Công văn số 3480/TCHQ-KTTT do Tổng cục Hải quan ban hành là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng nhằm giải quyết các vướng mắc phát sinh trong quá trình thực hiện bù trừ tiền thuế, tiền chậm nộp và tiền phạt nộp thừa của người nộp thuế. Văn bản này hướng đến việc thống nhất quy trình xử lý trong toàn ngành Hải quan, tạo điều kiện thuận lợi cho doanh nghiệp hoạt động xuất nhập khẩu đồng thời đảm bảo công tác quản lý thuế chặt chẽ, đúng quy định pháp luật.

- Nguyên tắc xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa

• Người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp đối với từng loại thuế thì được bù trừ số tiền nộp thừa với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ.
• Việc bù trừ tiền thuế nộp thừa được thực hiện giữa các tờ khai hải quan của cùng một người nộp thuế tại cùng một Chi cục Hải quan hoặc giữa các Chi cục Hải quan khác nhau thuộc cùng một Cục Hải quan.
• Trường hợp sau khi đã bù trừ hết các khoản nợ thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt mà vẫn còn số tiền nộp thừa thì cơ quan hải quan thực hiện hoàn trả cho người nộp thuế theo quy định.

- Quy trình thực hiện bù trừ tiền thuế nộp thừa

• Xác định khoản nộp thừa: Cơ quan hải quan nơi phát sinh khoản nộp thừa có trách nhiệm kiểm tra, đối chiếu thông tin trên hệ thống kế toán thuế tập trung để xác định chính xác số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa của doanh nghiệp.
• Tiếp nhận yêu cầu bù trừ: Việc bù trừ được thực hiện trên cơ sở đề nghị của người nộp thuế hoặc cơ quan hải quan chủ động thực hiện bù trừ khi phát hiện người nộp thuế có khoản nợ thuế khác trên hệ thống.
• Thực hiện hạch toán bù trừ: Công chức hải quan thực hiện thao tác nghiệp vụ trên hệ thống kế toán thuế tập trung để khấu trừ số tiền nộp thừa vào số tiền còn nợ theo đúng thứ tự ưu tiên thanh toán.
• Thông báo kết quả: Sau khi hoàn thành việc bù trừ, cơ quan hải quan ban hành thông báo hoặc quyết định bù trừ tiền thuế gửi cho người nộp thuế để theo dõi và thực hiện đối chiếu số liệu tài chính.

- Thứ tự ưu tiên khi thực hiện bù trừ nợ thuế

• Tiền thuế nộp thừa được ưu tiên bù trừ để thanh toán các khoản nợ thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt theo thứ tự thời gian phát sinh khoản nợ (khoản nợ nào phát sinh trước sẽ được bù trừ thanh toán trước).
• Thực hiện bù trừ giữa các loại thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt của cùng một sắc thuế hoặc giữa các sắc thuế khác nhau thuộc thẩm quyền quản lý thu của cơ quan hải quan.

- Phối hợp giữa cơ quan Hải quan và Kho bạc Nhà nước

• Cơ quan hải quan có trách nhiệm phối hợp chặt chẽ với Kho bạc Nhà nước đồng cấp để thực hiện hạch toán thu ngân sách nhà nước đối với các khoản bù trừ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt.
• Đảm bảo việc truyền nhận dữ liệu điện tử giữa hai cơ quan được thông suốt, chính xác, tránh tình trạng hạch toán sai lệch hoặc chậm trễ gây ảnh hưởng đến nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp.

- Trách nhiệm của các bên liên quan

• Đối với người nộp thuế: Có trách nhiệm kê khai trung thực, cung cấp đầy đủ hồ sơ, chứng từ chứng minh khoản tiền thuế nộp thừa và phối hợp chặt chẽ với cơ quan hải quan trong quá trình đối chiếu số liệu.
• Đối với cơ quan hải quan các cấp: Cục Hải quan các tỉnh, thành phố và Chi cục Hải quan trực thuộc phải nghiêm túc triển khai hướng dẫn tại Công văn này, giải quyết kịp thời các hồ sơ đề nghị của doanh nghiệp, tránh gây phiền hà, sách nhiễu và đảm bảo quyền lợi hợp pháp của người nộp thuế.