Công văn số 2345 TCT/DNK ngày 02/08/2004 của Tổng cục Thuế là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng nhằm giải quyết các vướng mắc phát sinh trong quá trình thực hiện chính sách thuế Giá trị gia tăng (GTGT) tại các doanh nghiệp. Nội dung công văn tập trung làm rõ các nguyên tắc khấu trừ thuế đầu vào, điều kiện hoàn thuế và việc quản lý, sử dụng hóa đơn chứng từ hợp pháp.

- Nguyên tắc và điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào

• Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT được khấu trừ toàn bộ. Trường hợp hàng hóa, dịch vụ dùng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế GTGT thì chỉ được khấu trừ số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT.
• Doanh nghiệp phải có hóa đơn GTGT mua hàng hóa, dịch vụ hợp pháp hoặc chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu, chứng từ nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài theo hướng dẫn của Bộ Tài chính.
• Hóa đơn mua hàng hóa, dịch vụ phải ghi đầy đủ, rõ ràng các chỉ tiêu quy định như tên, địa chỉ, mã số thuế của người mua và người bán. Các trường hợp hóa đơn không ghi đầy đủ hoặc ghi sai lệch thông tin cốt lõi sẽ không đủ điều kiện để kê khai, khấu trừ thuế đầu vào.

- Quy định về hoàn thuế GTGT đối với các trường hợp cụ thể

• Cơ sở kinh doanh nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế được xét hoàn thuế GTGT nếu trong 3 tháng liên tục trở lên có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết.
• Đối với dự án đầu tư mới của cơ sở kinh doanh đang hoạt động hoặc dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh mới thành lập, nếu đã đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ nhưng chưa đi vào hoạt động, có số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào dùng cho đầu tư lũy kế được hoàn theo hạn mức quy định.
• Hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu được áp dụng thuế suất 0% và được xét hoàn thuế GTGT đầu vào nếu đáp ứng đầy đủ các điều kiện về hợp đồng xuất khẩu, tờ khai hải quan đã làm xong thủ tục và chứng từ thanh toán qua ngân hàng.

- Quản lý hóa đơn, chứng từ và xử lý vi phạm về thuế

• Doanh nghiệp có trách nhiệm quản lý, sử dụng hóa đơn tự in hoặc hóa đơn mua của cơ quan thuế đúng mục đích, đúng đối tượng và đúng quy định pháp luật.
• Nghiêm cấm các hành vi mua bán, sử dụng hóa đơn khống, hóa đơn của các doanh nghiệp đã ngừng hoạt động hoặc bỏ trốn nhằm mục đích gian lận, hợp thức hóa chứng từ đầu vào để khấu trừ hoặc hoàn thuế GTGT.
• Các trường hợp vi phạm về hóa đơn, chứng từ sẽ bị xử lý nghiêm khắc theo quy định pháp luật về quản lý thuế, bao gồm việc truy thu thuế, phạt chậm nộp và chuyển hồ sơ sang cơ quan chức năng xử lý hình sự nếu có dấu hiệu tội phạm trốn thuế.