Bộ Tài chính nhận được phản ánh của một số Cục Hải quan địa phương và doanh nghiệp về vướng mắc trong việc xử lý thuế đối với phế liệu, phế phẩm được tạo ra từ quá trình sản xuất hàng hóa xuất khẩu chuyển tiêu thụ nội địa. Về vấn đề này, Bộ Tài chính có ý kiến như sau:

Căn cứ quy định tại khoản 49 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC ngày 20/4/2018 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Điều 71 Thông tư số 38/2015/TT-BTC thì phế liệu, phế phẩm thu được trong quá trình sản xuất hàng xuất khẩu (SXXK) khi bán, tiêu thụ nội địa được miễn thuế nhập khẩu nhưng phải kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng (GTGT), thuế tiêu thụ đặc biệt (TTĐB) (nếu có), thuế bảo vệ môi trường (BVMT) (nếu có) và gửi đến cơ quan hải quan thông qua Hệ thống theo chỉ tiêu thông tin quy định tại mẫu số 04 Phụ lục IIa ban hành kèm Thông tư này. Trường hợp thực hiện trên hồ sơ giấy, người khai hải quan khai theo mẫu số 06/BKKTT/TXNK Phụ lục VI ban hành, kèm Thông tư này.

Bộ Tài chính hướng dẫn xử lý thống nhất về thuế đối với phế liệu, phế phẩm được tạo ra từ quá trình sản xuất hàng hóa xuất khẩu chuyển tiêu thụ nội địa như sau:

1. Giai đoạn từ 01/9/2016 (ngày Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH13 hiệu lực) đến trước ngày 05/6/2018 (ngày Thông tư số 39/2018/TT-BTC có hiệu lực)

Đối với phế liệu, phế phẩm thu được trong quá trình sản xuất hàng xuất khẩu chuyển tiêu thụ nội địa, doanh nghiệp đã thực hiện kê khai nộp thuế GTGT, thuế TTĐB (nếu có) với cơ quan thuế thì không phải kê khai, điều chỉnh lại với cơ quan hải quan.

Khi quyết toán việc quản lý, sử dụng nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu theo quy định của pháp luật về hải quan, doanh nghiệp có trách nhiệm xuất trình bản kê khai phế liệu, phế phẩm, chứng từ nộp thuế với cơ quan thuế cho cơ quan hải quan để thực hiện thanh khoản.

Trường hợp doanh nghiệp chưa kê khai và nộp đủ các loại thuế GTGT, thuế TTĐB (nếu có) với cơ quan thuế trong giai đoạn này thì phải kê khai bổ sung và nộp thuế cho cơ quan hải quan theo quy định tại khoản 49 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC.

2. Giai đoạn kể từ ngày 05/6/2018 (thời điểm Thông tư 39/2018/TT-BTC có hiệu lực) trở đi thực hiện theo quy định tại khoản 49 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC ngày 20/4/2018 của Bộ Tài chính.

Cơ quan hải quan, cơ quan thuế có trách nhiệm hướng dẫn doanh nghiệp thực hiện./.