Tổng cục Thuế nhận được công văn số 5694/CT-KTT1 ngày 24/10/2014 của Cục Thuế tỉnh Bình Thuận và công văn số 55848/CT-KT2 ngày 30/10/2014 của Cục Thuế thành phố Hà Nội báo cáo về việc khấu trừ, hoàn thuế GTGT của Chi nhánh BOT Sông Phan - Tổng công ty 319. Về vấn đề này, sau khi báo cáo và được sự đồng ý của Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Tại khoản 7, Điều 5 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn: “… Trường hợp tài sản điều chuyển giữa các đơn vị hạch toán độc lập hoặc giữa các đơn vị thành viên có tư cách pháp nhân đầy đủ trong cùng một cơ sở kinh doanh thì cơ sở kinh doanh có tài sản điều chuyển phải xuất hóa đơn GTGT và kê khai, nộp thuế GTGT theo quy định, trừ trường hợp hướng dẫn tại khoản 6 Điều này”.

Tại điểm b, khoản 3, Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn “3. Hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư mới…

Trường hợp cơ sở kinh doanh có quyết định thành lập các Ban Quản lý dự án hoặc chi nhánh đóng tại các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính để thay mặt người nộp thuế trực tiếp quản lý một hoặc nhiều dự án đầu tư tại nhiều địa phương; Ban Quản lý dự án, chi nhánh có con dấu theo quy định của pháp luật, lưu giữ sổ sách chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, có tài khoản gửi tại ngân hàng, đã đăng ký thuế và được cấp mã số thuế thì Ban Quản lý dự án, chi nhánh phải lập hồ sơ khai thuế, hoàn thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế. Khi dự án đầu tư để thành lập doanh nghiệp đã hoàn thành và hoàn tất các thủ tục về đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế, cơ sở kinh doanh là chủ dự án đầu tư phải tổng hợp số thuế giá trị gia tăng phát sinh, số thuế giá trị gia tăng đã hoàn, số thuế giá trị gia tăng chưa được hoàn của dự án để bàn giao cho doanh nghiệp mới thành lập để doanh nghiệp mới thực hiện kê khai, nộp thuế và đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định với cơ quan thuế quản lý trực tiếp”.

Theo trình bày của Cục Thuế tỉnh Bình Thuận và Cục Thuế thành phố Hà Nội, trường hợp Tổng Công ty 319 thực hiện dự án đầu tư: Dự án đầu tư xây dựng công trình cải tạo nền, mặt đường quốc lộ 1 đoạn Phan Thiết - Đồng Nai theo hình thức hợp đồng BOT thực hiện trên cơ sở hợp đồng BOT số 2619/HĐ.BOT-BGTVT ngày 28/03/2013 ký tắt với Bộ Giao thông vận tải.

Tổng Công ty 319 thành lập Chi nhánh BOT 319 Sông Phan - Tổng Công ty 319 được Sở Kế hoạch và Đầu tư tỉnh Bình Thuận cấp Giấy chứng nhận đăng ký hoạt động Chi nhánh, mã số Chi nhánh 0100108984-029 đăng ký lần đầu ngày 04/07/2013. Ngày 22/7/2014, Tổng Công ty 319 có Quyết định số 199/QĐ-HĐTV giao cho Chi nhánh BOT 319 Sông Phan là doanh nghiệp dự án Đầu tư xây dựng công trình cải tạo nền, mặt đường Quốc lộ 1 đoạn Phan Thiết - Đồng Nai theo hình thức hợp đồng BOT và Quyết định số 280/QĐ-BGĐ về việc điều chuyển giá trị khối lượng thi công công trình cải tạo nền, mặt đường quốc lộ 1 đoạn Phan Thiết - Đồng Nai.

Theo đó, Chi nhánh BOT 319 Sông Phan - Tổng Công ty 319 là doanh nghiệp dự án, hạch toán độc lập; Dự án BOT do Tổng Công ty 319 là chủ đầu tư, thực hiện vay và cấp vốn cho Chi nhánh BOT 319 Sông Phan - Tổng Công ty 319 thực hiện dự án theo hình thức hợp đồng BOT. Tổng công ty 319 chuyển toàn bộ chi phí công trình phát sinh cho Chi nhánh hạch toán, Chi nhánh BOT 319 Sông Phan - Tổng Công ty 319 thực hiện quản lý và khai thác (thu phí) để tạo doanh thu theo hợp đồng BOT. Tổng công ty 319 đã xuất hóa đơn điều chuyển toàn bộ khối lượng đã thực hiện từ ngày khởi công đến ngày 31/8/2014 của công trình cải tạo nền, mặt đường Quốc lộ 1 đoạn Phan Thiết - Đồng Nai cho Chi nhánh BOT 319 Sông Phan để tiếp tục thực hiện hoàn thành dự án, do đó việc xuất hóa đơn không có Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.

Căn cứ quy định trên và theo trình bày của Cục Thuế, Tổng cục Thuế thống nhất với ý kiến xử lý của Cục Thuế tỉnh Bình Thuận và Cục Thuế thành phố Hà Nội như sau: Tổng công ty 319 đã xuất hóa đơn cho Chi nhánh BOT 319 Sông Phan bàn giao tài sản để khai thác (thu phí theo dự án BOT) theo hình thức cấp vốn để tiếp tục hoàn thành dự án nên việc xuất hóa đơn không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, phù hợp với quy định tại khoản 7, Điều 5 Thông tư số 219/2013/TT-BTC nêu trên. Chi nhánh BOT 319 Sông Phan - Tổng Công ty 319 có trách nhiệm kê khai, nộp thuế GTGT, thuế TNDN khi thu phí và được khấu trừ, hoàn thuế GTGT đầu vào theo quy định.

Tổng cục Thuế trả lời để Cục Thuế tỉnh Bình Thuận và Cục Thuế thành phố Hà Nội được biết./.