Tổng cục Thuế nhận được công văn số 111/CV-OBF ngày 14/12/2015 của Công ty TNHH nhiên liệu sinh học Phương Đông và công văn số 1995/CT-KTT1 ngày 02/11/2015 của Cục Thuế tỉnh Bình Phước về thuế nhà thầu. Về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Tại Điều 408 Bộ luật dân sự số 33/2005 Quốc hội 11 quy định:

“Điều 408. Phụ lục hợp đồng

1. Kèm theo hợp đồng có thể có phụ lục để quy định chi tiết một số điều khoản của hợp đồng. Phụ lục hợp đồng có hiệu lực như hợp đồng. Nội dung của phụ lục hợp đồng không được trái với nội dung của hợp đồng.

2. Trong trường hợp phụ lục hợp đồng có điều khoản trái với nội dung của điều khoản trong hợp đồng thì điều khoản này không có hiệu lực, trừ trường hợp có thỏa thuận khác. Trong trường hợp các bên chấp nhận phụ lục hợp đồng có điều khoản trái với điều khoản trong hợp đồng thì coi như điều khoản đó trong hợp đồng đã được sửa đổi”.

Tại tiết b2) điểm 2.1.2 Mục III Thông tư số 134/2008/TT-BTC ngày 31/12/2008 của Bộ Tài chính về thuế nhà thầu quy định:

"b2) Đối với hợp đồng cung cấp máy móc thiết bị có kèm theo các dịch vụ hướng dẫn lắp đặt, đào tạo, vận hành, chạy thử, nếu tách riêng được giá trị máy móc thiết bị và giá trị các dịch vụ khi xác định số thuế GTGT phải nộp áp dụng tỷ lệ GTGT của từng phần giá trị hợp đồng. Trường hợp trong hợp đồng không tách riêng được giá trị máy móc thiết bị và giá trị các dịch vụ thì áp dụng tỷ lệ giá trị gia tăng trên doanh thu tính thuế là 30%”.

Tại tiết b2) điểm 3.2 Mục III Thông tư số 134/2008/TT-BTC ngày 31/12/2008 của Bộ Tài chính về thuế nhà thầu quy định:

“b2) Đối với hợp đồng cung cấp máy móc thiết bị có kèm theo các dịch vụ hướng dẫn lắp đặt, đào tạo, vận hành, chạy thử, nếu tách riêng được giá trị máy móc thiết bị và giá trị các dịch vụ thì tính thuế theo tỷ lệ thuế riêng của từng phần giá trị hợp đồng. Trường hợp trong hợp đồng không tách riêng được giá trị máy móc thiết bị và giá trị các dịch vụ thì áp dụng tỷ lệ thuế TNDN trên doanh thu tính thuế là 2%”.

Tại tiết a) khoản 5 Điều 9 Thông tư số 28/2011/TT-BTC ngày 28/2/2011 và tiết a) khoản 5 Điều 10 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính về quản lý thuế quy định:

“5. Khai bổ sung hồ sơ khai thuế

a) Sau khi hết hạn nộp hồ sơ khai thuế theo quy định, người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai sót thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế...”.

Tại tiết d) khoản 5 Điều 9 Thông tư số 28/2011/TT-BTC và tiết c3) khoản 5 Điều 10 Thông tư số 156/2013/TT-BTC nêu trên quy định:

“Trường hợp người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế làm giảm tiền thuế phải nộp thì lập hồ sơ bổ sung. Số tiền thuế điều chỉnh giảm được tính giảm nghĩa vụ thuế phải nộp, nếu đã nộp NSNN thì được bù trừ vào số thuế phải nộp của kỳ sau hoặc được hoàn thuế”.

Tại khoản 2 Điều 33 Thông tư số 156/2013/TT-BTC quy định về thứ tự giải quyết số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa.

Tại Bảng tiến độ thực hiện công việc tổng thể đính kèm Phụ lục 2 của Hợp đồng số 01/OBF-TTCl/PVE ký giữa Công ty TNHH nhiên liệu sinh học Phương Đông và 02 nhà thầu là Công ty Toyo-Thai và Công ty CP đầu tư và thiết kế dầu khí PetroVietnam có nội dung đo lường giá trị công việc, cụ thể phần công việc kỹ thuật (engineering work) là 3%; phần mua sắm đầu vào (procurement work) là 84,62%; phần xây dựng (construction work) là 12,38%.

Ngày 1/9/2011, các bên liên quan trong Hợp đồng số 01/OBF-TTCl/PVE nêu trên ký Phụ lục diễn giả Hợp đồng, trong đó, tại điểm 2a) quy định tách riêng giá trị thanh toán đối với các hạng mục công việc do các nhà thầu thực hiện như đã được quy định tại điểm 3.1 Hợp đồng số 01/OBF-TTCl/PVE, cụ thể đối với Công ty Toyo-Thai thì giá trị máy móc, thiết bị cung cấp cho công trình thiết kế dây chuyền công nghệ, thiết kế khác là 1.211.400 USD; giá trị xây dựng công trình là 4.999.044 USD).

Căn cứ các nội dung trên, Công ty TNHH Nhiên liệu Sinh học Phương Đông được kê khai điều chỉnh hồ sơ khai thuế TNDN đã nộp thay cho Công ty Toyo-Thai từ mức 2% trên tổng giá trị hợp đồng thành tỷ lệ thuế TNDN riêng cho từng phần giá trị hợp đồng. Trường hợp sau khi điều chỉnh làm phát sinh số thuế TNDN nộp thừa thì xử lý theo quy định tại Thông tư số 156/2013/TT-BTC nêu trên.

Giao Cục Thuế Bình Phước kiểm tra cụ thể Hợp đồng, Phụ lục hợp đồng, các tài liệu có liên quan khác và thực tế việc thực hiện công việc để hướng dẫn đơn vị thực hiện đúng quy định.

Tổng cục Thuế trả lời để Cục Thuế tỉnh Bình Phước và Công ty TNHH Nhiên liệu Sinh học Phương Đông biết./.