Công văn số 2168 TCT/DNNN được Tổng cục Thuế ban hành ngày 16/07/2004 nhằm hướng dẫn chi tiết về việc kê khai và nộp thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với các chi nhánh của doanh nghiệp. Đây là văn bản hướng dẫn quan trọng giúp tháo gỡ các vướng mắc của doanh nghiệp trong việc xác định nghĩa vụ thuế và thủ tục kê khai thuế GTGT tại trụ sở chính và các đơn vị trực thuộc.

- Nguyên tắc xác định nghĩa vụ kê khai thuế GTGT của chi nhánh

• Các chi nhánh hạch toán độc lập có tổ chức bộ máy kế toán riêng, mở tài khoản tại ngân hàng và trực tiếp bán hàng hóa, dịch vụ, phát sinh doanh thu thì phải thực hiện đăng ký thuế, kê khai và nộp thuế GTGT trực tiếp với cơ quan thuế quản lý trực tiếp tại địa phương nơi chi nhánh đóng trụ sở.
• Đối với các chi nhánh hạch toán phụ thuộc, việc kê khai và nộp thuế GTGT được thực hiện dựa trên phương thức tổ chức kinh doanh và phân cấp hạch toán của doanh nghiệp. Trường hợp chi nhánh phụ thuộc ở khác tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương với trụ sở chính thì phải kê khai, nộp thuế GTGT tại địa phương nơi có chi nhánh.
• Trường hợp chi nhánh không trực tiếp bán hàng, không phát sinh doanh thu (như văn phòng đại diện, kho hàng thuần túy không thực hiện chức năng kinh doanh) thì mọi hoạt động kê khai, quyết toán thuế GTGT sẽ do trụ sở chính của doanh nghiệp chịu trách nhiệm thực hiện tập trung.

- Quy định về sử dụng hóa đơn, chứng từ giữa trụ sở chính và chi nhánh

• Khi điều chuyển hàng hóa cho các chi nhánh hạch toán phụ thuộc để bán, doanh nghiệp có thể lựa chọn một trong hai phương thức sử dụng chứng từ: Sử dụng hóa đơn GTGT hoặc sử dụng Phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ kèm theo Lệnh điều động nội bộ.
• Nếu chi nhánh sử dụng Phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ, khi hàng hóa được bán ra thực tế, chi nhánh phải lập hóa đơn GTGT giao cho khách hàng, đồng thời làm cơ sở để kê khai, nộp thuế GTGT tại địa phương nơi chi nhánh hoạt động.
• Doanh nghiệp phải đăng ký phương thức sử dụng hóa đơn, chứng từ thống nhất cho toàn bộ hệ thống chi nhánh và thông báo với cơ quan thuế quản lý trực tiếp để thực hiện giám sát, kiểm tra.

- Phương pháp tính thuế và hoàn thuế GTGT đối với chi nhánh

• Chi nhánh áp dụng phương pháp tính thuế GTGT (phương pháp khấu trừ hoặc phương pháp trực tiếp) đồng nhất với phương pháp tính thuế mà doanh nghiệp (trụ sở chính) đang áp dụng, trừ các trường hợp đặc biệt được cơ quan thuế chấp thuận bằng văn bản.
• Đối với việc hoàn thuế GTGT, các chi nhánh hạch toán độc lập tự thực hiện thủ tục hoàn thuế tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp nếu đủ điều kiện. Đối với chi nhánh hạch toán phụ thuộc, số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết thường được chuyển về trụ sở chính để thực hiện bù trừ và hoàn thuế tập trung.

- Trách nhiệm của doanh nghiệp và cơ quan thuế quản lý

• Doanh nghiệp có trách nhiệm chỉ đạo, giám sát các chi nhánh thực hiện đúng quy định về kê khai, nộp thuế GTGT, tránh việc kê khai trùng lặp hoặc bỏ sót doanh thu, thuế đầu vào giữa trụ sở chính và các chi nhánh.
• Cơ quan thuế địa phương nơi chi nhánh đóng trụ sở có trách nhiệm hướng dẫn, đôn đốc và kiểm tra việc chấp hành nghĩa vụ thuế của chi nhánh, đồng thời phối hợp với cơ quan thuế quản lý trụ sở chính để đối chiếu số liệu khi cần thiết.