Kính gửi: Cục Hải quan tỉnh Quảng Trị.

Trả lời công văn số 1892/HQQT-NV ngày 29/9/2022 của Cục Hải quan tỉnh Quảng Trị đề nghị hướng dẫn vướng mắc trong việc xác định thẩm quyền hoàn thuế GTGT chưa khấu trừ hết của doanh nghiệp đang làm thủ tục giải thể đối với lô hàng gỗ nhập khẩu sau đó xuất khẩu sang nước thứ ba, sau khi xin ý kiến của Tổng cục Thuế, Tổng cục Hải quan có ý kiến như sau:

Căn cứ khoản 1 Điều 47 Luật Quản lý thuế số 78/2006/QH11 được sửa đổi, bổ sung tại khoản 13 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế số 21/2012/QH13 quy định:

“13. Điều 47 được sửa đổi, bổ sung như sau:

Điều 47. Xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa

1. Người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp đối với từng loại thuế trong thời hạn mười năm, kể từ ngày nộp tiền vào ngân sách nhà nước thì được bù trừ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ, kể cả việc bù trừ giữa các loại thuế với nhau; hoặc trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp của lần nộp thuế tiếp theo; hoặc hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa khi người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt.”.

Căn cứ Khoản 1 Điều 49 Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính quy định:

“Điều 49. Xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa

1. Tiền thuê, tiền chậm nộp, tiền phạt đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu là nộp thừa trong các trường hợp:

a) Người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp (bao gồm cả thuế giá trị gia tăng đã nộp đối với hàng hóa đã nhập khẩu nhưng tái xuất trả lại chủ hàng nước ngoài hoặc tái xuất sang nước thứ ba hoặc tái xuất vào khu phi thuế quan; hàng hóa đã xuất khẩu nhưng nhập khẩu trở lại Việt Nam; hàng hóa nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu đã nộp thuế giá trị gia tăng theo quy định, sau đó đã thực tế xuất khẩu sản phẩm) đối với từng loại thuế trong thời hạn 10 năm kể từ ngày nộp tiền vào ngân sách nhà nước thì được bù trừ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ, kể cả việc bù trừ giữa các loại thuế với nhau; hoặc trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp của lần nộp thuế tiếp theo; hoặc hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa khi người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt; trừ trường hợp không được miễn xử phạt do đã thực hiện quyết định xử phạt vi phạm pháp luật về thuế của cơ quan quản lý thuế hoặc cơ quan nhà nước có thẩm quyền quy định tại khoản 2 Điều 111 Luật Quản lý thuế”;

Căn cứ hướng dẫn tại điểm 3 công văn số 18304/BTC-TCHQ ngày 16/12/2014 của Bộ Tài chính thì:

“3. Thẩm quyền hoàn trả thuế:

Cơ quan Hải quan thực hiện hoàn trả thuế GTGT hàng nhập khẩu nộp nhầm, nộp thừa cho doanh nghiệp đối với những tờ khai đăng ký từ ngày 01/01/2014 (Thời điểm Thông tư số 150/2013/TT-BTC có hiệu lực thi hành) trở đi và những tờ khai mà đến nay doanh nghiệp chưa kê khai, khấu trừ, hoàn thuế với cơ quan Thuế.

Trường hợp cơ quan Hải quan đã xác nhận số thuế GTGT nộp nhầm, nộp thừa khâu nhập khẩu và doanh nghiệp đã kê khai, khấu trừ, hoàn thuế với cơ quan Thuế thì không xử lý điều chỉnh khấu trừ và thu hồi hoàn thuế”.

Trường hợp Công ty TNHH MTV Trường Tam Phát nhập khẩu lô hàng gỗ, đã nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu, sau đó xuất khẩu sang nước thứ ba (tờ khai xuất khẩu đăng ký ngày 5/12/2015) thì thuộc trường hợp xử lý tiền thuế GTGT nộp thừa. Tuy nhiên, Công ty đã thực hiện khấu trừ một phần thuế GTGT đầu vào với Cục Thuế tỉnh Quảng Trị. Do đó, đề nghị Cục Hải quan tỉnh Quảng Trị phối hợp với Cục Thuế tỉnh Quảng Trị xác định chính xác số tiền thuế GTGT nộp thừa khâu nhập khẩu, số tiền thuế GTGT đã khấu trừ tại cơ quan thuế, số tiền thuế còn nợ, tiền chậm nộp, tiền phạt và các khoản phải nộp khác. Trường hợp sau khi bù trừ giữa số tiền thuế GTGT nộp thừa khâu nhập khẩu với số tiền thuế GTGT đã khấu trừ tại Cục Thuế tỉnh Quảng Trị, số tiền thuế còn nợ, tiền chậm nộp, tiền phạt và các khoản phải nộp khác nêu trên, nếu còn tiền thừa thì Cục Hải quan tỉnh Quảng Trị thực hiện hoàn trả cho người nộp thuế theo quy định.

Tổng cục Hải quan thông báo để Cục Hải quan tỉnh Quảng Trị biết, thực hiện./.