Điều 18 Thông tư 06/2012/TT-BTC hướng dẫn Luật Thuế giá trị gia tăng, Nghị định 123/2008/NĐ-CP và 121/2011/NĐ-CP do Bộ Tài chính ban hành

1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế được hoàn thuế GTGT nếu trong 3 tháng liên tục trở lên có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết.

Số thuế được hoàn là số thuế đầu vào chưa được khấu trừ hết của thời gian xin hoàn thuế.

Ví dụ 51: Doanh nghiệp A kê khai thuế GTGT có số thuế GTGT đầu vào, đầu ra như sau:

(Đơn vị tính: triệu đồng)

Theo ví dụ trên, doanh nghiệp A luỹ kế 3 tháng liên tục có số thuế đầu vào lớn hơn thuế đầu ra. Doanh nghiệp A thuộc đối tượng được hoàn thuế GTGT với số thuế tối đa là 150 triệu đồng.

2. Cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, nếu thời gian đầu tư từ 01 năm trở lên thì được hoàn thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ sử dụng cho đầu tư theo từng năm. Trường hợp, nếu số thuế GTGT luỹ kế của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT.

3. Cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới, đang trong giai đoạn đầu tư thì cơ sở kinh doanh phải kê khai bù trừ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư mới cùng với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện.

Sau khi bù trừ nếu có số thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ hết từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư. Trường hợp số thuế GTGT đầu vào của hoạt động sản xuất kinh doanh và dự án đầu tư dưới 200 triệu đồng và 3 tháng chưa được khấu trừ hết thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế theo hướng dẫn tại khoản 1 Điều này.

Trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư cơ sở sản xuất mới tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, nếu có số thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư. Cơ sở kinh doanh phải kê khai, lập hồ sơ hoàn thuế riêng đối với trường hợp này. Trường hợp có ban quản lý dự án thì ban quản lý dự án thực hiện đăng ký, kê khai lập hồ sơ hoàn thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế (trừ ban quản lý dự án cùng địa bàn tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính do doanh nghiệp trụ sở chính lập hồ sơ hoàn thuế GTGT). Khi dự án đầu tư thành lập doanh nghiệp mới đã hoàn thành và hoàn tất các thủ tục về đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế, cơ sở kinh doanh là chủ dự án đầu tư phải tổng hợp số thuế GTGT phát sinh, số thuế GTGT đã hoàn, số thuế GTGT chưa được hoàn của dự án để bàn giao cho doanh nghiệp mới thành lập để doanh nghiệp mới thực hiện kê khai, nộp thuế và đề nghị hoàn thuế GTGT theo quy định với cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

4. Cơ sở kinh doanh trong tháng có hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu nếu thuế GTGT đầu vào của hàng hóa xuất khẩu phát sinh trong tháng chưa được khấu trừ từ 200 triệu đồng trở lên thì được xét hoàn thuế theo tháng.

Cơ sở kinh doanh trong tháng vừa có hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu, vừa có hàng hoá, dịch vụ bán trong nước, có số thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu phát sinh trong tháng chưa được khấu trừ từ 200 triệu đồng trở lên, nhưng sau khi bù trừ với số thuế GTGT đầu ra của hàng hoá, dịch vụ bán trong nước trên tờ khai của tháng phát sinh, nếu số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu chưa được khấu trừ nhỏ hơn 200 triệu đồng thì cơ sở kinh doanh không được xét hoàn thuế theo tháng, nếu số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu chưa được khấu trừ từ 200 triệu đồng trở lên thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế GTGT theo tháng đối với hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu.

Trường hợp không hạch toán riêng được số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu thì số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu được phân bổ theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu trong kỳ với tổng doanh thu của cơ sở kinh doanh trong kỳ.

Đối tượng được hoàn thuế trong một số trường hợp xuất khẩu như sau: Đối với trường hợp uỷ thác xuất khẩu, là cơ sở có hàng hoá uỷ thác xuất khẩu; đối với gia công chuyển tiếp, là cơ sở ký hợp đồng gia công xuất khẩu với phía nước ngoài; đối với hàng hoá xuất khẩu để thực hiện công trình xây dựng ở nước ngoài, là doanh nghiệp có hàng hoá, vật tư xuất khẩu thực hiện công trình xây dựng ở nước ngoài; đối với hàng hoá xuất khẩu tại chỗ là cơ sở kinh doanh có hàng hoá xuất khẩu tại chỗ.

5. Cơ sở kinh doanh quyết toán thuế khi chia, tách, giải thể, phá sản, chuyển đổi sở hữu; giao, bán, khoán, cho thuê doanh nghiệp Nhà nước có số thuế GTGT đầu vào chưa đuợc khấu trừ hết hoặc có số thuế GTGT nộp thừa.

Trường hợp cơ sở kinh doanh trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động sản xuất kinh doanh giải thể không phát sinh thuế GTGT đầu ra của hoạt động kinh doanh chính theo dự án đầu tư thì không thuộc đối tượng được hoàn thuế GTGT. Trường hợp cơ sở kinh doanh đã được hoàn thuế cho dự án đầu tư thì phải truy hoàn số thuế đã được hoàn cho ngân sách nhà nước.

6. Hoàn thuế GTGT đối với các chương trình, dự án sử dụng nguồn vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) không hoàn lại hoặc viện trợ không hoàn lại, viện trợ nhân đạo:

7. Đối tượng được hưởng ưu đãi miễn trừ ngoại giao theo quy định của Pháp lệnh về Ưu đãi miền trừ ngoại giao mua hàng hoá, dịch vụ tại Việt Nam để sử dụng được hoàn thuế GTGT đã trả ghi trên hoá đơn GTGT hoặc trên chứng từ thanh toán ghi giá thanh toán đã có thuế GTGT.

8. Cơ sở kinh doanh có quyết định xử lý hoàn thuế của cơ quan có thẩm quyền theo quy định của pháp luật.