Trả lời văn thư số 03/GTGT/PKT-TCG ngày 22/9/2014 của Công ty về chính sách thuế, Cục Thuế TP có ý kiến như sau:

Căn cứ Khoản 5, Điều 10 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn một số điều của Luật Quản lý thuế; Luật sửa đổi bổ sung một số điều của Luật Quản lý Thuế:

“Khai bổ sung hồ sơ khai thuế:

a) Sau khi hết hạn nộp hồ sơ khai thuế theo quy định, người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai sót thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế.

...

Hồ sơ khai thuế bổ sung được nộp cho cơ quan thuế vào bất cứ ngày làm việc nào, không phụ thuộc vào thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của lần tiếp theo, nhưng phải trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế;

...

b) Hồ sơ khai bổ sung

- Tờ khai thuế của kỳ tính thuế bị sai sót đã được bổ sung, điều chỉnh;

- Bản giải trình khai bổ sung, điều chỉnh mẫu số 01/KHBS ban hành kèm theo Thông tư này (trong trường hợp khai bổ sung, điều chỉnh có phát sinh chênh lệch tiền thuế);

- Tài liệu kèm theo giải thích số liệu trong bản giải trình khai bổ sung, điều chỉnh”.

Căn cứ công văn số 1762/TCT-CS ngày 16/5/2014 của Tổng cục Thuế hướng dẫn về chính sách thuế:

“...trước ngày 01/01/2014, về nguyên tắc thuế suất thuế GTGT đối với dịch vụ thu gom, tiếp nhận và xử lý chất thải công nghiệp thì thực hiện theo hướng dẫn tại công văn số 518/TCT-CS ngày 14/02/2011 của Tổng cục Thuế, Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11/01/2012 và Thông tư số 65/2013/TT-BTC ngày 17/5/2013 của Bộ Tài chính.

Theo trình bày của Công ty Holcim thì Công ty Holcim đã thực hiện lập hóa đơn theo thuế suất 10% đối với dịch vụ thu gom, tiếp nhận và xử lý chất thải công nghiệp theo hướng dẫn tại công văn số 258/CT-TTHT ngày 21/3/2013 của Cục Thuế Kiên Giang nếu cơ quan thuế quản lý trực tiếp Công ty Holcim xác nhận Công ty Holcim kê khai, nộp thuế theo đúng thuế suất ghi trên hóa đơn thì khách hàng Công ty Holcim được khấu trừ thuế dầu vào theo thuế suất ghi trên hóa đơn theo quy định”.

Căn cứ quy định trên, trường hợp của Công ty theo trình bày, Công ty TNHH xi măng Holcim Việt Nam (Công ty Holcim) có cung cấp dịch vụ thu gom, xử lý chất thải công nghiệp cho Công ty, ngày 24/01/2013 khi dịch vụ hoàn thành đã lập hóa đơn GTGT áp dụng thuế suất thuế GTGT 10% (thay vì không chịu thuế GTGT). Nay nếu cơ quan thuế quản lý trực tiếp Công ty Holcim xác nhận Công ty Holcim đã kê khai, nộp thuế theo đúng thuế suất ghi trên hóa đơn (10%) và các hóa đơn này Công ty đã kê khai trên tờ khai 01/GTGT (Mục 2. Hàng hóa, dịch vụ không đủ điều kiện kê khai khấu trừ trên Bảng kê hóa đơn, chứng từ của hàng hóa, dịch vụ mua vào Phụ lục 01-2/GTGT) thì Công ty lập Hồ sơ kê khai bổ sung, điều chỉnh (mẫu 01/KHBS ban hành kèm theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC) để điều chỉnh tăng số thuế GTGT được khấu trừ của hóa đơn nêu trên theo hướng dẫn tại Khoản 5, Điều 10 Thông tư số 156/2013/TT-BTC nêu trên.

Cục Thuế TP thông báo Công ty biết để thực hiện theo đúng quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật đã được trích dẫn tại văn bản này.