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Số thuế GTGT được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của cơ sở kinh doanh.

Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.

Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới mà chưa được khấu trừ hết nhỏ hơn 300 triệu đồng thì kết chuyển vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tiếp theo.

Trường hợp trong kỳ kê khai, cơ sở kinh doanh có số thuế GTGT đầu vào của hoạt động sản xuất kinh doanh chưa được khấu trừ hết và số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế theo hướng dẫn tại khoản 1 và khoản 3 Điều này theo quy định.

Ví dụ 74: Công ty A có trụ sở chính tại Hà Nội, tháng 3/2014, Công ty có dự án đầu tư mới tại Hà Nội, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, Công ty A thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này. Tháng 4/2014 số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng; số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 900 triệu đồng. Công ty A phải bù trừ 500 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (900 triệu đồng), vậy số thuế GTGT mà Công ty A còn phải nộp trong kỳ tính thuế tháng 4/2014 là 400 triệu đồng.

Ví dụ 75: Công ty B có trụ sở chính tại Hải Phòng, tháng 3/2014, Công ty có dự án đầu tư mới tại Hải Phòng, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, Công ty B thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này. Tháng 4/2014 số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng; số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 200 triệu đồng. Công ty B phải bù trừ 200 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (200 triệu đồng). Vậy, kỳ tính thuế tháng 4/2014 Công ty B có số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết là 300 triệu đồng. Công ty B được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.

Ví dụ 76: Công ty C có trụ sở chính tại thành phố Hồ Chí Minh, tháng 3/2014, Công ty có dự án đầu tư mới tại thành phố Hồ Chí Minh, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, Công ty C thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này. Tháng 4/2014 số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng; số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 300 triệu đồng. Công ty C phải bù trừ 300 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (300 triệu đồng). Vậy, kỳ tính thuế tháng 4/2014 Công ty C có số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết là 200 triệu đồng. Công ty C không thuộc trường hợp được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư, Công ty C thực hiện kết chuyển 200 triệu đồng vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tháng 5/2014.

Ví dụ 77: Công ty D có trụ sở chính tại thành phố Đà Nẵng, tháng 3/2014, Công ty có dự án đầu tư mới tại thành phố Đà Nẵng, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, Công ty D thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này. Tháng 4/2014 số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng; số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 100 triệu đồng. Vậy, tại kỳ tính thuế tháng 4/2014, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư (500 triệu đồng) thuộc trường hợp được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư, số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (100 triệu đồng) thì được xét hoàn thuế GTGT theo quy định tại khoản 1 Điều này.

b) Trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới (trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán) tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế thì cơ sở kinh doanh lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư đồng thời phải kết chuyển thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Số thuế GTGT được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của cơ sở kinh doanh.

Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.

Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết nhỏ hơn 300 triệu đồng thì kết chuyển vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tiếp theo.

Trường hợp trong kỳ kê khai, cơ sở kinh doanh có số thuế GTGT đầu vào của hoạt động sản xuất kinh doanh chưa được khấu trừ hết và số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế theo hướng dẫn tại khoản 1 và khoản 3 Điều này theo quy định.

Riêng đối với dự án quan trọng quốc gia do Quốc hội quyết định chủ trương đầu tư và quy định tiêu chuẩn dự án thì không thực hiện kết chuyển mà thực hiện theo hướng dẫn riêng của Bộ Tài chính.

Trường hợp cơ sở kinh doanh có quyết định thành lập các Ban Quản lý dự án hoặc chi nhánh đóng tại các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính để thay mặt người nộp thuế trực tiếp quản lý một hoặc nhiều dự án đầu tư tại nhiều địa phương; Ban Quản lý dự án, chi nhánh có con dấu theo quy định của pháp luật, lưu giữ sổ sách chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, có tài khoản gửi tại ngân hàng, đã đăng ký thuế và được cấp mã số thuế thì Ban Quản lý dự án, chi nhánh phải lập hồ sơ khai thuế, hoàn thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế. Khi dự án đầu tư để thành lập doanh nghiệp đã hoàn thành và hoàn tất các thủ tục về đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế, cơ sở kinh doanh là chủ dự án đầu tư phải tổng hợp số thuế giá trị gia tăng phát sinh, số thuế giá trị gia tăng đã hoàn, số thuế giá trị gia tăng chưa được hoàn của dự án để bàn giao cho doanh nghiệp mới thành lập để doanh nghiệp mới thực hiện kê khai, nộp thuế và đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định với cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

Dự án đầu tư được hoàn thuế GTGT theo quy định tại khoản 2, khoản 3 Điều này là dự án đầu tư được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt theo quy định của pháp luật về đầu tư. Trường hợp dự án đầu tư không thuộc đối tượng được phê duyệt theo quy định của pháp luật về đầu tư thì phải có phương án đầu tư được người có thẩm quyền ra quyết định đầu tư phê duyệt.

Ví dụ 78: Công ty A có trụ sở chính tại Hà Nội, tháng 3/2014, Công ty có dự án đầu tư mới tại Hưng Yên, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, Công ty A thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này tại Hà Nội trên Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư. Tháng 4/2014 số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng; số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 900 triệu đồng. Công ty A phải bù trừ 500 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (900 triệu đồng), vậy Công ty A còn phải nộp trong kỳ tính thuế tháng 4/2014 là 400 triệu đồng.

Ví dụ 79: Công ty B có trụ sở chính tại Hải Phòng, tháng 3/2014, Công ty có dự án đầu tư mới tại Thái Bình, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, Công ty B thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này tại Hải Phòng trên Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư. Tháng 4/2014 số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng; số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 200 triệu đồng. Công ty B phải bù trừ 200 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (200 triệu đồng). Vậy, kỳ tính thuế tháng 4/2014 Công ty B có số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết là 300 triệu đồng. Công ty B được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.

Ví dụ 80: Công ty C có trụ sở chính tại thành phố Hồ Chí Minh, tháng 3/2014, Công ty có dự án đầu tư mới tại Đồng Nai, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, Công ty C thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này tại TP. Hồ Chí Minh trên Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư. Tháng 4/2014 số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng; số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 300 triệu đồng. Công ty C phải bù trừ 300 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (300 triệu đồng). Vậy, kỳ tính thuế tháng 4/2014 Công ty C có số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết là 200 triệu đồng. Công ty C không thuộc trường hợp được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư, Công ty C thực hiện kết chuyển 200 triệu đồng vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tháng 5/2014.

Ví dụ 81: Công ty D có trụ sở chính tại thành phố Đà Nẵng, tháng 3/2014, Công ty có dự án đầu tư mới tại Quảng Nam, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, Công ty D thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này tại thành phố Đà Nẵng trên Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư. Tháng 4/2014 số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng; số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 100 triệu đồng. Vậy, tại kỳ tính thuế tháng 4/2014, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư (500 triệu đồng) thuộc trường hợp được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư, số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (100 triệu đồng) thì được xét hoàn thuế GTGT theo quy định tại khoản 1 Điều này.

a) Đối với dự án sử dụng vốn ODA không hoàn lại: chủ chương trình, dự án hoặc nhà thầu chính, tổ chức do phía nhà tài trợ nước ngoài chỉ định việc quản lý chương trình, dự án được hoàn lại số thuế GTGT đã trả đối với hàng hóa, dịch vụ mua ở Việt Nam để sử dụng cho chương trình, dự án.

b) Tổ chức ở Việt Nam sử dụng tiền viện trợ nhân đạo của tổ chức, cá nhân nước ngoài để mua hàng hóa, dịch vụ phục vụ cho chương trình, dự án viện trợ không hoàn lại, viện trợ nhân đạo tại Việt Nam thì được hoàn thuế GTGT đã trả của hàng hóa, dịch vụ đó.

Ví dụ 84: Hội chữ thập đỏ được Tổ chức quốc tế viện trợ tiền để mua hàng viện trợ nhân đạo cho nhân dân các tỉnh bị thiên tai là 200 triệu đồng. Giá trị hàng mua chưa có thuế là 200 triệu đồng, thuế GTGT là 20 triệu đồng. Hội chữ thập đỏ sẽ được hoàn thuế theo quy định là 20 triệu đồng.

Việc hoàn thuế GTGT đã trả đối với các chương trình, dự án sử dụng nguồn vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) không hoàn lại thực hiện theo hướng dẫn của Bộ Tài chính.