Công văn số 3423 TCT/PCCS được Tổng cục Thuế ban hành ngày 20/10/2004 nhằm hướng dẫn các biện pháp xử lý cụ thể đối với trường hợp mất hóa đơn. Đây là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng dành cho các cơ quan thuế địa phương và doanh nghiệp nhằm thống nhất quy trình xử lý, xác định trách nhiệm pháp lý và thủ tục khắc phục khi xảy ra sự cố mất hóa đơn liên 2 (liên giao cho khách hàng).

Quy trình xử lý đối với người mua khi làm mất hóa đơn liên 2:

• Báo cáo mất hóa đơn: Người mua khi phát hiện mất hóa đơn liên 2 phải thực hiện báo cáo ngay với cơ quan thuế quản lý trực tiếp. Việc báo cáo phải được lập thành văn bản, nêu rõ lý do mất, số hóa đơn, ký hiệu, mẫu hóa đơn và thông tin bên bán.
• Phối hợp với bên bán: Người mua phải liên hệ với bên bán để lập biên bản ghi nhận sự việc mất hóa đơn. Biên bản này phải có chữ ký, đóng dấu xác nhận của cả hai bên mua và bán.
• Sử dụng bản sao hợp lệ: Bên bán tiến hành sao chụp liên 1 của hóa đơn bị mất (liên lưu tại bên bán), ký tên, đóng dấu xác nhận trên bản sao và giao cho bên mua. Bản sao này kèm theo biên bản mất hóa đơn sẽ được dùng làm chứng từ hợp pháp để bên mua kê khai thuế và hạch toán chi phí.

Xử phạt vi phạm hành chính đối với hành vi làm mất hóa đơn:

• Xác định trách nhiệm: Cơ quan thuế sẽ tiến hành kiểm tra, xác minh nguyên nhân mất hóa đơn để xác định lỗi thuộc về bên bán hay bên mua.
• Mức xử phạt: Hành vi làm mất hóa đơn sẽ bị xử phạt vi phạm hành chính về chế độ hóa đơn, chứng từ theo các quy định pháp luật hiện hành tại thời điểm phát sinh vụ việc.
• Biện pháp khắc phục: Việc xử phạt không thay thế cho nghĩa vụ hoàn thiện hồ sơ chứng từ. Doanh nghiệp vẫn phải thực hiện đầy đủ các bước lập biên bản và xác nhận bản sao để đảm bảo tính hợp pháp của dòng tiền và hàng hóa.

Trách nhiệm của cơ quan thuế các cấp trong việc quản lý và xử lý:

• Tiếp nhận và kiểm tra: Cục Thuế và Chi cục Thuế địa phương có trách nhiệm tiếp nhận báo cáo mất hóa đơn từ doanh nghiệp, đối chiếu thông tin trên hệ thống quản lý thuế để ngăn chặn việc lợi dụng hóa đơn bất hợp pháp.
• Thanh tra, kiểm tra đột xuất: Trong trường hợp phát hiện dấu hiệu gian lận hoặc mất hóa đơn với số lượng lớn, cơ quan thuế có quyền tiến hành thanh tra, kiểm tra việc sử dụng hóa đơn của doanh nghiệp để phòng chống thất thu ngân sách nhà nước.