Công văn số 4446/TCHQ-KTTT do Tổng cục Hải quan ban hành là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng nhằm thống nhất quy trình, thủ tục đăng ký Danh mục hàng hóa nhập khẩu miễn thuế (sau đây gọi tắt là Danh mục miễn thuế) đối với các dự án ưu đãi đầu tư. Văn bản này giúp tháo gỡ các vướng mắc phát sinh, tạo điều kiện thuận lợi cho doanh nghiệp trong quá trình làm thủ tục hải quan, đồng thời nâng cao hiệu quả quản lý nhà nước về thuế.

Dưới đây là tóm tắt chi tiết các nội dung cốt lõi của Công văn số 4446/TCHQ-KTTT:

- Địa điểm và thẩm quyền đăng ký Danh mục miễn thuế

• Người nộp thuế thực hiện đăng ký Danh mục miễn thuế tại Cục Hải quan nơi thực hiện dự án đầu tư hoặc nơi đóng trụ sở chính đối với các dự án di động, dự án trải dài trên nhiều tỉnh, thành phố.
• Trường hợp địa phương nơi thực hiện dự án không có tổ chức Hải quan, việc đăng ký sẽ do Cục Hải quan quản lý địa bàn đó hoặc Cục Hải quan nơi gần nhất tiếp nhận và giải quyết theo quy định.

- Thành phần hồ sơ đăng ký Danh mục miễn thuế

• Công văn đề nghị đăng ký Danh mục hàng hóa nhập khẩu miễn thuế, trong đó giải trình rõ lý do, căn cứ pháp lý và cam kết sử dụng hàng hóa đúng mục đích ưu đãi.
• Bản chính Danh mục hàng hóa nhập khẩu miễn thuế kèm theo Phiếu theo dõi trừ lùi được lập theo mẫu quy định.
• Bản sao có chứng thực Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học công nghệ hoặc các tài liệu pháp lý tương đương chứng minh dự án thuộc đối tượng được hưởng ưu đãi thuế.
• Tài liệu kỹ thuật, bản vẽ thiết kế chi tiết hoặc thuyết minh công nghệ đối với máy móc, thiết bị để cơ quan hải quan có cơ sở đối chiếu, xác định tính đồng bộ và sự phù hợp với dự án.

- Quy trình tiếp nhận và xử lý hồ sơ của cơ quan Hải quan

• Cơ quan hải quan tiếp nhận hồ sơ, kiểm tra tính đầy đủ, hợp lệ của các chứng từ do doanh nghiệp xuất trình.
• Trong thời hạn quy định kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hợp lệ, cơ quan hải quan thực hiện cấp Phiếu theo dõi trừ lùi và phản hồi kết quả cho doanh nghiệp. Trường hợp hồ sơ chưa đầy đủ hoặc không đủ điều kiện, cơ quan hải quan phải thông báo bằng văn bản nêu rõ lý do cho doanh nghiệp trong thời hạn làm việc.
• Trong trường hợp cần thiết, cơ quan hải quan có quyền yêu cầu doanh nghiệp giải trình bổ sung hoặc tiến hành kiểm tra thực tế cơ sở sản xuất, địa điểm thực hiện dự án trước khi phê duyệt Danh mục.

- Quy định về sửa đổi, điều chỉnh Danh mục miễn thuế

• Doanh nghiệp được phép sửa đổi, bổ sung Danh mục miễn thuế đã đăng ký khi có sự thay đổi về thiết kế công nghệ, quy mô dự án hoặc kế hoạch cung ứng vật tư, thiết bị.
• Hồ sơ đề nghị sửa đổi, bổ sung phải được gửi đến cơ quan hải quan trước thời điểm nhập khẩu lô hàng đầu tiên của phần hàng hóa có sự thay đổi, điều chỉnh.
• Cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra, đối chiếu nội dung thay đổi và cập nhật vào hệ thống dữ liệu điện tử hoặc Phiếu theo dõi trừ lùi của doanh nghiệp.

- Công tác phối hợp và kiểm tra sau thông quan

• Tăng cường cơ chế phối hợp chặt chẽ giữa Cục Hải quan nơi đăng ký Danh mục và Cục Hải quan nơi làm thủ tục thông quan hàng hóa để đảm bảo việc trừ lùi số lượng chính xác, tránh trùng lặp hoặc vượt định mức được duyệt.
• Sau khi hàng hóa được thông quan miễn thuế, cơ quan hải quan sẽ tiến hành kiểm tra sau thông quan tại trụ sở doanh nghiệp nhằm xác định hàng hóa nhập khẩu có được lắp đặt, sử dụng đúng mục đích và đúng dự án đã đăng ký hay không.
• Mọi hành vi tự ý chuyển nhượng, thanh lý hàng hóa miễn thuế sai quy định hoặc sử dụng sai mục đích ưu đãi đều bị xử lý nghiêm theo quy định của pháp luật về thuế và quản lý thuế.