Công văn số 2649/TCT-CS do Tổng cục Thuế ban hành hướng dẫn chi tiết về chính sách thuế nhà thầu nước ngoài và quy định phát hành hóa đơn đối với hoạt động thu hộ cước vận tải biển quốc tế của các đại lý hãng tàu tại Việt Nam.

Phạm vi và đối tượng áp dụng

Văn bản này áp dụng đối với các doanh nghiệp Việt Nam hoạt động dưới hình thức làm đại lý cho các hãng tàu nước ngoài, thực hiện nhiệm vụ thu hộ cước tàu và các khoản phụ thu dịch vụ vận tải biển, cùng các cơ quan thuế trực tiếp quản lý thuế tại các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương.

Chính sách thuế nhà thầu đối với dịch vụ vận tải quốc tế

• Thuế giá trị gia tăng (GTGT): Hoạt động vận tải quốc tế của hãng tàu nước ngoài thuộc đối tượng áp dụng thuế suất thuế GTGT là 0% theo quy định về thuế nhà thầu nước ngoài.
• Thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN): Thu nhập từ hoạt động vận tải quốc tế của hãng tàu nước ngoài phát sinh tại Việt Nam chịu thuế TNDN với tỷ lệ 2% trên tổng doanh thu thu được.
• Các khoản phụ thu tại cảng Việt Nam (Local charges): Đối với các khoản phụ thu phát sinh tại Việt Nam (như phí xếp dỡ THC, phí vệ sinh container, phí chứng từ, phí kẹp chì...), do đây là các dịch vụ được thực hiện tại Việt Nam nên phải chịu thuế nhà thầu theo tỷ lệ tương ứng của ngành dịch vụ (thông thường là thuế GTGT 5% và thuế TNDN 2% hoặc 5% tùy theo tính chất dịch vụ cụ thể).

Quy định về lập và phát hành hóa đơn thu hộ

• Nghĩa vụ lập hóa đơn của đại lý: Khi thu hộ cước tàu và các khoản phụ thu cho hãng tàu nước ngoài, đại lý tại Việt Nam phải lập hóa đơn giao cho khách hàng sử dụng dịch vụ.
• Cách thức thể hiện trên hóa đơn: Trên hóa đơn phải thể hiện rõ dòng thuế suất và tiền thuế GTGT tương ứng với từng loại khoản thu (cước vận tải quốc tế áp dụng 0%, các khoản phụ thu áp dụng thuế suất tương ứng theo quy định). Khoản doanh thu thu hộ này không được tính vào doanh thu tính thuế GTGT và thuế TNDN của chính doanh nghiệp đại lý.
• Kê khai và nộp thuế thay: Đại lý có trách nhiệm khấu trừ, kê khai và nộp thay thuế nhà thầu nước ngoài (bao gồm cả thuế GTGT và thuế TNDN) trước khi thực hiện chuyển tiền cước thu hộ ra nước ngoài cho hãng tàu.

Khấu trừ thuế và chứng từ thanh toán đối với khách hàng

• Chứng từ khấu trừ thuế: Khách hàng sử dụng dịch vụ vận tải của hãng tàu nước ngoài, khi nhận được hóa đơn thu hộ từ đại lý Việt Nam, được sử dụng hóa đơn này làm chứng từ hợp lệ để tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN và thực hiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo quy định pháp luật.
• Điều kiện thanh toán: Việc thanh toán các hóa đơn thu hộ phải đảm bảo có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với các hóa đơn có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên để đủ điều kiện khấu trừ thuế và tính vào chi phí hợp lý.

Hiệu lực thi hành và hướng dẫn thực hiện

Công văn số 2649/TCT-CS có hiệu lực hướng dẫn kể từ ngày ban hành. Các cục thuế địa phương căn cứ vào hướng dẫn tại công văn này và tình hình thực tế của các doanh nghiệp đại lý hãng tàu trên địa bàn quản lý để hướng dẫn người nộp thuế thực hiện kê khai, nộp thuế và phát hành hóa đơn đúng quy định pháp luật hiện hành.