1. Nghiên cứu và trình Hội đồng Chính phủ ban hành các chính sách, thể lệ về nông nghiệp; tổ chức và chỉ đạo thực hiện các chính sách, thể lệ ấy.

2. Nghiên cứu và trình Hội đồng Chính phủ phê chuẩn kế hoạch phát triển thủy sản; tổ chức và chỉ đạo thực hiện kế hoạch ấy.

3. Nghiên cứu khoa học, kỹ thuật nuôi, khai thác, chế biến thủy sản. Tiến hành hợp tác quốc tế về khoa học kỹ thuật thủy sản.

4. Lập quy hoạch nuôi, khai thác và bảo vệ các nguồn lợi thủy sản; tổ chức và chỉ đạo thực hiện quy hoạch ấy.

5. Tổ chức và chỉ đạo việc thu mua, chế biến thủy sản để tận dụng mọi khả năng nguồn lợi thủy sản.

6. Tổ chức và chỉ đạo công tác bảo vệ an toàn sản xuất cho dân làm nghề cá biển.

7. Cung cấp công cụ làm nghề cá, nguyên liệu, vật liệu sản xuất cho dân làm nghề cá. Cải tiến công cụ làm nghề cá.

8. Tổ chức và quản lý các xí nghiệp khai thác, chế biến hải sản, các xí nghiệp sản xuất và sửa chữa công cụ làm nghề cá thuộc Tổng cục.

9. Quản lý các hợp tác xã nghề cá

10. Thi hành các hiệp định mà nước ta đã ký kết với nước ngoài về mặt thủy sản. Trong phạm vi ủy quyền của Chính phủ, ký kết với cơ quan thủy sản nước ngoài những hiệp định về thủy sản.

11. Quản lý tổ chức, cán bộ, biên chế, lao động, tiền lương, tài sản, tài vụ, vật tư trong ngành theo chế độ chung của Nhà nước

Đào tạo bồi dưỡng cán bộ khoa học, kỹ thuật, công nhân chuyên nghiệp và cán bộ quản lý của ngành thủy sản. Phối hợp với Bộ Nông nghiệp trong việc đào tạo cán bộ thủy sản.