Công văn số 2126/TCHQ-KTTT của Tổng cục Hải quan là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng nhằm giải quyết các vướng mắc phát sinh trong quá trình thực hiện chính sách thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu đối với hàng hóa của doanh nghiệp.

1. Chính sách thuế đối với nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất xuất khẩu

Văn bản tập trung làm rõ các quy định về điều kiện miễn thuế và xử lý thuế đối với loại hình nhập khẩu sản xuất xuất khẩu (SXXK):

• Điều kiện áp dụng miễn thuế: Người nộp thuế phải có cơ sở sản xuất hàng hóa xuất khẩu trên lãnh thổ Việt Nam; có quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng hợp pháp đối với máy móc, thiết bị tại cơ sở sản xuất phù hợp với nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng hóa.
• Xử lý thuế khi chuyển đổi mục đích sử dụng: Trường hợp hàng hóa nhập khẩu để sản xuất xuất khẩu nhưng thay đổi mục đích sử dụng, chuyển tiêu thụ nội địa thì người nộp thuế phải kê khai, nộp đủ thuế nhập khẩu, thuế giá trị gia tăng và các loại thuế khác theo quy định tại thời điểm thay đổi mục đích sử dụng.
• Quản lý phế liệu, phế phẩm: Phế liệu, phế phẩm thu được trong quá trình sản xuất hàng hóa xuất khẩu khi bán, thanh lý ra thị trường nội địa được miễn thuế nhập khẩu nhưng phải kê khai nộp thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định của pháp luật về thuế.

2. Thủ tục hoàn thuế và miễn thuế xuất nhập khẩu

Để thống nhất thực hiện và giảm thiểu thời gian thông quan cho doanh nghiệp, Tổng cục Hải quan hướng dẫn chi tiết về hồ sơ và quy trình xử lý:

• Hồ sơ hoàn thuế: Doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ các chứng từ chứng minh việc xuất khẩu thực tế, chứng từ nộp thuế ở khâu nhập khẩu và các tài liệu kỹ thuật liên quan. Cơ quan hải quan thực hiện đối chiếu thông tin trên hệ thống dữ liệu điện tử để giải quyết nhanh chóng.
• Phân loại hồ sơ hoàn thuế: Thực hiện phân loại nghiêm ngặt giữa hồ sơ thuộc diện "hoàn thuế trước, kiểm tra sau" và "kiểm tra trước, hoàn thuế sau" nhằm nâng cao hiệu quả quản lý rủi ro và bảo đảm tính minh bạch.

3. Áp dụng mã số HS và thuế suất ưu đãi

Vấn đề phân loại hàng hóa và áp dụng mức thuế suất chính xác luôn là điểm nóng dễ phát sinh tranh chấp, công văn đưa ra các chỉ dẫn cụ thể:

• Nguyên tắc phân loại hàng hóa: Việc xác định mã số HS phải tuân thủ Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu Việt Nam, các quy tắc giải thích của Hệ thống hài hòa (HS) và các thông tin mô tả chi tiết về cấu tạo, thành phần, công dụng của hàng hóa thực tế nhập khẩu.
• Thuế suất ưu đãi đặc biệt: Để được áp dụng mức thuế suất ưu đãi đặc biệt theo các Hiệp định thương mại tự do (FTA), doanh nghiệp phải nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa (C/O) hợp lệ và còn hiệu lực theo đúng thời hạn quy định của pháp luật hải quan.