b) Mẫu hồ sơ khai bổ sung:

- Bản giải trình khai bổ sung, điều chỉnh mẫu số 01/KHBS ban hành kèm theo Thông tư này;

- Tờ khai thuế của kỳ kê khai bổ sung điều chỉnh đã được bổ sung, điều chỉnh (tờ khai này là căn cứ để lập Bản giải trình khai bổ sung, điều chỉnh mẫu số 01/KHBS);

- Tài liệu kèm theo giải thích số liệu trong bản giải trình khai bổ sung, điều chỉnh tương ứng với các tài liệu trong hồ sơ thuế của từng phần cụ thể tại Thông tư này.

c) Trường hợp người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế làm tăng số tiền thuế phải nộp hoặc giảm số tiền thuế đã được hoàn, căn cứ vào hồ sơ khai bổ sung, điều chỉnh người nộp thuế nộp số tiền thuế tăng thêm hoặc nộp lại số tiền thuế đã được hoàn, đồng thời tự xác định số tiền phạt chậm nộp căn cứ vào số tiền thuế chậm nộp hoặc số tiền thuế đã được hoàn, số ngày chậm nộp và mức xử phạt theo quy định tại Điều 106 Luật Quản lý thuế, Điều 12 Nghị định số 98/2007/NĐ-CP.

Trường hợp người nộp thuế không tự xác định hoặc xác định không đúng số tiền phạt chậm nộp thì cơ quan thuế xác định số tiền phạt chậm nộp và thông báo cho người nộp thuế biết để thực hiện.”

+ Tại Tiết c Khoản 3 Điều 10 quy định:

“Trường hợp người nộp thuế thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương cùng nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư thì lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư và phải  bù trừ số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư với thuế giá trị gia tăng của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Sau khi bù trừ nếu có số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư mà chưa được bù trừ hết từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng cho dự án đầu tư.”  

Căn cứ quy định trên, về nguyên tắc khi lập tờ khai thuế GTGT mẫu 02/GTGT Công ty chỉ được bù trừ số thuế GTGT đầu vào phát sinh trong kỳ của hoạt động dự án đầu tư với số thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Trường hợp trong kỳ kê khai tháng 07 và tháng 08/2012, Công ty đã kê khai trên tờ khai thuế GTGT của dự án đầu tư (mẫu 02/GTGT) và tờ khai thuế GTGT (mẫu 01/GTGT) không đúng theo quy định (kê khai số thuế GTGT của dự án đầu tư của kỳ trước trên tờ khai 02/GTGT bù trừ số thuế phải nộp kỳ này trên tờ khai 01/GTGT) thì Công ty được thực hiện khai bổ sung điều chỉnh theo hướng dẫn nêu trên. Trường hợp khi kê khai bổ sung điều chỉnh có phát sinh số thuế phải nộp thì Công ty nộp bổ sung số thuế GTGT vào NSNN và tính phạt nộp chậm theo quy định của Pháp luật Quản lý thuế.

Lưu ý: Việc kê khai bổ sung điều chỉnh (nếu có sai sót) đều phải thực hiện trước khi cơ quan Thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra, thanh tra thuế tại trụ sở của Công ty.

Cục Thuế thông báo Công ty biết để thực hiện theo đúng quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật đã được trích dẫn tại văn bản này.