b) Có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào, trừ trường hợp tổng giá trị hàng hoá, dịch vụ mua vào từng lần có giá trị dưới 20 triệu đồng.

...Hàng hoá, dịch vụ mua vào theo phương thức bù trừ giữa giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào với giá trị hàng hóa, dịch vụ bán ra cũng được coi là thanh toán qua ngân hàng; trường hợp sau khi bù trừ mà phần giá trị còn lại được thanh toán bằng tiền có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên thì chỉ được khấu trừ thuế đối với trường hợp có chứng từ thanh toán qua ngân hàng”.

Tại điểm 1.3.b mục III phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính về thuế GTGT hướng dẫn như sau:

“b) Có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào, trừ trường hợp tổng giá trị hàng hoá, dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn dưới hai mươi triệu đồng theo giá đã có thuế GTGT.

Hàng hoá, dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn trên hai mươi triệu đồng theo giá đã có thuế GTGT nếu không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì không được khấu trừ. Đối với những hoá đơn này, cơ sở kinh doanh kê khai vào mục riêng trong bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá, dịch vụ mua vào.

...Hàng hoá, dịch vụ mua vào theo phương thức thanh toán bù trừ giữa giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào với giá trị hàng hóa bán ra; bù trừ công nợ; thanh toán uỷ quyền qua bên thứ ba thanh toán qua ngân hàng mà các phương thức thanh toán này được quy định cụ thể trong hợp đồng cũng được coi là thanh toán qua ngân hàng; Trường hợp sau khi thực hiện các hình thức thanh toán nêu trên mà phần giá trị còn lại được thanh toán bằng tiền có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên thì chỉ được khấu trừ thuế đối với trường hợp có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Khi kê khai hoá đơn thuế giá trị gia tăng đầu vào, cơ sở kinh doanh ghi rõ phương thức thanh toán được quy định cụ thể trong hợp đồng vào phần ghi chú trên bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá, dịch vụ mua vào”.

Căn cứ các hướng dẫn trên, Bộ Tài chính hướng dẫn việc thực hiện sau:

1. Điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với hàng hoá, dịch vụ mua vào từ 20 triệu đồng trở lên phải có chứng từ thanh toán qua ngân hàng được hiểu là có chứng từ chứng minh việc chuyển tiền từ tài khoản của bên mua sang tài khoản của bên bán mở tại các tổ chức cung ứng dịch vụ thanh toán theo các hình thức thanh toán phù hợp với quy định của pháp luật hiện hành như séc, uỷ nhiệm chi hoặc lệnh chi, uỷ nhiệm thu, thẻ ngân hàng và các hình thức thanh toán khác theo quy định.

2. Các trường hợp được coi là thanh toán qua ngân hàng để khấu trừ thuế GTGT đầu vào gồm:

a) Trường hợp hàng hoá, dịch vụ mua vào theo phương thức thanh toán bù trừ giữa giá trị hàng hoá, dịch vụ mua vào với giá trị hàng hoá, dịch vụ bán ra, vay mượn hàng mà phương thức thanh toán này được quy định cụ thể trong hợp đồng thì phải có biên bản đối chiếu số liệu và xác nhận giữa hai bên về việc thanh toán bù trừ giữa hàng hoá, dịch vụ mua vào với hàng hoá, dịch vụ bán ra, vay mượn hàng.

b) Trường hợp hàng hoá, dịch vụ mua vào theo phương thức bù trừ công nợ như vay, mượn tiền; cấn trừ công nợ qua người thứ ba (ngoài trường hợp nêu tại tiết a điểm này) mà phương thức thanh toán này được quy định cụ thể trong hợp đồng thì phải có hợp đồng vay, mượn tiền dưới hình thức văn bản được lập trước đó và có chứng từ chuyển tiền từ tài khoản của bên cho vay sang tài khoản của bên đi vay đối với khoản vay bằng tiền.

c) Trường hợp hàng hoá, dịch vụ mua vào được thanh toán uỷ quyền qua bên thứ ba thanh toán qua ngân hàng thì việc thanh toán theo uỷ quyền phải được quy định cụ thể trong hợp đồng dưới hình thức văn bản và bên thứ ba là một pháp nhân hoặc thể nhân đang hoạt động theo quy định của pháp luật.

3. Các chứng từ và trường hợp sau đây không đủ điều kiện để được khấu trừ, hoàn thuế GTGT đối với hàng hoá, dịch vụ mua vào từ 20 triệu đồng trở lên:

a) Chứng từ bên mua nộp tiền mặt vào tài khoản của bên bán.

b) Chứng từ thanh toán theo các hình thức không phù hợp với quy định của pháp luật hiện hành.

c) Các trường hợp khác không đáp ứng được điều kiện nêu tại điểm 1 và điểm 2 công văn này.

4. Một số trường hợp khác

4.1. Tại điểm 5.1, 5.3 mục I phần B Thông tư số 60/2007/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn về Luật quản lý Thuế hướng dẫn như sau:

“ 5.1. Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai sót, nhầm lẫn gây ảnh hưởng đến số thuế phải nộp thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế. Hồ sơ khai thuế bổ sung được nộp cho cơ quan thuế vào bất cứ ngày làm việc nào, không phụ thuộc vào thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của lần tiếp theo, nhưng phải trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.

......

5.3. Trường hợp khai bổ sung hồ sơ khai thuế làm giảm số thuế phải nộp, người nộp thuế được điều chỉnh giảm tiền thuế, tiền phạt (nếu có) tại ngày cuối cùng của tháng nộp hồ sơ khai bổ sung; hoặc được bù trừ số thuế giảm vào số thuế phát sinh của lần khai thuế tiếp theo.”

Căn cứ hướng dẫn trên, trường hợp hàng hoá, dịch vụ mua vào được thanh toán theo phương thức trả chậm, trả góp có giá trị hàng hoá dịch vụ mua trên 20 triệu đồng, cơ sở kinh doanh vẫn được khấu trừ thuế, đến thời hạn thanh toán nếu không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào, cơ sở kinh doanh phải kê khai, điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ của giá trị hàng hoá không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Sau khi cơ sở kinh doanh đã điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ tương ứng với giá trị hàng hoá không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì cơ sở kinh doanh mới có được chứng từ chứng minh việc thanh toán qua ngân hàng thì cơ sở kinh doanh có quyền khai bổ sung nhưng phải trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.

4.2. Trường hợp thanh toán trong nội bộ doanh nghiệp có đơn vị hạch toán phụ thuộc có phát sinh hoá đơn GTGT nhưng không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì quan hệ thanh toán tiền hàng mang tính chất thanh toán nội bộ giữa công ty và chi nhánh hoặc giữa công ty trong tập đoàn vẫn đủ điều kiện được khấu trừ thuế GTGT.

5. Đối với trường hợp hàng hoá, dịch vụ mua vào có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên trong thời gian từ ngày 01/01/2009 đến hết ngày 31/03/2009 có chứng từ chứng minh việc nộp tiền mặt vào tài khoản bên bán hoặc có chứng từ chuyển tiền vào tài khoản bên bán được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

6. Cơ quan thuế có trách nhiệm hướng dẫn doanh nghiệp, cá nhân mở tài khoản tại ngân hàng phục vụ mình để thực hiện chuyển tiền từ tài khoản của bên mua sang tài khoản của bên bán đúng theo quy định.

Trong quá trình thực hiện, nếu có khó khăn, vướng mắc, đề nghị các đơn vị, cơ sở kinh doanh phản ánh kịp thời về Bộ Tài chính để được giải quyết./.