Công văn 64768/CT-HTr do Cục Thuế thành phố Hà Nội ban hành hướng dẫn chi tiết về nguyên tắc, điều kiện và phương thức khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với các khoản chi phí quản lý do Trụ sở chính phân bổ hoặc chi trả thay cho Chi nhánh. Đây là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng giúp các doanh nghiệp có cơ cấu tổ chức gồm nhiều đơn vị trực thuộc thực hiện đúng quy định pháp luật về thuế.

Theo hướng dẫn của Cục Thuế thành phố Hà Nội, việc kê khai và khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với chi phí quản lý chung giữa Trụ sở chính và Chi nhánh phải tuân thủ các nguyên tắc cốt lõi sau:

• Kê khai tại đơn vị nhận hóa đơn: Các hóa đơn mua hàng hóa, dịch vụ phục vụ cho hoạt động quản lý chung do Trụ sở chính đứng tên mua và nhận hóa đơn thì Trụ sở chính có trách nhiệm kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp của Trụ sở chính.
• Không khấu trừ bằng chứng từ nội bộ: Trường hợp Trụ sở chính phân bổ chi phí quản lý cho các Chi nhánh, Chi nhánh không được sử dụng các chứng từ phân bổ chi phí nội bộ để làm căn cứ kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
• Yêu cầu về hóa đơn hợp pháp: Chi nhánh chỉ được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đối với phần chi phí quản lý được phân bổ nếu Trụ sở chính thực hiện xuất hóa đơn GTGT đối với phần chi phí phân bổ này cho Chi nhánh theo đúng quy định về hóa đơn, chứng từ.

Để đảm bảo các khoản chi phí quản lý được khấu trừ thuế GTGT đầu vào tại Chi nhánh một cách hợp pháp, doanh nghiệp cần đáp ứng đầy đủ các điều kiện sau:

• Hóa đơn đúng đối tượng: Hóa đơn mua hàng hóa, dịch vụ phải ghi đầy đủ, chính xác tên, địa chỉ, mã số thuế của Chi nhánh (nếu Chi nhánh trực tiếp mua) hoặc phải có hóa đơn GTGT do Trụ sở chính xuất trả cho Chi nhánh tương ứng với phần chi phí quản lý phân bổ.
• Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt: Đối với các hóa đơn có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên (đã bao gồm thuế GTGT), doanh nghiệp phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt hợp pháp. Trường hợp Trụ sở chính thanh toán hộ, phải có văn bản ủy quyền và chứng từ thanh toán qua ngân hàng từ tài khoản của Trụ sở chính sang tài khoản của nhà cung cấp, sau đó Chi nhánh thực hiện thanh toán lại cho Trụ sở chính bằng chuyển khoản.
• Quy chế tài chính rõ ràng: Doanh nghiệp phải xây dựng quy chế tài chính hoặc thỏa thuận bằng văn bản giữa Trụ sở chính và Chi nhánh về phương thức phân bổ chi phí quản lý, làm cơ sở pháp lý cho việc xuất hóa đơn và kê khai thuế.

Trong quá trình thực hiện kê khai và quyết toán thuế, doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý các điểm sau để tránh rủi ro pháp lý:

• Tránh trùng lặp khấu trừ: Trụ sở chính và Chi nhánh không được cùng kê khai, khấu trừ cho một hóa đơn đầu vào. Nếu Trụ sở chính đã kê khai khấu trừ toàn bộ thì không được phân bổ phần thuế GTGT đó cho Chi nhánh để tiếp tục khấu trừ.
• Phân biệt hình thức hạch toán: Chi nhánh hạch toán độc lập và Chi nhánh hạch toán phụ thuộc có sự khác biệt trong việc kê khai thuế GTGT. Chi nhánh hạch toán độc lập phải tự kê khai, nộp thuế GTGT riêng biệt và chỉ được khấu trừ thuế dựa trên hóa đơn mang tên Chi nhánh hoặc hóa đơn do Trụ sở chính xuất giao dịch nội bộ theo đúng quy định.
• Kiểm tra tính hợp lệ của hóa đơn xuất nội bộ: Khi Trụ sở chính xuất hóa đơn GTGT để chuyển giao chi phí quản lý cho Chi nhánh, hóa đơn này phải ghi rõ nội dung chuyển giao chi phí quản lý theo quy chế và áp dụng thuế suất tương ứng với loại dịch vụ, hàng hóa được chuyển giao.