Công văn số 4808/TCHQ-KTTT được Tổng cục Hải quan ban hành ngày 06/10/2004 nhằm hướng dẫn cụ thể về việc xử lý thuế đối với hàng hóa nhập khẩu thuộc các dự án sử dụng nguồn vốn Hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) của Đan Mạch. Đây là văn bản hướng dẫn quan trọng giúp tháo gỡ các vướng mắc về thuế nhập khẩu và thuế giá trị gia tăng (GTGT) cho các chủ đầu tư và nhà thầu thực hiện dự án ODA Đan Mạch tại Việt Nam.

- Phạm vi và đối tượng áp dụng hướng dẫn xử lý thuế

• Áp dụng đối với các hàng hóa, thiết bị, máy móc nhập khẩu phục vụ trực tiếp cho việc thực hiện các chương trình, dự án ODA do Chính phủ Đan Mạch tài trợ (bao gồm cả nguồn vốn viện trợ không hoàn lại và vốn vay ưu đãi).
• Chủ đầu tư dự án, nhà thầu chính hoặc nhà thầu phụ (được ủy quyền) thực hiện việc nhập khẩu hàng hóa theo đúng quyết định phê duyệt dự án của cơ quan có thẩm quyền.

- Quy định về miễn thuế nhập khẩu đối với dự án ODA Đan Mạch

• Hàng hóa nhập khẩu để tạo tài sản cố định của dự án ODA được xem xét miễn thuế nhập khẩu theo quy định của pháp luật hiện hành về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu. Danh mục hàng hóa này phải được phê duyệt bởi cơ quan có thẩm quyền.
• Thiết bị, máy móc, phương tiện vận tải chuyên dùng nằm trong dây chuyền công nghệ nhập khẩu phục vụ trực tiếp cho hoạt động của dự án ODA Đan Mạch được miễn thuế nhập khẩu hoàn toàn.
• Đối với các loại nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu để phục vụ cho việc vận hành, chạy thử hoặc sản xuất thử của dự án cũng được xem xét xử lý thuế theo các hiệp định song phương đã ký kết giữa Việt Nam và Đan Mạch hoặc theo quy định chung về ODA.

- Quy định về thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với hàng hóa nhập khẩu

• Hàng hóa nhập khẩu thuộc diện không chịu thuế GTGT hoặc được hoàn thuế GTGT tùy thuộc vào tính chất của nguồn vốn ODA (vốn viện trợ không hoàn lại thường thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT ở khâu nhập khẩu).
• Trường hợp dự án ODA Đan Mạch thuộc diện được ngân sách nhà nước cấp phát toàn bộ hoặc một phần, việc xử lý thuế GTGT đầu vào đối với hàng hóa nhập khẩu sẽ thực hiện theo cơ chế ghi thu ghi chi hoặc hoàn thuế theo hướng dẫn của Bộ Tài chính.
• Chủ đầu tư phải xuất trình đầy đủ các chứng từ chứng minh nguồn vốn ODA Đan Mạch và văn bản xác nhận của cơ quan quản lý nhà nước về ODA để làm cơ sở không thu thuế GTGT hoặc hoàn thuế GTGT.

- Thủ tục và hồ sơ xử lý thuế tại cơ quan Hải quan

• Chủ đầu tư hoặc đơn vị nhập khẩu được ủy quyền phải nộp hồ sơ đăng ký danh mục hàng hóa nhập khẩu miễn thuế trước khi làm thủ tục nhập khẩu lô hàng đầu tiên tại Cục Hải quan tỉnh, thành phố nơi quản lý dự án hoặc nơi có cửa khẩu nhập khẩu.
• Hồ sơ bao gồm: Công văn đề nghị miễn thuế, Quyết định phê duyệt dự án ODA của cấp có thẩm quyền, Hiệp định hoặc thỏa thuận tài trợ giữa Việt Nam và Đan Mạch, Danh mục hàng hóa nhập khẩu miễn thuế kèm theo phiếu theo dõi trừ lùi.
• Cơ quan Hải quan nơi làm thủ tục có trách nhiệm kiểm tra tính hợp lệ của hồ sơ, đối chiếu với các quy định pháp luật hiện hành để thực hiện thông quan nhanh chóng và ghi nhận miễn thuế, không thu thuế theo đúng thẩm quyền.

- Trách nhiệm của các bên liên quan trong việc quản lý và sử dụng hàng hóa

• Chủ đầu tư dự án ODA Đan Mạch có trách nhiệm quản lý, sử dụng hàng hóa nhập khẩu đúng mục đích của dự án. Nghiêm cấm việc tự ý chuyển nhượng, thanh lý hoặc tiêu thụ nội địa hàng hóa đã được miễn thuế khi chưa được sự đồng ý của cơ quan có thẩm quyền và chưa nộp đủ các khoản thuế theo quy định.
• Trường hợp thay đổi mục đích sử dụng hàng hóa đã được miễn thuế, chủ đầu tư phải chủ động khai báo với cơ quan Hải quan để tính và thu đủ thuế nhập khẩu cũng như các loại thuế liên quan khác.
• Cục Hải quan các tỉnh, thành phố có trách nhiệm phối hợp, theo dõi, kiểm tra sau thông quan đối với việc quản lý và sử dụng hàng hóa nhập khẩu miễn thuế của các dự án ODA Đan Mạch trên địa bàn quản lý nhằm ngăn ngừa các hành vi gian lận thương mại và thất thu ngân sách nhà nước.