Bộ Tài chính nhận được nhiều kiến nghị của các Ban quản lý dự án, nhà thầu và một số Cục thuế về vấn đề xác nhận hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) cho các nhà thâu chính tham gia thực hiện dự án sử dụng vốn ODA vay ưu đãi được NSNN cấp phát. Về vấn đề này, Bộ Tài chính hướng dẫn như sau:

Tại điểm 3.4. Mục IV, Thông tư số 41/2002/TT-BTC ngày 3 tháng 5 năm 2002 của Bộ Tài chính có quy định về trách nhiệm của chủ dự án trong việc xác nhận hồ sơ hoàn thuế như sau: Trường hợp hoàn thuế cho nhà thầu chính thì hồ sơ hoàn thuế GTGT của nhà thầu chính phải có ý kiến xác nhận của chủ dự án về số thuế GTGT được hoàn trước khi gửi hồ sơ hoàn thuế cho cơ quan thuế.

Trong quá trình thực hiện quy định trên, nhiều chủ dự án do không kiểm soát được đầu vào của các nhà thầu, không có ý kiến xác nhận về số thuế GTGT đề nghị hoàn của các nhà thầu nên cơ quan thuế chưa đủ điều kiện giải quyết hoàn thuế theo quy định cho các nhà thầu chính. Nhằm khắc phục vướng mắc nêu trên, căn cứ vào ý kiến của các Bộ và các Ban quản lý dự án, Bộ Tài chính hướng dẫn cụ thể thêm về việc xác nhận số thuế GTGT nhà thầu chính đề nghị hoàn như sau:

1. Chủ dự án khi nhận được hồ sơ đề nghị hoàn thuế của nhà thầu chính có trách nhiệm kiểm tra và xác nhận về số thuế GTGT đề nghị hoàn của nhà thầu chính theo nội dung quy định tại điểm 3.4, mục IV, Thông tư số 41/2002/TT-BTC nêu trên. Nội dung xác nhận ghi rõ số thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ đầu vào đề nghị hoàn của công trình, hạng mục công trình đã thực hiện hoặc hoàn thành bàn giao. Số thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ không sử dụng cho dự án đề nghị loại trừ không được hoàn thuế.

Trường hợp chủ dự án không xác định được số thuế GTGT được hoàn và không được hoàn như nêu trên thì chủ dự án có trách nhiệm kiểm tra và xác nhận.

- Giá trị khối lượng hoàn thành đến thời điểm đề nghị hoàn thuế.

- Giá trị thực tế thanh toán đến thời điểm đề nghị hoàn thuế.

2. Đối với các nhà thầu chính thuộc đối tượng được hoàn thuế, trong trường hợp nhà thầu chính giao thầu lại cho các nhà thầu phụ thực hiện một phần công việc củ hợp đồng ý với chủ dự án, nhà thầu chính phải kê khai rõ giá trị khối lượng công trình đã giao thầu cho các nhà thầu phụ và sao gửi các hợp đồng giao thầu cho cơ quan thuế. Hoá thuế GTGT do các nhà thầu phụ lập và kê khai trong hồ sơ đề nghị hoàn thuế phải ghi đầy đủ, đúng quy định.

Trường hợp nhà thầu chính thực hiện đồng thời dự án sử dụng vốn ODA vay ưu đãi được NSNN cấp phát và các dự án, không sử dụng vốn ODA vay ưu đãi được NSNN cấp phát, nhà thầu chính phải kê khai rõ, tách riêng giá trị hàng hoá, dịch vụ đầu vào sử dụng cho từng dự án. Nếu hoá đơn mua hàng hoá, dịch vụ dùng chung cho nhiều dự án không kê khai được riêng thì chỉ được kê khai, khấu trừ 1 lần toàn bộ thuế GTGT đầu vào cho dự án không sử dụng vốn ODA vay ưu đãi được NSNN cấp phát, không được kê khai hoàn thuế GTGT đối với dự án sử dụng vốn ODA vay ưu đãi được NSNN cấp phát.

3. Về trách nhiệm của cơ quan thuế trong việc giải quyết hoàn thuế GTGT cho nhà thầu chính:

Khi nhận các hồ sơ đề nghị hoàn thuế của các nhà thầu chính, cơ quan thuế phải kiếm tra hồ sơ, nếu hồ sơ được lập đầy đủ, đúng quy định có xác nhận của chủ dự án theo hướng dẫn nêu trên thì cơ quan thuế thực hiện kiểm tra, xem xét giải quyết hoàn thuế theo đúng quy định. Nếu hồ sơ chưa đủ, chưa đúng quy định hoặc chưa đủ điều kiện để xét hoàn thuế thì phải thông báo cho nhà thầu chính, chủ dự án, nêu rõ nguyên nhân, lý do.

Để thực hiện hoàn thuế kịp thời, đúng chế độ, đề nghị các Cục thuế tăng cường kiểm tra các trường hợp hoàn thuế GTGT của các dự án ODA. Khi xem xét hồ sơ hoàn thuế của các nhà thầu chính thực hiện đồng thời nhiều dự án cần kiểm tra, đối chiếu thuế GTGT đầu vào của các hợp đồng thực hiện dự án ODA và các dự án khác; Đối với các đối tượng xin hoàn thuế GTGT là các nhà thầu nước ngoài trong giai đoạn kết thúc hợp đồng phải tổ chức kiểm tra trước khi hoàn thuế GTGT.

Đề nghị các Bộ, UBND các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương phối hợp chỉ đạo các Ban quản lý dự án kiểm tra và xác nhận hồ sơ hoàn thuế GTGT theo hướng dẫn nêu trên. Cục thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương kiểm tra, hướng dẫn dác nhà thầu lập hồ sơ hoàn thuế theo quy định và giải quyết hoàn thuế GTGT kịp thời đối với các hồ sơ đề nghị hoàn thuế của các nhà thầu chính đã lập đủ hồ sơ.