Nghị định số 359/2025/NĐ-CP được Chính phủ ban hành ngày 31 tháng 12 năm 2025 nhằm sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 181/2025/NĐ-CP ngày 01 tháng 7 năm 2025 quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng (GTGT). Nghị định này mang lại những thay đổi quan trọng liên quan đến chính sách thuế đối với các sản phẩm nông, lâm, thủy sản và quy định chuyển tiếp về hoàn thuế GTGT.

- Quy định về kê khai, tính nộp thuế GTGT đối với sản phẩm nông, lâm, thủy sản

Nghị định số 359/2025/NĐ-CP bổ sung khoản 1b vào sau khoản 1 Điều 4 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP, quy định chi tiết về nghĩa vụ thuế GTGT đối với các giao dịch mua bán sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường ở khâu kinh doanh thương mại như sau:

• Trường hợp không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT: Doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ khi mua các sản phẩm nêu trên rồi bán cho doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã khác thì không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT nhưng vẫn được khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
• Trường hợp phải nộp thuế suất 5%: Doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ khi bán các sản phẩm này cho các đối tượng khác như hộ, cá nhân sản xuất, kinh doanh và các tổ chức, cá nhân khác thì phải tính thuế GTGT theo mức thuế suất 5% (quy định tại khoản 3 Điều 19 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP).
• Trường hợp nộp thuế theo tỷ lệ 1% trên doanh thu: Hộ, cá nhân sản xuất, kinh doanh, doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã và tổ chức kinh tế khác nộp thuế GTGT theo phương pháp tính trực tiếp khi bán các sản phẩm này ở khâu kinh doanh thương mại thì tính thuế GTGT phải nộp theo tỷ lệ 1% nhân với doanh thu.

- Các quy định bị bãi bỏ tại Nghị định số 181/2025/NĐ-CP

Nghị định số 359/2025/NĐ-CP chính thức bãi bỏ các quy định sau đây:

• Bãi bỏ khoản 3 Điều 37 của Nghị định số 181/2025/NĐ-CP.
• Bãi bỏ khoản 3 Điều 39 của Nghị định số 181/2025/NĐ-CP.

- Hiệu lực thi hành và quy định chuyển tiếp về hoàn thuế GTGT

Điều khoản thi hành của Nghị định quy định rõ về thời gian áp dụng và các chính sách tháo gỡ khó khăn cho doanh nghiệp trong quá trình hoàn thuế:

• Hiệu lực thi hành: Nghị định số 359/2025/NĐ-CP có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01 tháng 01 năm 2026.
• Quy định chuyển tiếp đặc biệt về hoàn thuế GTGT: Đối với các cơ sở kinh doanh thuộc trường hợp hoàn thuế quy định tại Điều 15 Luật Thuế giá trị gia tăng đã nộp hồ sơ hoàn thuế GTGT và đã được cơ quan quản lý thuế tiếp nhận trước ngày 01 tháng 01 năm 2026 nhưng cơ quan quản lý thuế chưa ban hành Quyết định hoàn thuế hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước, thì không phải đáp ứng điều kiện người bán đã kê khai, nộp thuế GTGT theo quy định đối với hóa đơn đã xuất cho cơ sở kinh doanh đề nghị hoàn thuế.
• Trách nhiệm thi hành: Các Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang bộ, Thủ trưởng cơ quan thuộc Chính phủ, Chủ tịch Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương và các tổ chức, cá nhân có liên quan chịu trách nhiệm thi hành Nghị định này.