Công văn 6169/TXNK-CST do Cục Thuế xuất nhập khẩu ban hành năm 2019 hướng dẫn chi tiết về việc xử lý hoàn thuế nhập khẩu và thuế giá trị gia tăng (GTGT) đã nộp tại khâu nhập khẩu. Đây là văn bản nghiệp vụ quan trọng giúp doanh nghiệp và các cơ quan hải quan địa phương thống nhất phương án giải quyết hoàn thuế, tránh việc nộp trùng hoặc vướng mắc trong khâu khấu trừ thuế.

Nguyên tắc hoàn thuế nhập khẩu đã nộp

• Các trường hợp hàng hóa nhập khẩu nhưng phải tái xuất trả lại chủ hàng nước ngoài, tái xuất sang nước thứ ba hoặc xuất khẩu vào khu phi thuế quan được xem xét hoàn thuế nhập khẩu đã nộp theo quy định tại Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và Nghị định số 134/2016/NĐ-CP.
• Cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan có thẩm quyền kiểm tra hồ sơ, xác định điều kiện hoàn thuế và thực hiện quyết định hoàn thuế nhập khẩu cho người nộp thuế nếu đáp ứng đầy đủ các điều kiện về thực tế xuất khẩu và hàng hóa chưa qua sử dụng tại Việt Nam.

Xử lý hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) nộp thừa tại khâu nhập khẩu

• Đối với thuế GTGT nộp thừa tại khâu nhập khẩu (do áp sai mã, sai thuế suất, hoặc hàng hóa thuộc đối tượng miễn/không chịu thuế nhưng đã nộp, hoặc hàng hóa nhập khẩu phải tái xuất), việc xử lý hoàn trả được thực hiện theo quy định của Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành.
• Trường hợp người nộp thuế đã nộp thuế GTGT tại khâu nhập khẩu nhưng sau đó được xác định là nộp thừa, cơ quan hải quan thực hiện hoàn trả tiền thuế GTGT nộp thừa đồng thời với tiền thuế nhập khẩu (nếu có), với điều kiện người nộp thuế chưa thực hiện kê khai, khấu trừ hoặc hoàn thuế GTGT tại cơ quan thuế nội địa.
• Người nộp thuế phải cam kết bằng văn bản về việc chưa kê khai, khấu trừ hoặc hoàn thuế GTGT tại cơ quan thuế địa phương đối với số thuế GTGT đề nghị hoàn tại cơ quan hải quan. Cơ quan hải quan sẽ thực hiện kiểm tra, đối chiếu thông tin trên hệ thống quản lý thuế trước khi ban hành quyết định hoàn thuế.
• Trường hợp người nộp thuế đã kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào tại cơ quan thuế nội địa thì không được cơ quan hải quan hoàn trả trực tiếp tiền thuế GTGT nộp thừa này. Việc xử lý bù trừ hoặc hoàn thuế khi đó sẽ do cơ quan thuế nội địa giải quyết theo quy định của pháp luật về thuế GTGT.

Thủ tục và hồ sơ đề nghị hoàn thuế

• Người nộp thuế cần chuẩn bị hồ sơ đề nghị hoàn thuế gửi đến cơ quan hải quan nơi phát sinh số thuế nộp thừa, bao gồm: Công văn đề nghị hoàn thuế (nêu rõ lý do, số tiền thuế đề nghị hoàn, cam kết chưa khấu trừ/hoàn thuế tại cơ quan thuế nội địa), chứng từ nộp thuế, tờ khai hải quan nhập khẩu và xuất khẩu (nếu có), cùng các tài liệu liên quan khác.
• Cơ quan hải quan có trách nhiệm tiếp nhận, kiểm tra tính hợp lệ của hồ sơ và thực hiện hoàn trả tiền thuế nộp thừa cho doanh nghiệp theo đúng thời hạn quy định của Luật Quản lý thuế.