Thời gian qua, Bộ Tài chính nhận được kiến nghị của một số đơn vị đề nghị hướng dẫn cụ thể về chính sách thuế đối với đơn vị sự nghiệp công lập trong lĩnh vực y tế, giáo dục và đào tạo.

Để xử lý kiến nghị của các đơn vị, Bộ Tài chính xin trao đổi một số vấn đề như sau:

1. Về cơ sở pháp lý

- Luật thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) quy định:

“Điều 6. Căn cứ tính thuế

Căn cứ tính thuế là thu nhập tính thuế và thuế suất.

Điều 7. Xác định thu nhập tính thuế

1. Thu nhập tính thuế trong kỳ tính thuế được xác định bằng thu nhập chịu thuế trừ thu nhập được miễn thuế và các khoản lỗ được kết chuyển từ các năm trước.

2. Thu nhập chịu thuế bằng doanh thu trừ các khoản chi được trừ của hoạt động sản xuất, kinh doanh cộng thu nhập khác, kể cả thu nhập nhận được ở ngoài Việt Nam.”.

- Điều 5 Luật thuế giá trị gia tăng (GTGT) quy định đối tượng không chịu thuế GTGT:

“9. Dịch vụ y tế, dịch vụ thú y, bao gồm dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh, phòng bệnh cho người và vật nuôi; dịch vụ chăm sóc người cao tuổi, người khuyết tật.”.

“13. Dạy học, dạy nghề theo quy định của pháp luật.”.

- Nghị định số 218/2013/NĐ-CP ngày 26/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành Luật thuế TNDN quy định:

“Điều 11. Phương pháp tính thuế

1. Số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp trong kỳ tính thuế bằng thu nhập tính thuế nhân (x) với thuế suất; trường hợp doanh nghiệp đã nộp thuế thu nhập đối với thu nhập phát sinh ở nước ngoài thì được trừ số thuế thu nhập đã nộp, nhưng tối đa không quá số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp theo quy định của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp.

…

5. Đơn vị sự nghiệp, tổ chức khác không phải là doanh nghiệp thành lập và hoạt động theo quy định của pháp luật Việt Nam có hoạt động kinh doanh hàng hóa, dịch vụ có thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp mà các đơn vị này hạch toán được doanh thu nhưng không xác định được chi phí, thu nhập của hoạt động kinh doanh thì kê khai nộp thuế thu nhập doanh nghiệp tính theo tỷ lệ % trên doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ, cụ thể như sau:

a) Đối với dịch vụ (bao gồm cả lãi tiền gửi, lãi tiền cho vay): 5%. Riêng hoạt động giáo dục, y tế, biểu diễn nghệ thuật áp dụng mức thuế quy định tại Điểm c Khoản này;

b) Đối với kinh doanh hàng hóa là 1%;

c) Đối với hoạt động khác là 2%.

- Điều 4 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật thuế GTGT và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật thuế GTGT có quy định về đối tượng không chịu thuế GTGT như sau:

“9. Dịch vụ y tế, dịch vụ thú y, bao gồm dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh, phòng bệnh cho người và vật nuôi, dịch vụ sinh đẻ có kế hoạch, dịch vụ điều dưỡng sức khỏe, phục hồi chức năng cho người bệnh, vận chuyển người bệnh, dịch vụ cho thuê phòng bệnh, giường bệnh của các cơ sở y tế; xét nghiệm, chiếu, chụp, máu và chế phẩm máu dùng cho người bệnh.

Trường hợp trong gói dịch vụ chữa bệnh (theo quy định của Bộ Y tế)-bao gồm cả sử dụng thuốc chữa bệnh thì khoản thu từ tiền thuốc chữa bệnh nằm trong gói dịch vụ chữa bệnh cũng thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.”.

“13. Dạy học, dạy nghề theo quy định của pháp luật bao gồm cả dạy ngoại ngữ, tin học; dạy múa, hát, hội họa, nhạc, kịch, xiếc, thể dục, thể thao; nuôi dạy trẻ và dạy các nghề khác nhằm đào tạo, bồi dưỡng nâng cao trình độ văn hóa, kiến thức chuyên môn nghề nghiệp,

Trường hợp các cơ sở dạy học các cấp từ mầm non đến trung học phổ thông có thu tiền ăn, tiền vận chuyển đưa đón học sinh và các khoản thu khác dưới hình thức thu hộ, chi hộ thì tiền ăn, tiền vận chuyển đưa đón học sinh và các khoản thu hộ, chi hộ này cũng thuộc đối tượng không chịu thuế.

Khoản thu về ở nội trú của học sinh, sinh viên, học viên; hoạt động đào tạo (bao gồm cả việc tổ chức thi và cấp chứng chỉ trong quy trình đào tạo) do cơ sở đào tạo cung cấp thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT Trường hợp cơ sở đào tạo không trực tiếp tổ chức đào tạo mà chỉ tổ chức thi, cấp chứng chỉ trong quy trình đào tạo thì hoạt động tổ chức thi và cấp chứng chỉ cũng thuộc đối tượng không chịu thuế. Trường hợp cung cấp dịch vụ thi và cấp chứng chỉ không thuộc quy trình đào tạo thì thuộc đối tượng chịu thuế GTGT.”.

- Nghị định số 16/2015/NĐ-CP ngày 14/02/2015 của Chính phủ quy định cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp công lập quy định:

“Điều 9. Giá, phí dịch vụ sự nghiệp công

1. Giá dịch vụ sự nghiệp công

a) Dịch vụ sự nghiệp công không sử dụng kinh phí ngân sách nhà nước

- Đơn vị sự nghiệp công được xác định giá dịch vụ sự nghiệp công theo cơ chế thị trường, được quyết định các khoản thu, mức thu bảo đảm bù đắp chi phí hợp lý, có tích lũy theo quy định của pháp luật đối với từng lĩnh vực;

- Riêng dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh và dịch vụ giáo dục, đào tạo tại cơ sở khám bệnh, chữa bệnh, cơ sở giáo dục, đào tạo của Nhà nước thực hiện theo quy định pháp luật về giá.

b) Dịch vụ sự nghiệp công sử dụng kinh phí ngân sách nhà nước

- Giá dịch vụ sự nghiệp công được xác định trên cơ sở định mức kinh tế - kỹ thuật, định mức chi phí do cơ quan có thẩm quyền ban hành và lộ trình tính đủ chi phí theo quy định tại Điều 10 Nghị định này, trong đó chi phí tiền lương trong giá dịch vụ sự nghiệp công tính theo mức lương cơ sở, hệ số tiền lương ngạch, bậc, chức vụ đối với đơn vị sự nghiệp công và định mức lao động do các Bộ, cơ quan Trung ương, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh ban hành theo thẩm quyền;

- Phương pháp định giá và cơ quan có thẩm quyền định giá dịch vụ sự nghiệp công thực hiện theo quy định pháp luật về giá;

- Trong phạm vi khung giá dịch vụ sự nghiệp công do cơ quan nhà nước có thẩm quyền quy định, đơn vị sự nghiệp công quyết định mức giá cụ thể cho từng loại dịch vụ; trường hợp cơ quan nhà nước có thẩm quyền quy định cụ thể giá dịch vụ sự nghiệp công, đơn vị thu theo mức giá quy định.

2. Phí dịch vụ sự nghiệp công

Dịch vụ sự nghiệp công thuộc danh mục thu phí thực hiện theo quy định pháp luật về phí, lệ phí. Đơn vị sự nghiệp công được thu phí theo mức thu do cơ quan nhà nước có thẩm quyền quy định.

Điều 10. Lộ trình tính giá dịch vụ sự nghiệp công sử dụng kinh phí ngân sách nhà nước

1. Lộ trình tính giá dịch vụ sự nghiệp công

a) Đến năm 2016: Tính đủ chi phí tiền lương, chi phí trực tiếp (chưa tính chi phí quản lý và chi phí khấu hao tài sản cố định);

b) Đến năm 2018: Tính đủ chi phí tiền lương, chi phí trực tiếp và chi phí quản lý (chưa tính chi phí khấu hao tài sản cố định);

c) Đến năm 2020: Tính đủ chi phí tiền lương, chi phí trực tiếp, chi phí quản lý và chi phí khấu hao tài sản cố định.

2. Căn cứ vào tình hình thực tế, các đơn vị sự nghiệp công được thực hiện trước lộ trình giá dịch vụ sự nghiệp công quy định tại Khoản 1 Điều này.

3. Các Bộ, cơ quan Trung ương, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh căn cứ quy định về giá dịch vụ sự nghiệp công tại Khoản 1 Điều 9 Nghị định này, khả năng cân đối ngân sách nhà nước và khả năng chi trả của người hưởng thụ, quy định lộ trình tính giá dịch vụ sự nghiệp công trình cấp có thẩm quyền ban hành hoặc ban hành theo thẩm quyền.”.

2. Đề xuất hướng xử lý

Bộ Tài chính thấy rằng: Học phí và viện phí đã chuyển sang cơ chế giá theo quy định của Luật giá năm 2012, Luật khám bệnh, chữa bệnh năm 2009, Luật giáo dục đại học năm 2012 và Luật giáo dục nghề nghiệp năm 2014.

Hiện nay, Bộ Giáo dục và Đào tạo chưa trình Chính phủ phê duyệt lộ trình điều chỉnh giá dịch vụ giáo dục và đào tạo, Bộ Y tế chưa ban hành giá dịch vụ y tế tính đủ chi phí để làm căn cứ cấp bù kinh phí từ nguồn ngân sách dành cho các đơn vị sự nghiệp công (phần chi phí chưa kết cấu vào giá dịch vụ). Mức giá dịch vụ sự nghiệp công trong lĩnh vực y tế, giáo dục và đào tạo chưa được xây dựng theo cơ chế thị trường, chưa tính đủ chi phí hợp lý theo lộ trình quy định tại Nghị định số 16/2015/NĐ-CP.

Theo đó, trước mắt Bộ Tài chính đề xuất:

a) Về thuế TNDN

- Đơn vị sự nghiệp công lập trong lĩnh vực y tế chưa phải nộp thuế TNDN đối với khoản thu từ dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh cho người bệnh có thẻ bảo hiểm y tế và dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh không thuộc phạm vi thanh toán của Quỹ bảo hiểm y tế trong phạm vi khung giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh theo quy định của cơ quan có thẩm quyền ban hành chưa tính đầy đủ chi phí.

Trường hợp đơn vị sự nghiệp công lập trong lĩnh vực y tế cung cấp dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh theo yêu cầu; hoạt động liên doanh, liên kết; xã hội hóa; hoạt động khác như: đào tạo, nghiên cứu khoa học của đơn vị theo hợp đồng dịch vụ, dịch vụ pha chế thuốc, dịch truyền, sàng lọc máu và các chế phẩm từ máu, vắc xin, sinh phẩm, hoạt động dịch vụ giặt là, ăn uống, vệ sinh, phương tiện đưa đón bệnh nhân, nhà thuốc, trông xe, thu dịch vụ khác thì phải nộp thuế TNDN theo quy định.

- Đơn vị sự nghiệp công lập trong lĩnh vực giáo dục và đào tạo chưa phải nộp thuế TNDN đối với khoản thu học phí trong phạm vi khung giá theo quy định của cơ quan có thẩm quyền ban hành chưa tính đầy đủ chi phí. Cụ thể: Học phí các bậc học mầm non, tiểu học, trung học cơ sở, trung học phổ thông trong các cơ sở giáo dục và đào tạo công lập; học phí trong các cơ sở giáo dục và đào tạo đại học công lập, giáo dục nghề nghiệp (kể các các trường thực hiện cơ chế tự chủ toàn bộ chi đầu tư và chi thường xuyên) đối với hệ đào tạo đại trà.

Trường hợp đơn vị sự nghiệp công lập trong lĩnh vực giáo dục và đào tạo cung cấp dịch vụ giáo dục và đào tạo tại chức; liên doanh, liên kết; đào tạo chất lượng cao; đào tạo, bồi dưỡng ngắn hạn; xã hội hóa; thu từ các hoạt động khác như: nghiên cứu khoa học của đơn vị theo hợp đồng dịch vụ, dịch vụ ký túc xá, nhà sách, sân thể thao, ăn uống, trông xe, bán sản phẩm thực hành, hoạt động sản xuất, gia công cho bên ngoài, thu dịch vụ khác thì phải nộp thuế TNDN theo quy định.

- Đơn vị sự nghiệp công lập có hoạt động kinh doanh hàng hóa, dịch vụ có thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp mà các đơn vị này hạch toán được doanh thu nhưng không xác định được chi phí, thu nhập của hoạt động kinh doanh thì kê khai nộp thuế TNDN tính theo tỷ lệ % trên toàn bộ doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ theo quy định tại khoản 5 Điều 11 Nghị định số 218/2013/NĐ-CP.

b) Về thuế GTGT

Căn cứ quy định của Luật thuế GTGT và các văn bản hướng dẫn: Dịch vụ y tế, dạy học, dạy nghề của đơn vị sự nghiệp công lập trong lĩnh vực y tế, giáo dục và đào tạo thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.

c) Về hóa đơn, chứng từ

Đơn vị sự nghiệp công lập trong lĩnh vực y tế, giáo dục và đào tạo khi thực hiện cung cấp dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh, giáo dục và đào tạo trong phạm vi khung giá theo quy định thì sử dụng hóa đơn theo quy định tại Nghị định số 51/2010/NĐ-CP ngày 14/5/2010 của Chính phủ quy định về hóa đơn bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ; Nghị định số 04/2014/NĐ-CP ngày 17/01/2014 sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 51/2010/NĐ-CP và Thông tư số 39/2014/TT-BTC ngày 31/3/2014 của Bộ Tài chính.

3. Các vấn đề cần trao đổi

a) Về các hoạt động khám bệnh, chữa bệnh, giáo dục và đào tạo trong khung giá quy định của cơ quan có thẩm quyền

Để tránh vướng mắc trong thực hiện, đề nghị các cơ quan cho ý kiến cụ thể về dự kiến nội dung hướng dẫn của Bộ Tài chính.

b) Về một số hoạt động dịch vụ theo yêu cầu, liên doanh liên kết, các dịch vụ khác của cơ sở y tế, cơ sở giáo dục và đào tạo công lập

Một số đơn vị cho rằng: Đối với lĩnh vực y tế thực tế hiện nay dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh theo yêu cầu, thực hiện hoạt động liên doanh, liên kết vẫn có đơn vị thu trong khung giá và đề xuất không phải nộp thuế TNDN. Đối với lĩnh vực giáo dục và đào tạo, hình thức đào tạo tại chức, từ xa, văn bằng 2 vẫn tuyển sinh và đào tạo theo chỉ tiêu được giao, nếu thu thuế đối với nguồn thu hoạt động dịch vụ theo phương án thuế suất ấn định trên tổng nguồn thu thì chưa/không chính xác vì khó hạch toán sòng phẳng nội dung chi (cùng đội ngũ giảng viên, nhân viên, cùng cơ sở vật chất để phục vụ cho tất cả các hoạt động đào tạo, không tách biệt để phân bổ chi phí rành mạch cho từng hoạt động đào tạo chính quy hay không chính quy...) nên đề xuất không nộp thuế đối với các hoạt động này. Đối với các đơn vị chuyển sang cơ chế tự chủ cần có chính sách ưu đãi hơn vì có rất nhiều khó khăn, mặc dù được tự quyết mức thu viện phí, học phí nhưng các đơn vị cũng không thể tăng mức viện phí, học phí lên cao vì sẽ ảnh hưởng đến việc cung cấp dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh cho bệnh nhân, đảm bảo chi tiêu tuyển sinh...

Về ý kiến này, Bộ Tài chính thấy rằng: Về nguyên tắc, đơn vị hoạt động sản xuất, kinh doanh nếu có phát sinh thu nhập thì phải nộp thuế, tương tự như hoạt động xã hội hóa, các bệnh viện, trường học tư hiện nay cung cấp dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh, giáo dục và đào tạo vẫn đang nộp thuế và được ưu đãi. Riêng đối với các cơ sở y tế, cơ sở giáo dục và đào tạo công lập hiện nay chưa tách bạch được doanh thu, chi phí (vì chi phí tiền lương, cơ sở vật chất... dùng chung cho cả hoạt động trong khung giá và ngoài khung giá) nên thực tế hiện đang thu thuế theo tỷ lệ ấn định trên doanh thu đối với các hoạt động dịch vụ theo yêu cầu, liên doanh, liên kết, các dịch vụ khác như ăn uống, trông xe, nghiên cứu khoa học của đơn vị theo hợp đồng dịch vụ... Do học phí và viện phí theo khung giá hiện nay chưa tính đủ chi phí lại là dịch vụ thiết yếu, nhạy cảm nên trước mắt chưa thu thuế TNDN đối với hoạt động khám bệnh, chữa bệnh, giáo dục và đào tạo trong phạm vi khung giá theo quy định của cơ quan có thẩm quyền ban hành chưa tính đủ các yếu tố chi phí thực hiện dịch vụ. Đối với các dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh theo yêu cầu, dịch vụ giáo dục và đào tạo khác, hoạt động liên doanh, liên kết, xã hội hóa, các hoạt động dịch vụ khác thực hiện nộp thuế theo quy định (như hiện nay vẫn đang thực hiện).

c) Về một số dịch vụ khác trong lĩnh vực y tế, giáo dục và đào tạo chuyển sang cơ chế giá nhưng thực tế hiện nay vẫn đang thực hiện theo khung giá chưa tính đủ chi phí thực hiện dịch vụ

Ngoài hoạt động khám bệnh, chữa bệnh, trong lĩnh vực y tế hiện còn dịch vụ kiểm dịch y tế, y tế dự phòng hiện vẫn đang thực hiện trong khung giá chưa kết cấu đầy đủ chi phí (như tiền lương, phụ cấp, khấu hao...) do Bộ Tài chính quy định tại Thông tư số 240/2016/TT-BTC ngày 11/11/2016 về việc quy định giá tối đa dịch vụ kiểm dịch y tế, y tế dự phòng tại các cơ sở y tế công lập và Thông tư số 51/2016/TT-BYT ngày 30/12/2016 của Bộ Y tế dẫn chiếu thực hiện theo Thông tư số 240/2016/TT-BTC của Bộ Tài chính. Ý kiến các đơn vị cũng đề xuất chưa thu thuế TNDN đối với các dịch vụ này.

Một số phí dịch vụ y tế chuyển sang cơ chế giá (như dịch vụ kiểm nghiệm mẫu thuốc, thuốc, nguyên liệu làm thuốc) theo quy định tại khoản 7 Điều 1 Nghị định số 149/2016/NĐ-CP ngày 11/11/2016 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 177/2013/NĐ-CP ngày 14/11/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật giá thì Bộ Y tế phải quy định giá cụ thể đối với các dịch vụ này, tuy nhiên, đến nay cũng chưa có văn bản hướng dẫn của Bộ Y tế.

Bộ Tài chính đề nghị các cơ quan cho ý kiến về các vấn đề nêu trên. Ý kiến tham gia xin gửi về Bộ Tài chính (Vụ Chính sách thuế) tổng hợp trước ngày 24 tháng 6 năm 2017 (đồng thời gửi nội dung tham gia ý kiến theo địa chỉ thư điện tử: caothithanhlan@mof.gov.vn).

Trân trọng cảm ơn sự hợp tác của Quý cơ quan./.