Tổng cục Hải quan ban hành Công văn số 6549/TCHQ-KTTT hướng dẫn về việc thanh khoản, hoàn thuế nhập khẩu nhằm tháo gỡ các vướng mắc phát sinh trong quá trình thực hiện thủ tục hải quan, đồng thời thống nhất quy trình nghiệp vụ xử lý thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu.

Phạm vi và đối tượng áp dụng

Văn bản này áp dụng đối với các Cục Hải quan tỉnh, thành phố, các Chi cục Hải quan trực thuộc và các doanh nghiệp tham gia hoạt động nhập khẩu nguyên liệu, vật tư để sản xuất hàng hóa xuất khẩu hoặc thực hiện hợp đồng gia công cho thương nhân nước ngoài gặp khó khăn, vướng mắc trong quá trình thực hiện thủ tục thanh khoản và hoàn thuế.

Quy định về hồ sơ và thủ tục thanh khoản, hoàn thuế nhập khẩu

• Hướng dẫn chi tiết về các loại chứng từ, giấy tờ bắt buộc phải có trong hồ sơ thanh khoản, hoàn thuế đối với loại hình sản xuất xuất khẩu, đảm bảo tính pháp lý và tính đồng bộ.
• Yêu cầu cơ quan hải quan kiểm tra chặt chẽ tính đồng nhất, khớp đúng giữa tờ khai hải quan nhập khẩu nguyên liệu ban đầu và tờ khai hải quan xuất khẩu sản phẩm đầu ra.
• Quy định phương thức đối chiếu số liệu giữa báo cáo quyết toán tình hình sử dụng nguyên liệu, vật tư của doanh nghiệp với hệ thống dữ liệu điện tử của cơ quan hải quan để phát hiện chênh lệch.

Xử lý vướng mắc đối với nguyên liệu, vật tư dư thừa

• Hướng dẫn cụ thể phương án giải quyết nghĩa vụ thuế đối với lượng nguyên liệu, vật tư còn dư thừa sau khi kết thúc hợp đồng gia công hoặc sau chu kỳ sản xuất xuất khẩu.
• Quy định rõ các thủ tục cần thiết khi doanh nghiệp thực hiện chuyển mục đích sử dụng, tiêu hủy dưới sự giám sát của cơ quan hải quan, hoặc tái xuất trả lại cho đối tác nước ngoài đối với phần nguyên liệu thừa.
• Xác định phương pháp tính thuế nhập khẩu và thuế giá trị gia tăng (GTGT) trong trường hợp doanh nghiệp được phép chuyển tiêu thụ nội địa đối với lượng nguyên liệu dư thừa này.

Thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế và không thu thuế

• Ấn định thời hạn cụ thể cho việc tiếp nhận, phân loại, kiểm tra hồ sơ và ra quyết định hoàn thuế hoặc quyết định không thu thuế nhập khẩu cho doanh nghiệp, tránh tình trạng kéo dài thời gian gây đọng vốn.
• Phân định rõ quy trình xử lý đối với hai nhóm hồ sơ: nhóm thuộc diện "hoàn thuế trước, kiểm tra sau" và nhóm thuộc diện "kiểm tra trước, hoàn thuế sau" nhằm tối ưu hóa công tác quản lý rủi ro.
• Quy định trách nhiệm thông báo bằng văn bản cho doanh nghiệp trong trường hợp hồ sơ chưa đầy đủ hoặc cần bổ sung, giải trình các điểm nghi vấn.

Trách nhiệm thi hành của cơ quan hải quan các cấp

• Cục Hải quan các tỉnh, thành phố có trách nhiệm chỉ đạo, hướng dẫn các Chi cục Hải quan trực thuộc thực hiện thống nhất theo đúng nội dung hướng dẫn tại công văn này, không tự ý đặt ra các thủ tục rườm rà gây khó khăn cho doanh nghiệp.
• Tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra sau thông quan đối với các trường hợp hoàn thuế, thanh khoản có dấu hiệu rủi ro cao nhằm kịp thời phát hiện và xử lý nghiêm các hành vi gian lận, trục lợi tiền thuế của Nhà nước.

Công văn 6549/TCHQ-KTTT có hiệu lực hướng dẫn thực hiện ngay từ ngày ban hành, đóng vai trò là cẩm nang nghiệp vụ quan trọng giúp cơ quan hải quan địa phương và cộng đồng doanh nghiệp giải quyết dứt điểm các vướng mắc tồn đọng trong công tác thanh khoản và hoàn thuế nhập khẩu.