Công văn 597/TCHQ-GSQL được Tổng cục Hải quan ban hành nhằm hướng dẫn, tháo gỡ các vướng mắc phát sinh trong quá trình thực hiện báo cáo quyết toán tình hình sử dụng nguyên liệu, vật tư nhập khẩu, hàng hóa xuất khẩu theo quy định tại Thông tư số 38/2015/TT-BTC. Đây là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng giúp các doanh nghiệp gia công, sản xuất xuất khẩu và doanh nghiệp chế xuất thống nhất cách thức thực hiện, đồng thời chuẩn hóa quy trình kiểm tra của cơ quan hải quan.

- Đối tượng và thời hạn nộp báo cáo quyết toán

• Đối tượng áp dụng: Các tổ chức, cá nhân thực hiện hoạt động gia công cho thương nhân nước ngoài, sản xuất hàng hóa xuất khẩu (SXXK), và doanh nghiệp chế xuất (DNCX) có nghĩa vụ lập và nộp báo cáo quyết toán tình hình sử dụng nguyên liệu, vật tư nhập khẩu, hàng hóa xuất khẩu cho cơ quan hải quan quản lý trực tiếp.
• Thời hạn nộp báo cáo: Doanh nghiệp phải nộp báo cáo quyết toán cho cơ quan hải quan trong thời hạn chậm nhất là 90 ngày kể từ ngày kết thúc năm tài chính của doanh nghiệp.

- Nguyên tắc lập báo cáo quyết toán và nguồn số liệu

• Sử dụng số liệu kế toán làm cơ sở: Số liệu trên báo cáo quyết toán phải được xây dựng dựa trên chứng từ kế toán, sổ kế toán chi tiết của doanh nghiệp (như tài khoản 152 - nguyên liệu, vật tư; tài khoản 155 - thành phẩm; tài khoản 156 - hàng hóa...). Điều này đảm bảo tính thống nhất giữa hệ thống quản lý nội bộ của doanh nghiệp và số liệu khai báo với cơ quan hải quan.
• Sự phù hợp của số liệu: Doanh nghiệp phải tự chịu trách nhiệm về tính chính xác, trung thực của số liệu báo cáo. Số liệu lượng nguyên liệu, vật tư nhập khẩu, xuất kho để sản xuất, tồn kho và lượng thành phẩm xuất khẩu phải khớp đúng với hệ thống sổ sách kế toán theo chuẩn mực kế toán Việt Nam.
• Mẫu biểu áp dụng: Việc lập báo cáo quyết toán được thực hiện theo Mẫu số 15/BCQT-NVL/GSQL ban hành kèm theo Thông tư số 38/2015/TT-BTC.

- Hướng dẫn xử lý chênh lệch số liệu giữa hải quan và doanh nghiệp

• Nguyên nhân chênh lệch: Công văn thừa nhận thực tế có thể xảy ra chênh lệch giữa số liệu quản lý của cơ quan hải quan (trên hệ thống VNACCS/VCIS) và số liệu thực tế trên sổ sách kế toán của doanh nghiệp do các yếu tố như thời điểm ghi nhận, phương pháp quy đổi đơn vị tính, hao hụt trong sản xuất, hoặc lỗi kỹ thuật khi khai báo.
• Phương thức giải quyết: Khi phát hiện có sự chênh lệch, doanh nghiệp có trách nhiệm giải trình rõ nguyên nhân bằng văn bản kèm theo các chứng từ chứng minh hợp pháp. Cơ quan hải quan sẽ căn cứ vào hồ sơ thực tế, sổ sách kế toán và chứng từ thanh toán để xem xét, đối chiếu và chấp nhận số liệu thực tế hợp lý của doanh nghiệp.

- Công tác kiểm tra báo cáo quyết toán tại trụ sở doanh nghiệp

• Các trường hợp kiểm tra: Cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra báo cáo quyết toán tại trụ sở doanh nghiệp đối với các trường hợp có dấu hiệu rủi ro cao, doanh nghiệp có sự chênh lệch bất thường giữa số liệu báo cáo và số liệu trên hệ thống hải quan, hoặc kiểm tra theo kế hoạch định kỳ để đánh giá tính tuân thủ pháp luật của doanh nghiệp.
• Nội dung kiểm tra: Tập trung kiểm tra tính hợp pháp, hợp lệ của chứng từ kế toán, sổ chi tiết tài khoản, định mức thực tế sản xuất sản phẩm xuất khẩu, quy trình luân chuyển nguyên liệu, vật tư trong nội bộ doanh nghiệp và lượng hàng tồn kho thực tế tại kho của doanh nghiệp.
• Xử lý kết quả kiểm tra: Trường hợp phát hiện sai phạm hoặc không chứng minh được tính hợp pháp của lượng nguyên liệu, vật tư tiêu hao, cơ quan hải quan sẽ thực hiện truy thu thuế (nếu có) và xử phạt vi phạm hành chính theo đúng quy định của pháp luật về quản lý thuế và hải quan.