Công văn số 11971/BTC-TCT do Bộ Tài chính ban hành ngày 26 tháng 08 năm 2009 hướng dẫn chi tiết về chính sách thuế thu nhập cá nhân (TNCN) đối với chủ doanh nghiệp tư nhân. Đây là văn bản pháp lý quan trọng nhằm tháo gỡ các vướng mắc liên quan đến việc đánh thuế trùng đối với thu nhập của chủ doanh nghiệp tư nhân từ hoạt động sản xuất kinh doanh của chính doanh nghiệp đó.

- Quy định về Thuế thu nhập doanh nghiệp đối với doanh nghiệp tư nhân

• Doanh nghiệp tư nhân là tổ chức kinh tế có nghĩa vụ kê khai và nộp Thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) đối với toàn bộ thu nhập phát sinh từ hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp theo quy định của Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp.
• Doanh thu, chi phí hợp lý và thu nhập chịu thuế của doanh nghiệp tư nhân được xác định tương tự như các loại hình doanh nghiệp khác để làm căn cứ tính thuế TNDN.

- Quy định về Thuế thu nhập cá nhân đối với thu nhập của chủ doanh nghiệp tư nhân

• Thu nhập của chủ doanh nghiệp tư nhân thu được từ hoạt động sản xuất, kinh doanh của chính doanh nghiệp tư nhân đó không phải chịu Thuế thu nhập cá nhân. Quy định này nhằm tránh việc đánh thuế hai lần (đánh thuế TNDN đối với doanh nghiệp và đánh thuế TNCN đối với chủ doanh nghiệp trên cùng một nguồn thu nhập).
• Phần lợi nhuận còn lại sau khi doanh nghiệp tư nhân đã hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế TNDN sẽ thuộc quyền sở hữu và định đoạt hoàn toàn của chủ doanh nghiệp tư nhân. Khi chủ doanh nghiệp sử dụng phần lợi nhuận sau thuế này, họ không phải nộp thêm Thuế thu nhập cá nhân đối với thu nhập từ đầu tư vốn.

- Xử lý đối với khoản tiền lương, tiền công của chủ doanh nghiệp tư nhân

• Khoản tiền lương, tiền công do chủ doanh nghiệp tư nhân tự chi trả cho chính mình không được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN của doanh nghiệp tư nhân.
• Đồng thời, khoản tiền lương, tiền công này cũng không phải chịu Thuế thu nhập cá nhân từ tiền lương, tiền công của chính chủ doanh nghiệp tư nhân đó.

- Ý nghĩa và phạm vi áp dụng của văn bản

• Văn bản tạo ra sự thống nhất trong công tác quản lý thuế tại các địa phương, giúp các Cục Thuế tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương có cơ sở hướng dẫn người nộp thuế thực hiện đúng quy định pháp luật.
• Bảo vệ quyền lợi hợp pháp của chủ doanh nghiệp tư nhân, khuyến khích các cá nhân bỏ vốn đầu tư thành lập doanh nghiệp tư nhân mà không lo ngại về gánh nặng thuế trùng lặp.