Ngày 12 tháng 12 năm 2003, Tổng cục Thuế đã ban hành Công văn số 4434 TCT/NV6 hướng dẫn về việc thanh toán tiền hàng xuất khẩu. Văn bản này tập trung giải quyết các vướng mắc phát sinh trong quá trình thực hiện quy định về chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, làm cơ sở để xét khấu trừ hoặc hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT).

Phạm vi áp dụng của công văn hướng dẫn trực tiếp đến các cục thuế tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương và các doanh nghiệp có hoạt động xuất khẩu hàng hóa, dịch vụ trên cả nước đang gặp vướng mắc về thủ tục chứng từ thanh toán.

- Nguyên tắc chung về thanh toán qua ngân hàng đối với hàng xuất khẩu

• Để được áp dụng thuế suất thuế GTGT 0% và được khấu trừ, hoàn thuế GTGT đầu vào, doanh nghiệp xuất khẩu bắt buộc phải có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu.
• Tiền thanh toán của phía nước ngoài phải được chuyển từ tài khoản của bên mua nước ngoài mở tại ngân hàng nước ngoài vào tài khoản của bên bán Việt Nam mở tại ngân hàng hoạt động hợp pháp tại Việt Nam.
• Nội dung trên chứng từ thanh toán phải thể hiện rõ số tiền, số hợp đồng xuất khẩu hoặc hóa đơn thương mại tương ứng để đảm bảo tính đối chiếu, kiểm tra của cơ quan thuế.

- Hướng dẫn xử lý các phương thức thanh toán đặc thù

• Đối với phương thức thanh toán bù trừ công nợ: Doanh nghiệp phải xuất trình văn bản thỏa thuận bù trừ giữa hàng hóa xuất khẩu và hàng hóa, dịch vụ nhập khẩu hoặc nợ vay nước ngoài. Phần chênh lệch còn lại sau khi bù trừ (nếu có) bắt buộc phải được thanh toán qua ngân hàng và có chứng từ hợp lệ đi kèm.
• Đối với trường hợp thanh toán bằng tiền mặt: Chỉ được xem xét chấp nhận đối với một số trường hợp đặc thù theo quy định riêng của Chính phủ và Bộ Tài chính (ví dụ như xuất khẩu tiểu ngạch qua biên giới đất liền). Doanh nghiệp phải xuất trình tờ khai nguồn ngoại tệ mang vào Việt Nam có xác nhận của hải quan cửa khẩu và chứng từ nộp tiền vào tài khoản ngân hàng của doanh nghiệp.
• Đối với trường hợp bên thứ ba thanh toán thay: Việc thanh toán từ bên thứ ba phải được quy định rõ ràng trong hợp đồng xuất khẩu hoặc phụ lục hợp đồng ký kết trước khi thực hiện thanh toán. Chứng từ thanh toán của bên thứ ba phải phù hợp với các điều khoản đã thỏa thuận.

- Trách nhiệm của cơ quan thuế và doanh nghiệp

• Cơ quan thuế địa phương có trách nhiệm kiểm tra chặt chẽ tính hợp pháp, hợp lệ của các chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Trong trường hợp phát hiện dấu hiệu nghi ngờ hoặc chứng từ không rõ ràng, cơ quan thuế có quyền yêu cầu doanh nghiệp giải trình hoặc tiến hành xác minh qua hệ thống ngân hàng liên quan.
• Doanh nghiệp xuất khẩu có trách nhiệm lưu trữ đầy đủ hồ sơ, chứng từ thanh toán, hợp đồng xuất khẩu, tờ khai hải quan và xuất trình kịp thời khi cơ quan thuế tiến hành thanh tra, kiểm tra quyết toán thuế hoặc giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT.
• Các trường hợp không đáp ứng đủ điều kiện về chứng từ thanh toán qua ngân hàng theo hướng dẫn sẽ không được khấu trừ, hoàn thuế GTGT đầu vào đối với lô hàng xuất khẩu đó và phải chuyển sang kê khai nộp thuế theo quy định hiện hành.

Công văn số 4434 TCT/NV6 có hiệu lực hướng dẫn thực hiện ngay từ ngày ban hành. Các hướng dẫn tại văn bản này giúp thống nhất quy trình xử lý hồ sơ hoàn thuế tại các chi cục thuế và cục thuế địa phương, đồng thời tạo hành lang pháp lý rõ ràng để doanh nghiệp chủ động hoàn thiện chứng từ thanh toán khi thực hiện các giao dịch thương mại quốc tế.