Công văn số 1524 TCT/ĐTNN do Tổng cục Thuế ban hành là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng nhằm giải quyết các vướng mắc của doanh nghiệp liên quan đến việc kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với các hóa đơn đầu vào bị bỏ sót hoặc khai báo quá thời hạn quy định theo luật định.

• Nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT đầu vào: Doanh nghiệp được quyền khấu trừ thuế GTGT đầu vào phục vụ cho hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT nếu đáp ứng đầy đủ các điều kiện về hóa đơn, chứng từ hợp pháp theo quy định của pháp luật.
• Xử lý hóa đơn đầu vào quá thời hạn kê khai: Đối với các hóa đơn GTGT đầu vào phát sinh nhưng doanh nghiệp kê khai chậm, vượt quá thời hạn quy định, văn bản đưa ra hướng dẫn cụ thể về việc xem xét, đối chiếu thực tế để giải quyết quyền lợi cho doanh nghiệp nếu việc chậm trễ xuất phát từ nguyên nhân khách quan.
• Điều kiện để được xem xét khấu trừ bổ sung: Doanh nghiệp phải chứng minh được tính trung thực, khách quan của việc chậm trễ kê khai (như do đối tác giao hóa đơn chậm, thất lạc trong quá trình vận chuyển, hoặc các lý do bất khả kháng khác). Đồng thời, hàng hóa, dịch vụ mua vào phải có đầy đủ chứng từ thanh toán hợp lệ và thực tế đã được đưa vào phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh của đơn vị.
• Trách nhiệm kiểm tra của cơ quan thuế: Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương có trách nhiệm tiến hành thanh tra, kiểm tra, đối chiếu kỹ lưỡng hồ sơ, chứng từ gốc của doanh nghiệp. Chỉ khi xác định rõ tính xác thực của giao dịch mua bán và việc nộp thuế đầy đủ ở khâu trước, cơ quan thuế mới chấp thuận cho phép khấu trừ bổ sung nhằm tránh thất thu ngân sách nhà nước và ngăn chặn hành vi gian lận thuế.

Văn bản này đóng vai trò tháo gỡ khó khăn tài chính cho các doanh nghiệp, đặc biệt là các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài (ĐTNN) thường gặp trở ngại trong quy trình luân chuyển chứng từ nội bộ. Việc hướng dẫn chi tiết cơ chế xử lý hóa đơn quá hạn giúp bảo vệ quyền lợi hợp pháp của người nộp thuế, tránh việc đánh thuế trùng lặp, đồng thời tạo môi trường kinh doanh minh bạch và bình đẳng.