1- Xây dựng chiến lược quy hoạch, kế hoạch dài hạn và năm phát triển ngành hàng hải Việt nam trong cả nước để Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải và Bưu điện xem xét trong tổng thể phát triển ngành giao thông vận tải trình Hội đồng Bộ trưởng xét duyệt.

2- Xây dựng các dự án luật, pháp lệnh, các văn bản dưới luật các chế độ, chính sách, quy chế quản lý, quy trình, quy phạm... về ngành hàng hải để Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải và Bưu điện quyết định theo thẩm quyền hoặc trình Hội đồng Bộ trưởng, và tự mình ban hành các văn bản để hướng dẫn thực hiện.

3- Tổ chức hợp tác quốc tế về hàng hải: đề xuất với Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải và Bưu điện và với Chủ tịch Hội đồng bộ trưởng việc tham gia (hoặc không tham gia) các Công ước quốc tế, việc ký các Hiệp định, Nghị định thư về hàng hải; Tham gia các tổ chức và Công ước quốc tế, ký kết các văn bản với các nước, các tổ chức quốc tế về hàng hải theo sự ủy nhiệm của Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng, của Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải và Bưu điện hoặc theo thẩm quyền của Cục; Tham gia với các cơ quan có thẩm quyền của Hội đồng Bộ trưởng xem xét để cấp giấy phép hợp tác đầu tư, giấy phép kinh doanh trong lĩnh vực hàng hải.

4- Được Bộ trưởng ủy quyền ban hành quy chế và công bố hệ thống cảng biển, luồng lạch và phương tiện hoạt động trên biển; cho phép tàu, thuyền nước ngoài ra, vào lãnh thổ Việt nam theo đúng luật pháp của nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt nam, phù hợp với thông lệ quốc tế.

5- Cấp đăng ký tàu biển có trọng tải trên 100 tấn. Cấp thu hồi các giấy phép vè hành nghề hàng hải, đăng ký thuyền viên, hộ chiếu thuyền viên đối với tổ chức và cá nhân hoạt động hàng hải trong nước đối với tàu biển có trọng tải trên 100 tấn: Trình cấp có thẩm quyền xét duyệt hoặc xét duyệt theo thẩm quyền việc lập mới hoặc nâng cấp các hải cảng và hệ thống đảm bảo hàng hải trong cả nước; cho phép hướng dẫn, kiểm tra các đại lý, môi giới, hoa tiêu, dịch vụ hàng hải và các đại diện hàng hải ở trong nước và ngoài nước hoạt động theo luật pháp.

6- Tổ chức phối hợp các ngành trong nước và các nước lân cận để tiến hành tìm kiếm, điều tra, cứu nạn tàu thuyền lâm nạn trên biển.

7- Thực hiện các công việc về công chứng hàng hải theo luật định.

8- Tổ chức và chỉ đạo nghiên cứu ứng dụng khoa học kỹ thuật hàng hải, đào tạo thủy thủ, công nhân kỹ thuật, bồi dưỡng cán bộ quản lý ngành hàng hải, bổ túc và thi cấp bằng sĩ quan hàng hải.

9- Thành lập giải thể các tổ chức giúp Cục thực hiện chức năng quản lý Nhà nước, các đơn vị sự nghiệp trực thuộc (cảng vụ, bảo đảm hàng hải, trường đào tạo, viện nghiên cứu...) theo quy định của Hội đồng Bộ trưởng; Tổ chức và quản lý Nhà nước trực tiếp các doanh nghiệp hàng hải trực thuộc Cục theo luật pháp.

10- Hướng dẫn, thanh tra, kiểm tra việc chấp hành luật lệ và các quy định của Nhà nước về hàng hải, điều tra và xử lý các vụ vi phạm về hàng hải theo thẩm quyền.

11- Quản lý tổ chức cán bộ, lao động, cơ sở vật chất, tài sản được Nhà nước giao cho Cục theo quy định của Hội đồng Bộ trưởng.