Tóm tắt Công văn 978/TCT-CS năm 2025 về khai bổ sung đối với hóa đơn bỏ sót

Công văn 978/TCT-CS do Tổng cục Thuế ban hành năm 2025 hướng dẫn chi tiết về nghiệp vụ khai bổ sung đối với các hóa đơn bị bỏ sót. Đây là văn bản hướng dẫn quan trọng giúp người nộp thuế thực hiện đúng quy định pháp luật về quản lý thuế, tránh các rủi ro pháp lý và xử phạt hành chính liên quan đến việc kê khai thuế giá trị gia tăng (GTGT) và thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN).

Nguyên tắc xử lý hóa đơn bỏ sót theo quy định

Theo hướng dẫn của Tổng cục Thuế, việc xử lý hóa đơn bị bỏ sót được phân định rõ ràng giữa hóa đơn đầu ra và hóa đơn đầu vào nhằm đảm bảo tính minh bạch và chống thất thu ngân sách nhà nước:

• Đối với hóa đơn đầu ra bị bỏ sót: Người nộp thuế bắt buộc phải thực hiện khai bổ sung, điều chỉnh hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế phát sinh hóa đơn đó (kỳ phát sinh doanh thu). Người nộp thuế phải tự xác định số tiền thuế tăng thêm, tự tính tiền chậm nộp theo quy định và nộp đầy đủ vào ngân sách nhà nước.
• Đối với hóa đơn đầu vào bị bỏ sót: Người nộp thuế được kê khai, khấu trừ bổ sung vào kỳ tính thuế phát hiện sai sót. Việc kê khai bổ sung này phải được thực hiện trước khi cơ quan thuế hoặc cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế.

Trình tự và thủ tục thực hiện khai bổ sung

Khi phát hiện hóa đơn bị bỏ sót, doanh nghiệp cần tiến hành kê khai bổ sung theo các bước sau:

1. Lập hồ sơ khai bổ sung: Người nộp thuế chuẩn bị Tờ khai bổ sung (Mẫu số 01/KHBS) và Bản giải trình khai bổ sung, điều chỉnh (Mẫu số 01-1/KHBS) ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC.
2. Xác định số liệu chênh lệch: Tính toán chính xác số thuế GTGT đầu ra tăng thêm hoặc số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ điều chỉnh tăng/giảm, đồng thời xác định lại nghĩa vụ thuế TNDN liên quan (nếu có).
3. Nộp hồ sơ và xử lý nghĩa vụ tài chính: Nộp hồ sơ khai bổ sung qua hệ thống thuế điện tử. Trường hợp phát sinh số thuế phải nộp tăng thêm, doanh nghiệp phải nộp ngay số tiền thuế thiếu và tiền chậm nộp phát sinh vào kho bạc nhà nước.

Các lưu ý quan trọng đối với người nộp thuế

• Thời hạn nộp hồ sơ khai bổ sung: Người nộp thuế được nộp hồ sơ khai bổ sung vào bất kỳ ngày làm việc nào, không phụ thuộc vào thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tiếp theo, nhưng phải trước khi cơ quan thuế công bố quyết định thanh tra, kiểm tra.
• Ảnh hưởng của việc thanh tra, kiểm tra: Sau khi cơ quan thuế đã ban hành kết luận, quyết định xử lý về thuế sau thanh tra, kiểm tra tại trụ sở, người nộp thuế vẫn được khai bổ sung hồ sơ khai thuế đối với các nội dung không thuộc phạm vi, thời kỳ thanh tra, kiểm tra hoặc các nội dung thuộc phạm vi, thời kỳ thanh tra, kiểm tra nhưng không bị phát hiện sai phạm.
• Trách nhiệm của doanh nghiệp: Doanh nghiệp cần chủ động rà soát hệ thống hóa đơn điện tử định kỳ để kịp thời phát hiện các hóa đơn bị bỏ sót, tránh việc phát sinh tiền chậm nộp kéo dài gây ảnh hưởng đến hiệu quả tài chính của đơn vị.