Công văn số 7331/TCHQ-GSQL được ban hành bởi Tổng cục Hải quan nhằm hướng dẫn các Cục Hải quan tỉnh, thành phố thực hiện thống nhất các thủ tục thanh khoản đối với loại hình hàng hóa nhập khẩu để sản xuất xuất khẩu (SXXK). Đây là văn bản chỉ đạo nghiệp vụ quan trọng, giải quyết các vướng mắc phát sinh trong quá trình kiểm tra, báo cáo quyết toán và xử lý thuế đối với nguyên liệu, vật tư nhập khẩu.

- Thủ tục và hồ sơ thanh khoản hàng sản xuất xuất khẩu

• Nộp báo cáo quyết toán: Doanh nghiệp thực hiện loại hình sản xuất xuất khẩu có trách nhiệm nộp báo cáo quyết toán tình hình sử dụng nguyên liệu, vật tư nhập khẩu, hàng hóa xuất khẩu trong năm tài chính cho cơ quan hải quan theo đúng thời hạn quy định.
• Hồ sơ thanh khoản: Bao gồm các chứng từ chứng minh việc nhập khẩu nguyên liệu, chứng từ xuất khẩu sản phẩm, định mức thực tế sử dụng nguyên liệu và các chứng từ thanh toán qua ngân hàng theo quy định pháp luật để làm cơ sở đối chiếu.
• Kiểm tra hồ sơ: Cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra tính hợp lệ, sự khớp đúng giữa số lượng nguyên liệu nhập khẩu, định mức kỹ thuật và số lượng sản phẩm thực tế xuất khẩu để xác định chính xác nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp.

- Xác định định mức thực tế và xử lý chênh lệch

• Xây dựng định mức: Doanh nghiệp phải tự xác định và chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác của định mức thực tế sử dụng để sản xuất sản phẩm xuất khẩu. Định mức này phải được lưu trữ đầy đủ tại doanh nghiệp và xuất trình khi cơ quan hải quan yêu cầu kiểm tra.
• Xử lý chênh lệch định mức: Trường hợp phát hiện có sự chênh lệch bất thường giữa định mức thực tế sản xuất và định mức đã đăng ký, hoặc có dấu hiệu nghi ngờ về hao hụt nguyên liệu, cơ quan hải quan sẽ tiến hành kiểm tra sau thông quan để làm rõ nguyên nhân và áp dụng các biện pháp xử lý thuế phù hợp.

- Xử lý thuế, nguyên liệu dư thừa và phế liệu, phế phẩm

• Hoàn thuế và không thu thuế: Văn bản hướng dẫn chi tiết về điều kiện và thủ tục để doanh nghiệp được hoàn thuế nhập khẩu hoặc không thu thuế đối với phần nguyên liệu đã thực tế cấu thành vào sản phẩm xuất khẩu ra nước ngoài hoặc xuất khẩu vào khu phi thuế quan.
• Xử lý nguyên liệu dư thừa: Đối với lượng nguyên liệu, vật tư dư thừa sau khi kết thúc chu kỳ sản xuất, doanh nghiệp phải thực hiện chuyển tiêu thụ nội địa (kèm theo nộp đủ các loại thuế liên quan), tái xuất trả lại khách hàng nước ngoài hoặc chuyển sang hợp đồng SXXK khác theo đúng quy định hiện hành.
• Phế liệu, phế phẩm: Phế liệu, phế phẩm thu được trong quá trình sản xuất từ nguyên liệu nhập khẩu SXXK khi bán ra thị trường nội địa phải thực hiện kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập doanh nghiệp và các nghĩa vụ tài chính khác theo quy định của pháp luật về thuế.

- Trách nhiệm của các bên liên quan trong công tác thanh khoản

• Đối với doanh nghiệp: Phải thiết lập hệ thống sổ sách kế toán, quản lý chi tiết lượng nguyên liệu nhập - xuất - tồn theo đúng chuẩn mực kế toán và quy định hải quan; đồng thời hợp tác chặt chẽ với cơ quan chức năng trong quá trình kiểm tra thực tế tại trụ sở.
• Đối với cơ quan hải quan: Tăng cường công tác kiểm tra, giám sát, hỗ trợ tháo gỡ khó khăn cho doanh nghiệp trong quá trình thực hiện thủ tục thanh khoản; đồng thời phát hiện và xử lý nghiêm các hành vi gian lận thương mại, lợi dụng chính sách ưu đãi thuế đối với hàng SXXK để tiêu thụ nội địa trái phép.