Công văn 599/GSQL-GQ2 năm 2019 do Cục Giám sát quản lý về hải quan ban hành là văn bản hướng dẫn quan trọng liên quan đến thủ tục hải quan đối với hoạt động thực hiện quyền xuất khẩu, quyền nhập khẩu và quyền phân phối của doanh nghiệp chế xuất (DNCX). Dưới đây là phần tóm tắt chi tiết và phân tích chuyên sâu các nội dung cốt lõi của văn bản này nhằm giúp doanh nghiệp nắm rõ quy trình thực hiện và tuân thủ đúng quy định pháp luật.

1. Mục đích và phạm vi áp dụng của Công văn 599/GSQL-GQ2

Văn bản tập trung giải quyết các vướng mắc của doanh nghiệp chế xuất khi tham gia vào hoạt động thương mại ngoài hoạt động sản xuất tiêu chuẩn. Cụ thể bao gồm:

• Hướng dẫn chi tiết về thủ tục hải quan khi doanh nghiệp chế xuất thực hiện quyền nhập khẩu để bán lại hoặc quyền xuất khẩu hàng hóa có nguồn gốc mua trong nước.
• Xác định rõ nghĩa vụ thuế, cách thức kê khai và áp dụng mã loại hình nhập khẩu, xuất khẩu phù hợp cho từng trường hợp cụ thể.
• Quy định về việc quản lý, lưu giữ và hạch toán riêng biệt giữa hoạt động sản xuất chế xuất và hoạt động kinh doanh thương mại.

2. Quy định về thủ tục hải quan và mã loại hình khai báo

Để đảm bảo tính minh bạch và phân định rõ ràng giữa hai loại hình hoạt động (sản xuất miễn thuế và kinh doanh chịu thuế), Công văn hướng dẫn cụ thể như sau:

• Đối với hoạt động thực hiện quyền nhập khẩu: DNCX phải sử dụng mã loại hình phù hợp (thường là A41 - Nhập kinh doanh thương mại) để khai báo hải quan. Doanh nghiệp phải thực hiện nộp đầy đủ các loại thuế phát sinh ở khâu nhập khẩu (như thuế nhập khẩu, thuế giá trị gia tăng) trước khi thông quan hoặc áp dụng bảo lãnh theo quy định.
• Đối với hoạt động thực hiện quyền xuất khẩu: Khi xuất khẩu hàng hóa có nguồn gốc mua từ nội địa hoặc hàng hóa đã hoàn thành thủ tục nhập khẩu theo quyền nhập khẩu, DNCX sử dụng mã loại hình xuất khẩu kinh doanh (thường là B11).
• Yêu cầu về hóa đơn: Việc sử dụng hóa đơn thương mại hoặc hóa đơn giá trị gia tăng trong quá trình mua bán, xuất nhập khẩu phải tuân thủ nghiêm ngặt quy định của pháp luật về thuế và hóa đơn hiện hành.

3. Nguyên tắc quản lý hàng hóa và chế độ kế toán đối với DNCX

Một trong những nội dung cốt lõi của Công văn 599/GSQL-GQ2 là yêu cầu tách biệt hoàn toàn giữa hoạt động chế xuất và hoạt động thương mại:

• Khu vực lưu giữ hàng hóa: DNCX phải bố trí khu vực lưu giữ ngăn cách riêng biệt giữa hàng hóa phục vụ hoạt động sản xuất (được hưởng ưu đãi thuế) và hàng hóa thực hiện theo quyền xuất khẩu, quyền nhập khẩu (không được hưởng ưu đãi thuế của DNCX).
• Hạch toán kế toán: Doanh nghiệp có nghĩa vụ mở sổ sách kế toán theo dõi riêng biệt doanh thu, chi phí, hàng tồn kho của hoạt động thực hiện quyền xuất khẩu, quyền nhập khẩu. Không được hạch toán chung vào chi phí và doanh thu của hoạt động sản xuất chế xuất.
• Báo cáo quyết toán: Định kỳ, doanh nghiệp phải thực hiện báo cáo tình hình sử dụng nguyên liệu, vật tư, hàng hóa nhập khẩu theo quyền nhập khẩu với cơ quan hải quan theo đúng biểu mẫu quy định, đảm bảo tính khớp đúng giữa số liệu kế toán và số liệu khai báo hải quan.

4. Lưu ý quan trọng cho doanh nghiệp khi thực hiện

Để tránh các rủi ro pháp lý và bị xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan, doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý:

• Phải được cơ quan có thẩm quyền cấp phép thực hiện quyền xuất khẩu, quyền nhập khẩu (ghi nhận trên Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc Giấy phép thực hiện quyền xuất khẩu, quyền nhập khẩu) trước khi tiến hành làm thủ tục hải quan.
• Đảm bảo việc phân loại mã HS và áp dụng mức thuế suất chính xác cho hàng hóa nhập khẩu theo quyền kinh doanh, tránh việc áp dụng nhầm lẫn chính sách thuế của loại hình sản xuất xuất khẩu.
• Thường xuyên tự kiểm tra, đối chiếu số liệu tồn kho thực tế tại khu vực lưu giữ riêng với sổ sách kế toán để sẵn sàng cho công tác kiểm tra sau thông quan của cơ quan hải quan.