Công văn 645/TCT-KK năm 2014 do Tổng cục Thuế ban hành là một văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng nhằm tháo gỡ vướng mắc và tăng cường quản lý trong công tác hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT). Văn bản này tập trung giải quyết các vấn đề liên quan đến việc phân loại hồ sơ hoàn thuế và biện pháp xử lý đối với các trường hợp sử dụng hóa đơn của doanh nghiệp đã bỏ trốn khỏi địa chỉ kinh doanh.

Các nội dung cốt lõi của Công văn 645/TCT-KK bao gồm:

- Nguyên tắc phân loại và kiểm tra hồ sơ hoàn thuế GTGT

• Cơ quan thuế thực hiện phân loại hồ sơ hoàn thuế GTGT theo đúng quy định của Luật Quản lý thuế, chia thành hai nhóm rõ rệt: hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau và hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau.
• Áp dụng triệt để nguyên tắc quản lý rủi ro để nhận diện các doanh nghiệp có dấu hiệu nghi vấn, doanh thu tăng đột biến hoặc có giao dịch đáng ngờ để chuyển từ diện hoàn trước sang kiểm trước nhằm bảo vệ ngân sách nhà nước.

- Biện pháp xử lý hóa đơn của doanh nghiệp bỏ trốn khỏi địa chỉ kinh doanh

• Đối với các hóa đơn đầu vào phát sinh trước thời điểm doanh nghiệp bán hàng bỏ trốn: Cơ quan thuế phải tiến hành thanh tra, kiểm tra và xác minh kỹ lưỡng. Nếu kết quả xác minh cho thấy giao dịch mua bán hàng hóa, dịch vụ là có thật, có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đầy đủ và đúng quy định thì doanh nghiệp mua hàng vẫn được xem xét khấu trừ, hoàn thuế GTGT.
• Đối với các hóa đơn phát sinh sau thời điểm doanh nghiệp bán hàng được cơ quan thuế xác định là đã bỏ trốn: Các hóa đơn này hoàn toàn không có giá trị pháp lý để kê khai, khấu trừ hoặc hoàn thuế GTGT.
• Trường hợp đang trong quá trình giải quyết hoàn thuế mà phát hiện có hóa đơn của doanh nghiệp bỏ trốn chưa có kết quả xác minh: Cơ quan thuế thực hiện tạm dừng hoàn thuế đối với số thuế GTGT tương ứng với các hóa đơn này để tiếp tục xác minh. Phần số thuế GTGT đủ điều kiện còn lại của hồ sơ vẫn được giải quyết hoàn thuế theo đúng tiến độ.

- Quy trình phối hợp xác minh giữa các cơ quan thuế

• Cơ quan thuế thụ lý hồ sơ hoàn thuế có trách nhiệm gửi phiếu yêu cầu xác minh thông tin hóa đơn đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp doanh nghiệp phát hành hóa đơn.
• Cơ quan thuế nhận được yêu cầu xác minh phải có trách nhiệm khẩn trương kiểm tra thực tế tại địa bàn, xác định tình trạng hoạt động của doanh nghiệp phát hành hóa đơn và trả lời bằng văn bản trong thời gian sớm nhất để không gây nghẽn dòng vốn của doanh nghiệp tuân thủ tốt.

- Trách nhiệm của người nộp thuế và cơ quan thuế

• Người nộp thuế phải tự chịu trách nhiệm hoàn toàn trước pháp luật về tính hợp pháp, chính xác của các hóa đơn, chứng từ và số liệu kê khai trong hồ sơ đề nghị hoàn thuế.
• Cơ quan thuế có nghĩa vụ vừa tạo điều kiện thuận lợi, nhanh chóng cho các doanh nghiệp hoạt động kinh doanh nghiêm túc, vừa phải áp dụng các biện pháp nghiệp vụ chặt chẽ để kịp thời phát hiện, ngăn chặn và xử lý nghiêm các hành vi gian lận, chiếm đoạt tiền hoàn thuế từ ngân sách nhà nước.